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Ibaka im Jahr 2011
Ibaka wurde von den Seattle SuperSonics mit der 24. Wahl im NBA-Draft 2008 ausgewählt. Er war der erste Spieler aus der Republik Kongo, der im Draft ausgewählt wurde, obwohl die Oklahoma City Thunder (die umbenannten SuperSonics, die sechs Tage nach dem Draft nach Oklahoma City umzogen) zustimmten, ihn in Europa zu behalten. Anschließend unterzeichnete er einen Dreijahresvertrag mit Ricoh Manresa aus der spanischen ACB-Liga, wobei er sich die Option offen hielt, nach jeder Saison in die NBA zu wechseln. In der ACB erzielte er durchschnittlich 7,1 Punkte, 4,5 Rebounds und 1 Block in 16 Minuten pro Spiel.
Im Juli 2009 zahlten die Thunder die Ablöse und verpflichteten ihn für einen Zweijahresvertrag mit zwei weiteren optionalen Spielzeiten.
Oklahoma City Thunder (2009-2016)
Obwohl er als rohes Talent in die NBA kam, hatte es Ibaka geschafft, sich zu einem Stammspieler in der Rotation der Thunder zu entwickeln. Er wurde oft wegen seiner Energie im Paint eingesetzt, sei es in der Verteidigung oder beim Rebounding. In seiner ersten NBA-Saison spielte Ibaka in 73 Spielen 18,1 Minuten pro Spiel und kam dabei auf durchschnittlich 6,3 Punkte, 5,4 Rebounds und 1,3 Blocks pro Spiel. Mit seinem Block-Durchschnitt war er in der Saison 2009/10 der beste Spieler unter den Neulingen und belegte insgesamt Platz 20. In der ersten Runde der Playoffs gegen die Los Angeles Lakers kam er in 6 Spielen zum Einsatz und erzielte dabei durchschnittlich 25,5 Minuten, 7,8 Punkte, 6,5 Rebounds und 2 Blocks pro Spiel. Seine 7 Blocks in Spiel zwei in Los Angeles waren ein Rekord (jüngster Spieler mit 7 Blocks in einem Playoff-Spiel).
Am 19. Februar 2011 nahm Ibaka am NBA Slam Dunk Contest 2011 teil. Er begann den Wettbewerb mit einem Dunk von der Freiwurflinie. In der zweiten Runde schnappte sich Ibaka mit dem Mund ein Stofftier vom Rand und dunkte in einer einzigen Bewegung. Allerdings verlor er den Wettbewerb gegen Blake Griffin.
Während des NBA-Lockouts 2011 unterschrieb er einen zweimonatigen Vertrag bei Real Madrid in Spanien an der Seite seines spanischen Basketball-Nationalmannschaftskollegen und Freundes Rudy Fernández mit einer Option auf eine Rückkehr in die NBA nach Ende des Lockouts. In 6 Spielen in der Euroleague erzielte er durchschnittlich 5,5 Punkte, 4,7 Rebounds und 2 Blocks in 15 Minuten pro Spiel.
Nach dem Lockout kehrte Ibaka aus Spanien in die NBA zurück. Am 19. Februar 2012 erzielte er gegen die Denver Nuggets sein erstes Triple-Double seiner Karriere, indem er 14 Punkte erzielte, 15 Rebounds schnappte und ein Karrierehoch von 11 Blocks erzielte. In der verkürzten Saison bestritt er alle 66 Spiele als Stammspieler und blockte im Durchschnitt 3,6 Mal pro Spiel. Bei der Wahl zum Defensivspieler des Jahres belegte er den zweiten Platz hinter Tyson Chandler von den New York Knicks. In Spiel 4 der Western Conference Finals gegen die San Antonio Spurs traf Ibaka 11-11 Mal aus dem Feld. Oklahoma City gewann die Serie in sechs Spielen und zog in die NBA-Finals 2012 ein. In den Finals erzielte Ibaka durchschnittlich 7 Punkte und 5 Rebounds, aber die Thunder unterlagen den Miami Heat in fünf Spielen.
Im August 2012 unterschrieb Ibaka bei den Thunder einen Vierjahresvertrag im Wert von 48 Millionen Dollar.
In der NBA-Saison 2012-13 steigerte Ibaka seinen Punktedurchschnitt von 9,1 auf 13,2. Außerdem holte er durchschnittlich 7,7 Rebounds und führte die Liga mit 3,0 Blocks an. Für seine defensiven Leistungen wurde Ibaka bei der Wahl zum Defensivspieler des Jahres auf Platz 3 gewählt, hinter LeBron James und dem Sieger Marc Gasol. In den Playoffs schlugen die Thunder die Houston Rockets in 6 Spielen, unterlagen aber den Memphis Grizzlies in fünf Spielen. Ibaka erzielte in der Postseason durchschnittlich 12,8 Punkte, 8,4 Rebounds und 3 Blocks, traf aber nur 43,7 % aus dem Feld, was einem Rückgang von fast 14 % gegenüber seiner regulären Saison-Feldwurfquote von 57,3 % entspricht.
