Ali byl chalífou v letech 656-661 n. l., což bylo jedno z nejtěžších období v muslimských dějinách, které se krylo s první muslimskou občanskou válkou. Vládl Rašídúnské říši, která se rozkládala od východních hranic Persie až po západní hranice Egypta. Mnozí muslimové považují jeho vládu za islámský styl spravedlnosti a tolerance na jedné straně a tvrdého dodržování islámského práva na straně druhé.
Volba chalífou
Po zavraždění třetího chalífy Uthmána ibn Affana museli povstalci vybrat nového chalífu. Tato volba se však setkala s určitými obtížemi. Povstalci byli rozděleni do několika skupin složených z muhadžerínů, ansárů, Egypťanů, kufánů a basntů. Kandidáti byli tři: Alí, Talháh a Al-Zubajr. Nejprve se obrátili na Alího a požádali ho, aby přijal chalífát. Také někteří Mohamedovi společníci se ho snažili přesvědčit, aby úřad přijal. On však odmítl a odpověděl: „Nechte mě a hledejte někoho jiného. Stojíme před záležitostí, která má (několik) tváří a barev, které nesnese ani srdce, ani rozum. Nad oblohou se vznášejí mraky a tváře nelze rozeznat. Měl bys vědět, že kdybych ti odpověděl, vedl bych tě tak, jak vím, a nestaral bych se o to, co by kdo řekl nebo zneužil. Pokud mě opustíte, pak jsem stejný jako vy. Je možné, že bych poslouchal a poslouchal toho, koho byste učinili vedoucím svých záležitostí. Jsem pro vás lepší jako rádce než jako náčelník.“
Poté povstalci nabídli chalífát Talhovi a Al-Zubajrovi a některým dalším společníkům, ale i oni jej odmítli. Proto pohrozili, že pokud si lid Medíny do jednoho dne nezvolí chalífu, budou nuceni podniknout nějaké drastické kroky. Aby se patová situace vyřešila, sešli se všichni muslimové 18. června 656 n. l. v Prorokově mešitě. (19. dhu al-hidždža 35AH.), aby zvolili chalífu. Alí odmítl přijmout chalífát s tím, že lidé, kteří na něj nejvíce tlačili, byli rebelové, a proto nejprve odmítl. Když na něj však naléhali významní Mohamedovi společníci i lidé žijící v Medíně, nakonec souhlasil. Podle vyprávění Abú Mekhnafa byl Talhah prvním významným společníkem, který dal slib, ale ostatní vyprávění tvrdí, že tak neučinili, nebo je k tomu dokonce někdo donutil. Nicméně on a Al-Zubajr později tvrdili, že tak učinili neochotně, ale Alí toto tvrzení odmítl a řekl, že tak učinili dobrovolně. Mudelong se domnívá, že k naléhání na složení slibu nebylo použito násilí a slib složili veřejně v mešitě.
Ačkoli drtivá většina lidí žijících v Medíně i povstalců svůj slib složila, některé významné osobnosti tak neučinily. Umajjovci, Uthmánovi příbuzní, uprchli do Levanty nebo zůstali ve svých domech a později odmítli Alího legitimitu. Sa`ad ibn Abi Waqqas nebyl přítomen a Abdulláh ibn Umar se zdržel nabídky věrnosti, ale oba ujistili Alího, že proti Alímu nic nepodniknou.
Another prominent figure who was in Mecca at that time and later opposed Ali, was A'isha, Muhammad's widow.
Vláda chalífy
Oblasti Rašídúnské říše za vlády čtyř chalífů. Rozdělená fáze se týká Alího chalífátu.
Na začátku Alí lidem řekl, že muslimská politika začala být sužována neshodami a rozpory a on chce islám očistit od všeho zla, kterým začal trpět. Poté všechny zúčastněné varoval, že nebude tolerovat žádné pobuřování a se všemi, kdo budou shledáni vinnými z podvratné činnosti, bude tvrdě naloženo. Doporučil lidem, aby se chovali jako praví muslimové.
Brzy však zjistil, že je bezmocný a zajatcem lidí, kteří ho neposlouchají. Chalífát mu přišel darem od vzbouřenců a on neměl dostatek síly, aby je mohl kontrolovat nebo trestat. Když někteří lidé žádali Alího, aby potrestal ty, kteří Uthmána zabili, Alí odpověděl: „Jak na to mám sílu, když ti, kteří ho napadli, jsou na vrcholu své moci. Oni mají převahu nad námi, ne my nad nimi.“ Zatímco A’isha, Talhah, Al-Zubayr a Umajjovci, zejména Muawiyah I, se chtěli pomstít za Uthmanovu smrt a potrestat výtržníky, kteří ho zabili. Někteří historici se však domnívají, že tuto záležitost využili k tomu, aby usilovali o své politické ambice, protože jim Alího chalífát byl proti srsti.
