Mezi tím, My’shell Lemair, která si vyčítala Charlottinu situaci, se rozhodla prozkoumat stopy na starých asasínských účtech, což ji přivedlo ke zjištění, že je tajně využívá třetí frakce. Berg účty také prozkoumal a vyslechl ji, než byl přepaden buňkou Nástroje vedenou Jasdipem. Těžce zraněný My’shell odvedl Berga do londýnského úkrytu, kde se asasíni znovu sešli. Neochotně se asasínská buňka a Berg rozhodli spojit síly, aby zastavili novou frakci, která infiltrovala oba jejich řády.
Charlotte se vydala oživit vzpomínky Ignacia Cardony a zjistila, že komunikoval s bývalým Černým křížem Albertem Boldenem. Poté, co Charlotte nebyla schopna pokračovat kvůli únavě způsobené Animem, oživil Berg vzpomínky Alberta Boldena pomocí DNA jeho potomka Andrého Boldena. Nakonec zjistili, že artefakt je pohřben v sutinách opuštěného kostela ve Španělsku. Mezitím Nástroje unesly Abstergovu laboratoř projektu Phoenix pro své vlastní účely.
Asasíni a Berg odjeli do Španělska, kde Arend a Kijoši zpočátku čelili odporu dvou starších ochránců místa přidělených Cardonou a Boldenem, než byli zajati týmem Nástroje Jasdipa Dhamiho. Když Charlotte odhalila Koh-i-Noor, nevědomky artefakt aktivovala a vytvořila světelný výbuch. Dhamimu se podařilo Charlottu uprostřed světelné exploze zkrotit a po přivolání minometného útoku s artefaktem uprchl. Krátce poté byl londýnský úkryt asasínů napaden Nástroji, My’shellovi se však podařilo s Guernicou uniknout, i když nakonec za sebou zanechal těžce zraněného.
Mezitím, Nástroje donutily šéfa projektu Fénix Abstergo Álvara Gramática, aby v laboratoři kdesi v Austrálii vytvořil pro Juno nové tělo s použitím Rajského pláště a DNA odebrané Desmondovu synovi Mudrci Elijahovi. Když bylo Junoino nové tělo dokončeno a ona se znovu narodila, Asasíni a Berg vtrhli do zařízení, zatímco Elijah se vzbouřil proti svým věznitelům z Instrumentu. Asasíni zabili mnoho Nástrojů, včetně Dhamiho, zatímco Galina sešplhala dolů do laboratoře Gramática.
Když Galina i Elijah dorazili do laboratoře, Elijah ukradl Koh-i-Noor a dotkl se ho spolu s Galinou a použil jeho sílu k odražení Nástrojů. Galina ho pak použila k vytvoření iluze Souhlasu, aby odlákala Junovu pozornost, zatímco ona pak Skrytou čepelí zabila Isu. Ačkoli byla Charlotta stále uvnitř, Berg odpálil uvnitř zařízení vysoce ničivý granát, jakmile s Galinou, Arendem a Kijošim uprchli, a navzdory protestům Asasínů ji zabil. Eliáš však unikl i s Koh-i-Noorem.
Pátrání po holi Herma Trismegista
Na konci října 2017, William Miles zachránil zběhlého agenta Absterga jménem Layla Hassan, který dostal od Simona Hathawaye za úkol získat zpět sarkofág Bayeka ze Sivy, zakladatele Skrytých, v propadlišti Qattara v Egyptě. Poté, co se rozhodla prozkoumat Bayekovy vzpomínky na vlastní pěst pomocí svého přenosného Animusu, místo aby sarkofág přinesla do Absterga, společnost neúspěšně vyslala agenty, aby ji zabili. William ji nakonec našel a nabídl jí možnost pracovat na projektu Animus Assassinů, což neochotně přijala.
Během následujícího roku Laylina nechuť ke vstupu do Bratrstva opadla a stala se váženou členkou Assassinů, dokonce získala vedení nad vlastní buňkou. Koncem roku 2018 Layla našla důkazy, které ukazovaly na místo, kde se nachází zlomené Leonidovo kopí, a shromáždila tým složený z bývalé zaměstnankyně Absterga Victorie Bibeauové, Kiyoshiho Takakury a Alannah Ryanové, aby ho získali zpět. Na základě vzorku DNA artefaktu pokračovala ve zkoumání Kassandřiných genetických vzpomínek v Animusu v úkrytu v Londýně v naději, že najde stopy vedoucí k Hůlce Herma Trismegista.
