Când a absolvit la Dartmouth, Just s-a confruntat cu aceleași probleme cu care s-au confruntat toți absolvenții de culoare din vremea sa: indiferent cât de străluciți erau sau cât de mari erau notele lor, era aproape imposibil pentru negri să devină membri ai facultăților la colegiile sau universitățile albe. Just a făcut ceea ce părea a fi cea mai bună alegere pe care o avea la dispoziție și a acceptat un post de profesor la Universitatea Howard, o universitate istoric de culoare din Washington, D.C. În 1907, Just a început să predea mai întâi retorică și engleză, domenii oarecum îndepărtate de specialitatea sa. Până în 1909, însă, preda nu doar engleza, ci și biologia. În 1910, președintele lui Howard, Wilbur P. Thirkield, l-a pus în fruntea unui nou departament de biologie nou înființat, iar în 1912 a devenit șeful noului departament de zoologie, funcție pe care a deținut-o până la moartea sa, în 1941. La scurt timp după ce și-a început numirea la Howard, Just a fost prezentat lui Frank R. Lillie, șeful Departamentului de Zoologie de la Universitatea din Chicago. Lillie, care era, de asemenea, director al Laboratorului de Biologie Marină (MBL) din Woods Hole, Massachusetts, l-a invitat pe Just să își petreacă vara anului 1909 ca asistent de cercetare la MBL. În această perioadă și mai târziu, experimentele lui Just s-au concentrat în principal asupra ouălor de nevertebrate marine. El a investigat reacția de fertilizare și obiceiurile de reproducere ale unor specii precum Platynereis megalops, Nereis limbata și Arbacia punctulata. În următorii aproximativ 20 de ani, Just și-a petrecut fiecare vară, cu excepția uneia, la MBL.
În timp ce se afla la MBL, Just a învățat să manipuleze ouăle și embrionii de nevertebrate marine cu îndemânare și înțelegere, iar în curând expertiza sa a fost foarte solicitată atât de cercetătorii începători, cât și de cei mai vechi. În 1915, Just și-a luat un concediu de la Howard pentru a se înscrie într-un program academic avansat la Universitatea din Chicago. În același an, Just, care își câștiga o reputație națională ca tânăr cercetător remarcabil, a fost primul laureat al Medaliei Spingarn a NAACP, pe care a primit-o la 12 februarie 1915. Medalia recunoștea realizările sale științifice și „cel mai important serviciu adus rasei sale”. Și-a început pregătirea postuniversitară cu cursuri la MBL: în 1909 și 1910 a urmat acolo cursuri de zoologie nevertebrată și, respectiv, de embriologie. Cursurile sale au continuat în regim de rezidență la Universitatea din Chicago. Atribuțiile sale la Howard au întârziat finalizarea cursurilor și obținerea titlului de doctor. Cu toate acestea, în iunie 1916, Just a primit diploma în zoologie, cu o teză despre mecanica fertilizării. Just a devenit astfel unul dintre puținii negri care au obținut diploma de doctorat de la o universitate importantă. În momentul în care și-a primit doctoratul de la Chicago, el publicase deja mai multe articole de cercetare, atât ca unic autor, cât și în calitate de coautor alături de Lillie. În timpul mandatului său la Woods Hole, Just s-a ridicat de la statutul de student ucenic la cel de om de știință respectat la nivel internațional. Un experimentator atent și meticulos, a fost considerat „un geniu în proiectarea experimentelor”. El a explorat și alte domenii, printre care: partenogeneza experimentală, diviziunea celulară, hidratarea, deshidratarea în celule, radiațiile UV cancerigene asupra celulelor și fiziologia dezvoltării.
Just, însă, a devenit frustrat pentru că nu a putut obține o numire la o mare universitate americană. Își dorea o poziție care să-i asigure un venit stabil și să-i permită să petreacă mai mult timp cu cercetarea sa. Cariera științifică a lui Just a implicat o luptă constantă pentru o oportunitate de cercetare, „respirația vieții sale”. El a fost condamnat de rasă să rămână atașat de Howard, o instituție care nu putea oferi șanse depline unor ambiții precum cele pe care Just le avea. În 1929, Just a călătorit la Napoli, în Italia, unde a efectuat experimente la prestigioasa stațiune zoologică „Anton Dohrn”. Apoi, în 1930, a devenit primul american care a fost invitat la Institutul Kaiser Wilhelm din Berlin-Dahlem, Germania, unde mai mulți laureați ai Premiului Nobel au efectuat cercetări. În total, de la prima sa călătorie, în 1929, până la ultima, în 1938, Just a făcut cel puțin zece vizite în Europa pentru a continua cercetările. În această perioadă, Just a fost coautor, împreună cu alți câțiva oameni de știință, la o lucrare de cercetare intitulată „Citologie generală”, pe care oamenii de știință l-au tratat ca pe o celebritate și l-au încurajat să își extindă teoria privind ectoplasma și la alte specii. Lui Just i-a plăcut să lucreze în Europa, deoarece acolo nu s-a confruntat cu atât de multă discriminare în comparație cu SUA, iar atunci când a întâlnit rasism, acesta venea invariabil din partea americanilor. începând cu 1933, când naziștii au început să preia controlul țării, Just și-a încetat activitatea în Germania. Ulterior, și-a mutat studiile europene la Paris și în laboratorul marin din satul francez de pescari Roscoff, situat pe Canalul Mânecii.
Just este autorul a două cărți, Basic Methods for Experiments on Eggs of Marine Animals (1939) și The Biology of the Cell Surface (1939), și a publicat, de asemenea, cel puțin șaptezeci de lucrări în domeniile citologiei, fertilizării și dezvoltării embrionare timpurii. A descoperit ceea ce este cunoscut sub numele de blocajul rapid al polispermiei; a elucidat în continuare blocajul lent, care fusese descoperit de Fol în anii 1870; și a arătat că proprietățile adezive ale celulelor embrionului timpuriu sunt fenomene de suprafață care depind în mod deosebit de stadiul de dezvoltare. El credea că condițiile utilizate pentru experimentele din laborator ar trebui să corespundă îndeaproape celor din natură; în acest sens, poate fi considerat un biolog ecologic timpuriu al dezvoltării. Lucrările sale privind partenogeneza experimentală au influențat conceptul de „autoinducție” al lui Johannes Holtfreter, care, la rândul său, a influențat în mare măsură biologia evoluționistă și de dezvoltare modernă. Cercetările sale privind mișcarea apei în și din ovulele vii (menținând în același timp întregul lor potențial de dezvoltare) au oferit informații despre structura celulară internă, care sunt acum mai bine elucidate cu ajutorul unor instrumente biofizice puternice și al unor metode computaționale. Aceste experimente au anticipat imagistica neinvazivă a celulelor vii, care este dezvoltată în prezent. Deși lucrările experimentale ale lui Just au arătat un rol important al suprafeței celulare și al stratului de sub ea, „ectoplasma”, în dezvoltare, acesta a fost în mare măsură și din păcate ignorat. Acest lucru a fost valabil chiar și în ceea ce privește oamenii de știință care au pus accentul pe suprafața celulară în activitatea lor. A fost valabil mai ales în cazul americanilor; cu europenii, s-a descurcat ceva mai bine.
.