Primii ani de reconstrucție.
Când Frederick William, complet lipsit de experiență politică, i-a succedat tatălui său ca elector în decembrie 1640, a preluat un teritoriu devastat și ocupat de trupe străine. Sub puternicul favorit al tatălui său, Graf Adam von Schwarzenberg, Brandenburg trecuse de la suedezi la habsburgi și fusese astfel atras în luptă de ambele părți. Locuind până în 1643 nu în Brandenburg, inima domeniului său, ci mai degrabă în Königsberg (astăzi Kaliningrad, Rusia), capitala îndepărtatului Ducat al Prusiei, Electorul a dus la început o politică de neutralitate prudentă pentru a scăpa de presiunea puterilor rivale. El a lăsat trupele Brandenburgului în serviciul împăratului Habsburg și a încheiat un armistițiu cu Suedia.
În curând a recunoscut, însă, că fără o armată nu va putea deveni niciodată stăpân în propria casă. În 1644, la începutul negocierilor pentru încheierea Războiului de Treizeci de Ani, a început deja să își organizeze propria forță militară. Deși armata sa era mică, Brandenburg nu o putea susține fără a rechiziționa fonduri de la Ducatul de Cleves, în vest, și de la Ducatul Prusiei. Pentru prima dată, teritoriile Brandenburgului, unite doar prin loialitatea lor față de persoana Electorului, au fost reunite în scopuri politice. Armata permanentă a fost prima instituție folosită de conducătorii din ce în ce mai absolutiști ai Brandenburgului pentru a combate privilegiile moșiilor din teritoriile individuale. Nu a fost niciodată desființată în întregime și a devenit nucleul armatei prusace din secolul al XVIII-lea.
Această armată nu era suficient de mare pentru a-i permite lui Frederic William să ducă o politică externă independentă. Mai mult, căsătoria sa din 1646 cu Louise Henriette de Orange nu a reușit să îi aducă sprijinul olandez anticipat. Lipsit de sprijinul marilor puteri prietene la Congresul de pace din Westfalia din 1648, el nu și-a atins obiectivul de a dobândi întreaga Pomeranie, cu estuarul Oderului și importantul port Stettin (din 1945 Szczecin). A trebuit să se mulțumească cu estul Pomeraniei, cu diecezele secularizate de Minden și Halberstadt și cu promisiunea arhiepiscopiei de Magdeburg, toate acestea fiind, totuși, importante ca legături cu posesiunile sale din vestul Germaniei.
După șapte ani de reconstrucție pașnică, Frederic William și-a văzut abilitățile politice și militare puse la grea încercare odată cu izbucnirea Primului Război al Nordului (1655-60). Prin invadarea Poloniei, regele Carol al X-lea Gustav al Suediei a încercat să își extindă puterea în Marea Baltică pe care Suedia o obținuse prin Pacea de la Westfalia. Frederic William, în calitate de duce al Prusiei, îi datora loialitate regelui polonez, dar, atunci când Suedia i-a oferit o alianță în schimbul controlului asupra porturilor din estul Prusiei, Electorul a ales neutralitatea armată. Când Carol Gustav a invadat rapid Polonia și a avansat împotriva Prusiei Orientale, Frederic William a trebuit să schimbe suzeranitatea poloneză cu cea suedeză și să-i ofere sprijin armat lui Carol Gustav. În bătălia de trei zile de la Varșovia din iulie 1656, armata neexperimentată a Brandenburgului, aflată sub comanda Electorului, a trecut testul de foc. Pentru a-l păstra pe Elector de partea sa, regele suedez i-a acordat suveranitatea deplină asupra Ducatului Prusiei. Acest lucru nu l-a împiedicat pe Frederic William, atunci când poziția militară a Suediei s-a deteriorat, să intre în negocieri cu Polonia, care acum renunța la suzeranitatea asupra Prusiei Orientale. Împreună cu noii săi aliați, Polonia și împăratul Habsburgilor, Electorul i-a alungat pe suedezi din Pomerania de Vest. Cu toate acestea, intervenția franceză l-a forțat din nou pe Frederic William să renunțe la cuceririle sale din Pomerania. Ratificată în Tratatul de la Oliva din 1660, această renunțare a fost contrabalansată de confirmarea suveranității depline a Electorului asupra Ducatului Prusiei.
Capacitatea Electorului de a-și atinge scopurile a apărut nu numai din ușurința cu care a schimbat taberele, ci și din succesul său în a forța moșiile provinciale să susțină armata permanentă, independent de creditele fiscale ale dietelor. În a doua jumătate a domniei sale, el a înlăturat complet controlul asupra impozitării și finanțelor de la proprietăți, punând astfel bazele birocrației puternice a absolutismului prusac de mai târziu, cu armata sa permanentă, impozite fixe și o oficialitate dependentă doar de suveran.
.