Brzy poté, co se Alí stal chalífou, odvolal provinční správce, které jmenoval Uthmán, a nahradil je důvěryhodnými pomocníky. Jednal v rozporu s radami Mughry ibn Šobáha a Ibn Abbáse, kteří mu radili postupovat opatrně. Madelung říká, že Alí byl hluboce přesvědčen o svém právu a náboženském poslání, nebyl ochoten ustoupit ze svých zásad kvůli politické účelnosti, byl připraven bojovat proti zdrcující přesile. Muávija, Uthmánův příbuzný a guvernér Levanty, se odmítl podřídit Alího rozkazům – byl to jediný guvernér, který tak učinil.
Po bitvě u Bassory Alí přenesl své hlavní město z Medíny do Kufy, muslimského posádkového města v Iráku. Kufa se nacházela uprostřed islámské země a měla strategickou polohu.
Ali věřil, že lidé a guvernéři mají vůči sobě navzájem práva a Bůh tato práva stvořil tak, aby se navzájem zrovnoprávnila. Největším z těchto práv, které Bůh učinil závazným, je právo vládce nad ovládanými a právo ovládaných nad vládci. Pokud ovládaní plní práva vládce a vládce plní jejich práva, pak právo mezi nimi dosáhne čestného postavení, cesty náboženství se ustálí, znamení spravedlnosti se upevní a sunna získá platnost. Sepsal pokyny pro své úředníky, které jasně ukazují, jakou formu režimu chtěl zavést. Neměl to být režim, jehož úředníci by měli navrch a byli vykrmováni z veřejných peněz. Měl to být režim, v němž vládnoucí a daňoví poplatníci měli prémii. Bylo to jejich pohodlí, pro které měl stát fungovat. Byl to sociální stát pracující výhradně pro blaho lidí žijících pod jeho vládou, režim, kde bohatí nemohou bohatnout, zatímco chudí chudnou; režim, kde náboženské kánony udržují rovnováhu mezi ovládanými a vládci. Žádal lidi, aby s ním nemluvili jako s krutými vládci a byli k němu upřímní.
Ali měl rozhodné přesvědčení, že by neměl začínat válku s ostatními muslimy, ale když ji nepřítel začne, jeho armáda neustoupí, pokud nebude chtít znovu zaútočit. Nařídil svým vojákům, aby nezabíjeli toho, kdo by se zranil, nebo nebyl schopen se bránit, či utéct z bojiště a zranění a chtěl, aby jeho bojovníci nezraňovali ženy.
První Fitna
Bitva u Siffinu, ilustrace z rukopisu z 19. století od Muhammada Rafího Bazila. Nahoře a dole na obrázku jsou perské básně.
První fitna, 656-661 n. l., následovala po zavraždění chalífy Uthmána ibn Affana, pokračovala během Alího chalífátu a celkově byla ukončena Muávijovým nástupem do chalífátu. Tato občanská válka se často nazývá Fitna a je litována jako konec rané jednoty islámské ummy (národa). Proti Alímu se nejprve postavila frakce vedená Talhou, Al-Zubajrem a Muhammadovou manželkou Aišou bint Abú Bakr. Tato skupina byla svými nepřáteli nazývána neposlušnými (Nakithin). Nejprve se shromáždili v Mekce a poté se přesunuli do Basry s očekáváním, že najdou potřebné síly a zdroje k mobilizaci lidí na území dnešního Iráku. Povstalci obsadili Basru a zabili mnoho lidí. Když je Alí požádal o poslušnost a slib věrnosti, odmítli. Obě strany se střetly v bitvě u Bassory (bitva u velblouda) v roce 656, z níž Alí vyšel vítězně.
