Posedă situsurile de combinare a anticorpilor proprietăți generale care le permit să se lege de diferite antigene cu afinități diferite și să se lege de antigene noi? Aici, abordăm această întrebare prin examinarea caracteristicilor fizice și chimice cele mai favorabile pentru reziduurile implicate în acomodarea și legarea antigenului. Aminoacizii amfipatici ar putea tolera cu ușurință schimbarea de mediu de la hidrofil la hidrofob care are loc la formarea complexului anticorp-antigen. Reziduurile care sunt mari și care pot participa la o mare varietate de interacțiuni van der Waals și electrostatice ar permite legarea la o serie de antigene. Aminoacizii cu lanțuri laterale flexibile ar putea genera o regiune structurală plastică, adică un situs de legare care are capacitatea de a se modela în jurul antigenului pentru a îmbunătăți complementaritatea suprafețelor de interacțiune. Prin urmare, anticorpii ar putea să se lege la o serie de antigene noi folosind un set limitat de reziduuri intercalate cu reziduuri mai unice cărora li se poate atribui o mai mare specificitate de legare. Astfel, o moleculă de anticorp individuală ar putea avea reactivitate încrucișată și capacitatea de a lega liganzi similari din punct de vedere structural. Adaptarea variațiilor de structură antigenică printr-o flexibilitate modestă a situsului de combinare ar putea avea o contribuție importantă la apărarea imunitară, permițând legarea anticorpilor la agenți patogeni distincți, dar strâns înrudiți. Tyr și Trp îndeplinesc cel mai ușor aceste cerințe fizico-chimice catolice și, prin urmare, ar trebui, din motive teoretice, să fie comune în situsurile de combinare. Susținerea experimentală a acestei afirmații provine din trei surse: (1) frecvența ridicată a participării acestor aminoacizi la legarea antigenului observată în șase complexe anticorp-antigen determinate cristalografic, (2) prezența lor frecventă în regiunile de legare putativă a anticorpilor, așa cum a fost determinată din datele structurale și de secvență și (3) potențialul de mișcare a catenelor lor laterale în situsurile de legare a anticorpilor cunoscute și în sistemele model. Cei șase antigeni legați cuprind două haptene mici diferite, regiuni care nu se suprapun din aceeași proteină mare și o peptidă cu 19 reziduuri de aminoacizi. Dintr-un total de 85 de poziții ale regiunii de determinare a complementarității, doar 37 de locații (plus 3 de cadru) sunt direct implicate în interacțiunea cu antigenul. Dintre acestea, reziduul 91 al lanțului ușor este utilizat de toate complexele examinate, în timp ce lanțul ușor 32, lanțul ușor 96 și lanțul greu 33 sunt utilizate de cinci din cele șase. Situsurile de legare din complexele anticorp-antigen cunoscute, precum și situsurile de combinare postulate în fragmentele Fab libere prezintă caracteristici similare în ceea ce privește tipurile de aminoacizi prezenți. Se evaluează, de asemenea, rolul posibil al altor aminoacizi.(ABSTRACT TRUNCTAT LA 400 DE ORE)
.