Číslo reprodukce (R) se často používá k vyjádření nakažlivosti nemoci. Tuto veličinu budeme částečně používat k posouzení alternativních zásahů ke kontrole ohniska, protože R se kontrolními opatřeními mění. Základní reprodukční číslo (R0) je reprodukční číslo, pokud neexistuje imunita z minulých expozic nebo očkování, ani žádný záměrný zásah do přenosu nemoci. O R hovoříme jako o efektivním reprodukčním čísle, když existuje určitá imunita nebo jsou zavedena nějaká intervenční opatření.
Je užitečné připomenout některé charakteristiky reprodukčního čísla, protože jeho interpretace není vždy jednoduchá.
Když jsou jedinci homogenní a rovnoměrně se mísí, je R definováno jako průměrný počet infekcí vzniklých během infekčního období jednoho nakaženého. Jednotlivci se mohou lišit v počtu nakažených v důsledku náhody, ale průměrný počet nakažených je R. Epidemie infekce SEIR nemůže vzniknout, pokud je R na začátku epidemie menší než 1, a zavedená ohniska zaniknou, pokud buď zásahy udržují R pod 1, nebo byla vnímavá část populace vyčerpána natolik, že udržuje R pod 1.
Základní reprodukční číslo se může v různých lokalitách lišit, protože míra kontaktu mezi lidmi se může lišit v důsledku rozdílů v hustotě populace a kulturních rozdílů. Efektivní reprodukční číslo se může lišit také proto, že se komunity v různých lokalitách mohou lišit úrovní imunity.
Jaké základní reprodukční číslo bychom měli používat při posuzování navrhovaných zásahů proti pandemické chřipce? Může se stát, že nedávné vystavení aktuálně cirkulujícím kmenům chřipky nebo očkování na ochranu proti nim zajistí určitou imunitu proti nově vzniklému kmeni; viz Jordan et al. (1958), Spicer a Lawrence (1984), Mills et al. (2004). Pak je vhodné reprodukční číslo, s ohledem na které bychom měli posuzovat jakýkoli navrhovaný zásah v naší komunitě, efektivní reprodukční číslo odpovídající populaci, jaká je na počátku, doplněné o její počáteční úroveň imunity vyplývající z expozice chřipkovým kmenům, které cirkulovaly dříve, ale bez jakýchkoli záměrných zásahů. Pro zjednodušení budeme toto výchozí reprodukční číslo označovat jako základní reprodukční číslo a v tomto dokumentu ho budeme označovat R0.
Existují dva aspekty přenosu infekčních onemocnění, které R dobře nezachycuje. Jedním z nich je rychlost přenosu v kalendářním čase. Pro ilustraci uvažujme dvě infekce SIR se stejným R0. Předpokládejme, že u jedné z těchto infekcí jsou jedinci vysoce infekční v krátkém infekčním období. U druhé infekce jsou jedinci méně infekční, ale po delší infekční období. Výsledkem obou bude stejná konečná míra napadení, ale první epidemie se rozběhne rychleji, bude mít vyšší výskyt na vrcholu epidemie a bude mnohem kratší; viz oddíl 2.4.
Druhým aspektem, který R obecně dobře nezachycuje, je q, pravděpodobnost, že importovaná epidemie nabere na síle a stane se velkou, na rozdíl od odeznění po nakažení relativně malého počtu osob. Tato pravděpodobnost má zásadní význam pro otázky omezení a oddálení lokální epidemie, takže při posuzování zásahů na základě R musíme mít tuto skutečnost na paměti
.