Poté jmenoval Ibn Abbáse guvernérem Basry a přesunul své hlavní město do Kufy. Později ho vyzval Muávija I., guvernér Levanty a Uthmánův bratranec, který odmítl Alího požadavky na věrnost a vyzval k pomstě za Uthmána. Alí s ním zahájil jednání v naději, že získá zpět jeho věrnost, ale Muawiyah trval na autonomii Levanty pod svou vládou. Muawiyah odpověděl tím, že zmobilizoval své levantské stoupence a odmítl Alimu vzdát hold pod záminkou, že se jeho kontingent nezúčastnil jeho volby. Obě armády se utábořily u Siffinu na více než sto dní, přičemž většinu času strávily vyjednáváním. Ačkoli si Alí s Muávijou vyměnil několik dopisů, nepodařilo se mu ho odvolat ani přesvědčit, aby mu slíbil věrnost. Potyčky mezi oběma stranami vedly v roce 657 k bitvě u Siffinu. Po týdnu bojů následovala prudká bitva známá jako laylat al-harir (noc křiku), Muávijova armáda byla na pokraji porážky, když Amr ibn al-Aas poradil Muávijovi, aby nechal své vojáky zvednout mušafy (buď pergameny s verši Koránu, nebo jeho úplné kopie) na hroty svých kopí, aby tak vyvolal neshody a zmatek v Alího armádě.
Obě armády se nakonec dohodly, že otázku, kdo bude chalífou, vyřeší arbitráží. Odmítnutí největšího bloku v Alího armádě bojovat bylo rozhodujícím faktorem pro jeho přijetí arbitráže. Otázka, zda bude rozhodce zastupovat Alího, nebo Kufany, způsobila další rozkol v Alího armádě. Aš’ath ibn Qays a někteří další odmítli Alího nominanty, `Abdláha ibn `Abbáse a Malika al-Aštara, a trvali na Abú Musovi Aš’arím, který byl proti Alímu, protože předtím zabránil lidem, aby ho podpořili. Nakonec byl Alí vyzván, aby Abú Músu přijal. Někteří Alího stoupenci, později známí jako charídžité (rozkolníci), se proti tomuto rozhodnutí postavili, vzbouřili se a Alí s nimi musel bojovat v bitvě u Nahrawánu. Tato arbitráž vedla k rozpadu Alího koalice a někteří se domnívají, že to byl Muávijův záměr.
Muávijova armáda přepadala a plenila města, čemuž Alího správci nedokázali zabránit a lidé ho nepodpořili, aby s nimi bojoval. Muávija ovládl Egypt, Jemen a další oblasti.
Tato občanská válka vytvořila v muslimské komunitě trvalé rozpory a muslimové byli rozděleni v názoru na to, kdo má legitimní právo obsadit chalífát.
Smrt
Devatenáctého ramadánu, když se Alí modlil v mešitě v Kufě, ho charidžita Abd-al-Rahmán ibn Muljam zavraždil úderem meče obaleného jedem. Alí, zraněný jedovatým mečem, žil ještě dva dny a zemřel 21. ramadánu ve městě Kufa v roce 661 n. l.
Ali nařídil svým synům, aby nezabíjeli skupinu lidí. Vzhledem k tomu, že čin provedl jediný člen charidžovské skupiny, a ne všichni, museli se pomstít pouze vrahovi. Hasan tedy později splnil Qisas a zabil ibn Muljam.
V těchto dvou dnech nadiktoval své domácnosti závěť: „Radím vám, abyste nikoho nepovažovali za spolupracovníka Pána, buďte pevní ve své víře, že existuje jeden a jediný Alláh. Neplýtvejte vědomostmi, které vám dal Muhammad, a nevzdávejte se a neničte jeho sunnu. Držte tyto dva pilíře islámu nahoře. Budete-li jednat podle mých rad, pak vás nelze vinit z poškozování či ničení náboženství.“
Pohřeb
Rawze-e-Sharif, Modrá mešita, v Mazari Sharif, Afghánistánu – kde je podle menšiny muslimů pohřben Alí ibn Abí Tálib
Mnozí šíité věří, že Alí nechtěl, aby jeho hrob znesvětili nepřátelé, a proto požádal své přátele a členy rodiny, aby ho pohřbili tajně. Tento tajný hrob údajně později během abbásovského chalífátu odhalil Džá’far al-Sádik, šestý šíitský imám. Většina šíitů uznává, že Alí byl pohřben v hrobce imáma Alího v mešitě imáma Alího v dnešním městě Nadžaf, které vyrostlo kolem mešity a svatyně zvané Masdžid Alí.
Jiná verze, kterou obvykle zastávají Afghánci, však uvádí, že jeho tělo bylo převezeno a pohřbeno v afghánském městě Mazárí Šaríf ve slavné Modré mešitě neboli Rawze-e-Šarífu.