La 1 octombrie 1960, Nigeria și-a câștigat independența față de Marea Britanie. Un Consiliu Executiv al tuturor nigerianilor a fost condus de un prim-ministru, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. La 16 noiembrie 1960, Nnamdi Azikiwe a devenit primul guvernator general al unei federații formate din trei regiuni de nord, est și vest, cu Lagos drept capitală federală. Fiecare dintre regiuni era condusă de un premier cu un guvernator ca șef ceremonial. La 1 octombrie 1963, Nigeria a devenit o republică federală și a rupt legăturile rămase cu monarhia britanică, dar a rămas membră a Comunității Națiunilor. Un amendament la Constituția de independență din 1960 a înlocuit funcția de guvernator general cu cea de președinte. Nnamdi Azikwe a depus jurământul în această funcție la 1 octombrie 1963. La acea vreme, funcția era în primul rând ceremonială, iar principalele atribuții ale președintelui se refereau la lucruri precum primirea demnitarilor străini și deschiderea Parlamentului.
Într-o lovitură de stat eșuată din ianuarie 1966, un grup de ofițeri de armată, condus de maiorul Chukwuma Nzeogwu, a răsturnat guvernul central și cel regional, l-a ucis pe prim-ministrul Abubakar Tafawa Balewa și a încercat să preia controlul asupra guvernului. Nzeogwu a fost contracarat, capturat și întemnițat de generalul Johnson Aguiyi-Ironsi. Generalul Aguiyi-Ironsi a fost numit șef militar al statului.
În iulie 1966, un grup de ofițeri din nordul armatei s-a revoltat împotriva guvernului, l-a ucis pe generalul Johnson Aguiyi-Ironsi și l-a numit pe șeful Statului Major al armatei, generalul Yakubu Gowon, în fruntea noului guvern militar.
În 1975, generalul Yakubu Gowon a fost destituit, iar generalul Murtala Mohammed a fost șeful guvernului militar federal al Nigeriei până la asasinarea sa în 1976. La moartea acestuia, șeful de cabinet al Cartierului General Suprem (echivalentul unui vicepreședinte), generalul Olusegun Obasanjo, a preluat funcția de șef de stat în cadrul unei reuniuni a Consiliului Militar Suprem, păstrând în vigoare lanțul de comandă stabilit de Murtala Muhammed. Generalul Obasanjo a fost responsabil de finalizarea tranziției democratice începute de predecesorul său, care a culminat cu alegerile din august 1979.
În 1979, Nigeria a adoptat o constituție prezidențială federală. Președinția a devenit o funcție executivă, cu puteri similare cu cele ale omologului său american. Legislativul era o Adunare Națională bicamerală, formată dintr-un Senat și o Cameră a Reprezentanților.
În octombrie 1979, după mai mult de 13 ani de regim militar, Nigeria a revenit la un regim democratic. Partidul Național din Nigeria a ieșit victorios în alegerile prezidențiale, iar Alhaji Shehu Shagari a devenit primul președinte ales în mod democratic.
La 31 decembrie 1983, armata a răsturnat cea de-a doua republică. Generalul-maior Muhammadu Buhari a apărut ca președinte al Consiliului Militar Suprem (CSM), noul șef al statului.
În august 1985, guvernul generalului Buhari a fost răsturnat în mod pașnic de către șeful Statului Major al armatei, generalul-maior Ibrahim Babangida. Babangida a devenit președinte și președinte al Consiliului de conducere al forțelor armate.
În august 1993, generalul Babangida a demisionat și a ales un guvern interimar pentru a-l înlocui. Ernest Shonekan a fost numit președinte interimar. Generalul Sani Abacha a preluat puterea de la Shonekan în noiembrie 1993 și a devenit președinte și președinte al Consiliului provizoriu de guvernare.
La 8 iunie 1998, generalul Abacha a murit la vila prezidențială din capitala nigeriană, Abuja. Generalul-maior Abdulsalami Abubakar a devenit noul președinte și președinte al Consiliului provizoriu de guvernământ.
La 29 mai 1999, generalul-maior Abdulsalami Abubakar a demisionat, iar fostul șef de stat militar, Olusegun Obasanjo, a devenit președinte civil. Obasanjo a avut două mandate.
În mai 2007, Alhaji Umaru Yar’Adua a depus jurământul în calitate de președinte al Republicii Federale Nigeria, al 13-lea șef de stat al Nigeriei. Yar’Adua a murit la 5 mai 2010 în vila prezidențială din Abuja, Nigeria.
La 6 mai 2010, vicepreședintele Goodluck Jonathan a depus jurământul în funcția de președinte al Republicii Federale Nigeria și al 14-lea șef de stat.
La 29 mai 2015, Muhammadu Buhari a depus jurământul în funcția de președinte al Republicii Federale Nigeria și al 15-lea șef de stat, după ce a câștigat alegerile generale.
.