In der Saison 2013/14 erzielte Ibaka Karrierehöchstwerte von 15,1 Punkten und 8,8 Rebounds pro Spiel und führte die Liga zum vierten Mal in Folge bei den Blocks (219) an. Beim Sieg gegen die Los Angeles Clippers im Conference-Halbfinale zog sich Ibaka eine Verletzung der linken Wade zu, die ihn voraussichtlich für den Rest der Playoffs 2014 außer Gefecht setzen würde. In Spiel 3 der Conference Finals gegen die San Antonio Spurs gab er jedoch sein Comeback. Die Thunder unterlagen den Spurs schließlich in sechs Spielen, während Ibaka in den Playoffs durchschnittlich 12,2 Punkte, 7,3 Rebounds und 2,4 Blocks erzielte. Ibaka wurde außerdem zum dritten Mal in Folge in das NBA All-Defensive First Team gewählt.
Am 19. Februar 2015 erzielte Ibaka beim 104:89-Sieg gegen die Dallas Mavericks 21 Punkte und 22 Rebounds. Am 17. März 2015 fiel er für vier bis sechs Wochen aus, nachdem er sich einer arthroskopischen Operation am rechten Knie unterzogen hatte.
Am 4. Januar 2016 erzielte Ibaka bei der Niederlage gegen die Sacramento Kings mit 25 Punkten ein Saison-Hoch.
Orlando Magic (2016-2017)
Am 23. Juni 2016 wurde Ibaka im Austausch gegen Victor Oladipo, Ersan İlyasova und die Draft-Rechte an Domantas Sabonis, dem 11. Pick des NBA-Drafts 2016, zu den Orlando Magic gehandelt. Am 26. Oktober gab er sein Debüt für die Magic bei der Saisoneröffnung und erzielte bei der 108:96-Niederlage gegen die Miami Heat 14 Punkte und sieben Rebounds. Am 13. November 2016 erzielte er ein Karrierehoch von 31 Punkten und schlug einen Game-Winning-Baseline-Jumper, um die Magic zu einem 119:117-Sieg über sein ehemaliges Team, die Oklahoma City Thunder, zu führen.
Toronto Raptors (2017-2020)
Am 14. Februar 2017 wurde Ibaka im Austausch gegen Terrence Ross und einen zukünftigen Erstrunden-Draft-Pick (später verwendet, um Anžejs Pasečņiks zu daten) zu den Toronto Raptors gehandelt. Zehn Tage später gab er sein Debüt für die Raptors und erzielte 15 Punkte bei einem 107:97-Sieg gegen die Boston Celtics. Am 21. März 2017 wurde Ibaka im Spiel gegen die Chicago Bulls nach einer Auseinandersetzung mit Bulls-Center Robin Lopez des Feldes verwiesen. Am nächsten Tag erhielt Ibaka eine Sperre von einem Spiel.
Am 7. Juli 2017 unterschrieb Ibaka erneut bei den Raptors und erhielt einen Dreijahresvertrag über 65 Millionen Dollar. Am 4. November 2018 machte er seine ersten 14 Würfe auf dem Weg zu einem Karrierehoch von 34 Punkten bei einem 121:107-Sieg gegen die Los Angeles Lakers. Er beendete das Spiel mit 15 von 17 Würfen aus dem Feld und war der erste Spieler, der ein Spiel mit 14 von 14 Würfen aus dem Feld begann, seit Shaquille O’Neal dies im Februar 2006 tat.
Am 3. Februar 2019 erzielte Ibaka beim 121:103-Sieg gegen die Los Angeles Clippers 16 Punkte und 12 Rebounds und erzielte damit sein sechstes Double-Double in Folge, die längste Serie in Toronto seit Chris Bosh im November 2009. Im Juni 2019 half er den Raptors, die Golden State Warriors in den NBA Finals in sechs Spielen zu besiegen und seine erste NBA-Meisterschaft zu gewinnen.
Los Angeles Clippers (2020-heute)
Am 25. November 2020 unterschrieb Ibaka bei den Los Angeles Clippers. In seinem ersten Spiel für die Clippers erzielte Ibaka 15 Punkte und 6 Rebounds bei einem 116:109-Sieg der Clippers gegen die Lakers.