Milligan College este situat în Carter County, în estul statului Tennessee. Originile sale datează de la un Buffalo Male and Female Institute (1866), înființat de o mică congregație creștină (Discipolii lui Hristos). În 1882, Josephus Hopwood l-a ridicat la rangul de colegiu numit după un venerat profesor de la Universitatea Kentucky. Hopwood, personalitatea dominantă în istoria timpurie a colegiului, a ocupat funcția de președinte până în 1903 și a inventat motto-ul său durabil, „Educația creștină – speranța lumii.”
În 1917 a început o nouă eră. Noul președinte, Henry J. Derthick, un îndrăgit „păstor până la dealuri”, a finalizat cele patru clădiri principale care au supraviețuit celui de-al Doilea Război Mondial, când colegiul și-a convertit toate facilitățile la un program V-12 al Marinei și a creat un colegiu competitiv de arte liberale pentru a servi tinerii din munții din apropiere. Un boom postbelic temporar a dus mult prea repede la un dezastru apropiat. Un scandal în biroul președintelui, demisii importante ale facultăților, un program sportiv prea costisitor și o scădere bruscă a numărului de înscrieri (la mai puțin de 300) au dus la aproape faliment și la pierderea acreditării regionale.
Era modernă a început în zilele întunecate ale anului 1950. Dean E. Walker a venit de la Universitatea Butler ca nou președinte. El a aliniat Milligan cu o facțiune conservatoare și independentă (Bisericile Creștine și Bisericile lui Hristos) din cadrul mișcării Discipolilor. Acest lucru a contribuit la obținerea unui sprijin financiar sporit din partea unor persoane și congregații simpatizante. Corpul studențesc mai puțin regional și în creștere (866 în 1995-1996) reprezenta din ce în ce mai mult această frăție. Milligan, cu o stabilitate financiară în creștere și un campus mult extins, a redobândit acreditarea regională în 1960.
În anul universitar 2000-2001, peste 900 de studenți erau înscriși la Milligan. Colegiul oferea douăzeci și nouă de specializări. Donald R. Jeanes, un absolvent al colegiului, a devenit cel de-al paisprezecelea președinte al instituției în 1997.
.