Po absolvování Dartmouthu se Just potýkal se stejnými problémy jako všichni černí absolventi vysokých škol té doby: bez ohledu na to, jak skvělí byli nebo jak vysoké známky měli, bylo pro černochy téměř nemožné stát se členy fakulty na bílých vysokých školách nebo univerzitách. Just se rozhodl pro to, co se mu zdálo být nejlepší možností, a přijal místo učitele na historicky černošské Howardově univerzitě ve Washingtonu, D.C. V roce 1907 začal Just nejprve vyučovat rétoriku a angličtinu, tedy obory poněkud vzdálené jeho specializaci. Do roku 1909 však vyučoval nejen angličtinu, ale také biologii. V roce 1910 ho prezident Howardovy univerzity Wilbur P. Thirkield pověřil vedením nově vzniklé katedry biologie a v roce 1912 se stal vedoucím nové katedry zoologie, kterou zastával až do své smrti v roce 1941. Nedlouho po nástupu na Howardovu univerzitu se Just seznámil s Frankem R. Lilliem, vedoucím katedry zoologie na Chicagské univerzitě. Lillie, který byl zároveň ředitelem Mořské biologické laboratoře (MBL) ve Woods Hole v Massachusetts, pozval Justa, aby strávil léto 1909 jako jeho výzkumný asistent v MBL. V této době i později se Justovy experimenty zaměřovaly především na vajíčka mořských bezobratlých. Zkoumal reakci na oplození a rozmnožovací zvyklosti druhů, jako jsou Platynereis megalops, Nereis limbata a Arbacia punctulata. Během následujících zhruba 20 let strávil Just v MBL každé léto kromě jednoho.
Během svého působení v MBL se Just naučil zručně a s porozuměním zacházet s vajíčky a embryi mořských bezobratlých a brzy byly jeho odborné znalosti velmi žádané jak mladšími, tak staršími vědci. V roce 1915 si Just vzal na Howardově univerzitě dovolenou, aby se mohl zapsat do pokročilého akademického programu na Chicagské univerzitě. V témže roce se Just, který si získával celostátní pověst vynikajícího mladého vědce, stal prvním nositelem Spingarnovy medaile NAACP, kterou obdržel 12. února 1915. Medaile byla oceněním jeho vědeckých úspěchů a jeho „přední služby své rase“. Své postgraduální vzdělávání zahájil studiem v MBL: v letech 1909 a 1910 zde absolvoval kurzy zoologie bezobratlých a embryologie. Ve studiu pokračoval na univerzitě v Chicagu. Jeho povinnosti na Howardově univerzitě zpozdily dokončení kurzů a získání doktorského titulu. Nicméně v červnu 1916 Just získal titul v oboru zoologie s prací o mechanice oplození. Just se tak stal jedním z pouhé hrstky černochů, kteří získali doktorský titul na významné univerzitě. V době, kdy získal doktorát v Chicagu, již publikoval několik vědeckých článků, a to jako samostatný autor i jako spoluautor s Lilliem. Během svého působení ve Woods Hole se Just vypracoval ze studentského učně na mezinárodně uznávaného vědce. Jako pečlivý a pečlivý experimentátor byl považován za „génia v navrhování experimentů“. Zkoumal další oblasti, mezi něž patřily: experimentální partenogeneze, buněčné dělení, hydratace, dehydratace v buňkách, karcinogenní UV záření na buňky a fyziologie vývoje.
Just však začal být frustrovaný, protože nemohl získat místo na významné americké univerzitě. Chtěl získat místo, které by mu zajistilo stálý příjem a umožnilo mu věnovat se více času svému výzkumu. Justova vědecká kariéra zahrnovala neustálý boj o příležitost k výzkumu, který byl „dechem jeho života“. Rasa ho odsoudila k tomu, aby zůstal připoután k Howardu, instituci, která nemohla dát plnou příležitost ambicím, jaké Just měl. V roce 1929 Just odcestoval do italské Neapole, kde prováděl pokusy na prestižní zoologické stanici „Anton Dohrn“. V roce 1930 se pak stal prvním Američanem, který byl pozván do Institutu císaře Viléma v německém Berlíně-Dahlemu, kde provádělo výzkum několik nositelů Nobelovy ceny. Celkem Just od své první cesty v roce 1929 do své poslední v roce 1938 uskutečnil deset nebo více návštěv Evropy za účelem výzkumu. Právě v této době byl Just spolu s několika dalšími vědci spoluautorem výzkumné práce nazvané „Obecná cytologie“, která ho vědci považovala za celebritu a povzbudila ho k rozšíření jeho teorie o ektoplazmě na další druhy. Justovi se práce v Evropě líbila, protože se zde ve srovnání s USA nesetkával s tak velkou diskriminací, a když už se s rasismem setkal, vždy to bylo ze strany Američanů.Od roku 1933, kdy začali zemi ovládat nacisté, přestal Just v Německu pracovat. Později přesunul svá evropská studia do Paříže a do mořské laboratoře ve francouzské rybářské vesnici Roscoff, která leží na kanálu La Manche.
Just byl autorem dvou knih, Basic Methods for Experiments on Eggs of Marine Animals (1939) a The Biology of the Cell Surface (1939), a publikoval také nejméně sedmdesát prací z oblasti cytologie, oplození a raného embryonálního vývoje. Objevil tzv. rychlý blok polyspermie, dále objasnil pomalý blok, který objevil Fol v 70. letech 19. století, a ukázal, že adhezivní vlastnosti buněk raného embrya jsou povrchové jevy, které jsou výjimečně závislé na vývojovém stadiu. Věřil, že podmínky používané pro pokusy v laboratoři by měly věrně odpovídat podmínkám v přírodě; v tomto smyslu ho lze považovat za raného ekologického vývojového biologa. Jeho práce o experimentální partenogenezi se stala základem koncepce „autoindukce“ Johannese Holtfretera, která zase široce ovlivnila moderní evoluční a vývojovou biologii. Jeho zkoumání pohybu vody do živých vaječných buněk a ven z nich (při zachování jejich plného vývojového potenciálu) přineslo poznatky o vnitřní struktuře buněk, které jsou nyní plněji objasňovány pomocí výkonných biofyzikálních nástrojů a výpočetních metod. Tyto experimenty předznamenaly neinvazivní zobrazování živých buněk, které se vyvíjí dnes. Ačkoli Justova experimentální práce ukázala důležitou roli buněčného povrchu a vrstvy pod ním, „ektoplazmy“, ve vývoji, byla z velké části a bohužel ignorována. To platilo i s ohledem na vědce, kteří ve svých pracích kladli důraz na buněčný povrch. Platilo to zejména o Američanech; u Evropanů na tom byl o něco lépe.