Fondatorul Alain Coumont a deschis Le Pain Quotidien la 26 octombrie 1990, pe strada Dansaert nr. 16 din Bruxelles. Ca tânăr bucătar, Coumont era nemulțumit de calitatea pâinii disponibile în Bruxelles, așa că a început să-și facă singur pâinea, amestecând făină, apă și sare pentru a obține pâinile familiare din copilăria sa. A mobilat magazinul cu dulapuri scotocite din magazinele de antichități și o masă mare din lemn recuperat de la podelele trenurilor belgiene scoase din uz, cumpărată de la o piață de vechituri locală: prima dintre mesele comune ale Le Pain Quotidien.
Prima locație din Statele Unite s-a deschis pe Madison Avenue din New York în 1997.
Până în 2005, fondatorul primea 50 de e-mailuri pe zi de la persoane care doreau să obțină o franciză.
În 2011, compania a avut un incident de relații publice când un client din New York City a găsit un șoarece în salata sa.
În 2016, Doug Satzman a devenit CEO al operațiunilor din SUA, iar Vincent Herbert a devenit CEO global.
În martie 2018, Vincent Herbert a demisionat.
În decembrie 2019, Cobepa, deținută majoritar de Spoelberch, și-a majorat participația în companie de la 32% la 43%, iar Norac și-a vândut participația de 25%.
În mai 2020, compania-mamă a cerut insolvența în Belgia, iar divizia din Statele Unite a intrat în faliment. În aceeași lună, compania-mamă a semnat un acord de tranzacție cu Aurify Brands, cu sediul în New York, care va oferi o finanțare punte de 522.000 de dolari pentru a continua operațiunile și pentru a finaliza achiziția tuturor unităților americane pentru 3 milioane de dolari. Aurify Brands plănuia să redeschidă cel puțin 35 de unități și să creeze 1.000 de locuri de muncă.
.