Raná léta obnovy
Když Fridrich Vilém, zcela nezkušený v politice, nastoupil v prosinci 1640 po svém otci do funkce kurfiřta, převzal zpustošenou zemi obsazenou cizími vojsky. Za vlády otcova mocného oblíbence hraběte Adama von Schwarzenberg přešlo Braniborsko ze strany Švédů na stranu Habsburků a bylo tak vtaženo do bojů na obou stranách. Kurfiřt, který až do roku 1643 nesídlil v Braniborsku, srdci svého panství, ale v Königsbergu (dnešní Kaliningrad v Rusku), hlavním městě vzdáleného pruského vévodství, zpočátku vedl politiku opatrné neutrality, aby unikl tlaku soupeřících mocností. Propustil braniborské vojsko do služeb habsburského císaře a uzavřel příměří se Švédskem.
Brzy však poznal, že bez armády se nikdy nemůže stát pánem ve vlastním domě. Již v roce 1644, na počátku jednání o uzavření třicetileté války, začal organizovat vlastní vojenské síly. Přestože jeho armáda byla malá, Braniborsko ji nemohlo uživit, aniž by si vyžádalo finanční prostředky z Klévského vévodství na západě a z Pruského vévodství. Poprvé se tak braniborská území, spojená pouze věrností osobě kurfiřta, spojila za politickým účelem. Stálá armáda byla první institucí, kterou stále absolutističtější vládci Braniborska použili v boji proti stavovským privilegiím jednotlivých území. Nikdy nebyla zcela rozpuštěna a stala se jádrem pruské armády 18. století.
Tato armáda nebyla dostatečně velká, aby Fridrich Vilém mohl vést samostatnou zahraniční politiku. Jeho sňatek s Luisou Henriettou Oranžskou v roce 1646 navíc nepřinesl očekávanou nizozemskou podporu. Protože mu chyběla podpora spřátelených velmocí na Vestfálském mírovém kongresu v roce 1648, nedosáhl svého cíle získat celé Pomořansko s ústím Odry a důležitým přístavem Štětín (od roku 1945 Štětín). Musel se spokojit s východním Pomořanskem, sekularizovanými diecézemi Minden a Halberstadt a příslibem magdeburského arcibiskupství, které však byly důležité jako spojnice s jeho západoněmeckými državami.
Po sedmi letech mírové obnovy prošly politické a vojenské schopnosti Fridricha Viléma těžkou zkouškou v podobě vypuknutí první severní války (1655-60). Vpádem do Polska se švédský král Karel X. Gustav snažil rozšířit moc v Pobaltí, kterou Švédsko získalo Vestfálským mírem. Fridrich Vilém jako pruský vévoda dlužil polskému králi věrnost, ale když mu Švédsko nabídlo spojenectví výměnou za kontrolu nad východopruskými přístavy, zvolil kurfiřt ozbrojenou neutralitu. Když Karel Gustav rychle ovládl Polsko a postupoval proti Východnímu Prusku, musel Fridrich Vilém vyměnit polskou svrchovanost za švédskou a poskytnout Karlu Gustavovi ozbrojenou podporu. V třídenní bitvě u Varšavy v červenci 1656 prošla nevyzkoušená braniborská armáda pod kurfiřtovým velením zkouškou ohněm. Aby si kurfiřta udržel na své straně, udělil mu švédský král plnou svrchovanost nad pruským vévodstvím. To však nebránilo Fridrichu Vilémovi, aby ve chvíli, kdy se vojenská pozice Švédska zhoršila, zahájil jednání s Polskem, které se nyní vzdalo svrchovanosti nad Východním Pruskem. S novými spojenci, Polskem a habsburským císařem, vyhnal kurfiřt Švédy ze západního Pomořanska. Francouzská intervence však přinutila Fridricha Viléma znovu se vzdát svých pomořanských výbojů. Toto zřeknutí se bylo ratifikováno v Olivské smlouvě v roce 1660 a vyváženo potvrzením kurfiřtovy plné svrchovanosti nad Pruským vévodstvím.
Kurfiřtova schopnost dosáhnout svých cílů vyplývala nejen ze snadnosti, s jakou měnil strany, ale také z toho, že se mu podařilo přimět zemské stavy k podpoře stálé armády nezávisle na daňových přídělech od zemských sněmů. Ve druhé polovině své vlády zbavil stavy kontroly nad daněmi a financemi úplně, čímž položil základy mocné byrokracie pozdějšího pruského absolutismu se stálou armádou, pevnými daněmi a úřednictvem závislým pouze na panovníkovi.