Nakonec, díky Kassandřiným vzpomínkám cela zjistila, kde se nachází potopené město Atlantida a jak znovu aktivovat Bránu do ztraceného města, která sloužila jako vchod do něj. Poté, co se tak stalo, se Layla setkala s Kassandrou, která díky síle Hůlky žila více než dvě tisíciletí. Ta pak předala artefakt Layle a svěřila jí zodpovědnost za navrácení rovnováhy mezi řádem a chaosem do světa. Než jí Kassandra Hůl propůjčila, přiměla Laylu, aby slíbila, že po dosažení svých cílů zničí všechny Kusy Edenu, než Kassandřina nesmrtelnost vyprchá a ona zemře.
Layla se rozhodla prozkoumat více Kassandřiných vzpomínek, díky čemuž ji kontaktovala přímo Isu Aletheia, od níž zjistila, že Layla měla být „dědičkou vzpomínek“ a měla se naučit Hůl používat a bojovat proti její zkaženosti. Díky svým zkušenostem v Animusu Layla zjistila, jak se dostat dál do Brány. Jakmile se tam dostala, připojila se k ní Viktorie a obě byly nakonec objeveny Abstergovým týmem Sigma, který Layla rychle zlikvidovala.
Prostřednictvím Kassandřiných vzpomínek zažila Layla několik simulací civilizace Isu, které vytvořila Aletheia s úmyslem naučit se ovládat moc Hůlky. Během těchto animačních sezení Viktorie prosila Laylu, aby přestala, aby zabránila převzetí Krvácivého efektu. Ve chvíli vzteku vyvolaného Hůlkou Layla svou přítelkyni nešťastnou náhodou zabila. Pokračovala ve zkoumání simulací a nakonec se naučila vše, co ji Aletheia naučila. V té chvíli se Layla střetla s Otsem Bergem, který zůstal zmrzačený, když se oba poprali. Layla poté zavolala Altaïr II, aby ji vyzvedl.
Nové operace
V roce 2019 Gavin Banks a My’shell Lemair zjistili, že Abstergo plánuje vydat nový digitální program nazvaný Projekt Maják, pomocí kterého by mohli ovlivňovat temný web, aby mohli kontrolovat nelegální praktiky, jako jsou obchody se zbraněmi a další formy obchodu. V naději, že se jim podaří program zastavit, zjistili, že bezpečnostní kód programu je spojen s padělanou mincí z Velké mincovny z roku 1696, která se dostala do držení atentátníka Omara Khaleda. Gavin v Londýně vyhledal Khaledova potomka Aliyah Khanovou a přesvědčil ji, aby Asasínům pomohla výměnou za financování svých studií tím, že jí dá peníze, které Aliyah ukradl její bývalý obchodní partner Jarrod Eubanks.
Aliyah zkoumala Omarovy vzpomínky v Animusu a Gavin s My’shellem jí pomalu odhalovali podrobnosti o Abstergu a jejich plánech. Nakonec byli nuceni zastavit a utéct poté, co v jejich blízkosti objevili templáře. Opustili Animus, vyhnuli se templářům a přesunuli se do londýnské zoo. Aby získali přístup k dalšímu Animusu, rozhodnou se přestrojit za uklízečky a infiltrovat londýnskou pobočku ExploreDNA, dceřiné společnosti Absterga, která zkoumá DNA lidí. Pomocí VR Animusu Aliyah pokračovala ve zkoumání vzpomínek svého předka, dokud neobjevila nápis napsaný na padělaném klíči svého předka: „Je maintaindrai.“
My’shell mezitím zjistila, že s Eubanksovými penězi osobně nakládala Agneta Reiderová, ředitelka společnosti Abstergo Financial, a že Aliyahin otec Fahad Khan, o němž se domnívala, že je už deset let mrtvý, byl jejím zaměstnancem. Fahad Khan vtrhl do budovy ExploreDNA a podařilo se mu Gavina zajmout. S pomocí umělé inteligence ExploreDNA, založené na Shaunovi Hastingsovi, našli Agnetu Reiderovou a ukradli její hodinky, které vyměnili za Gavinovu polohu v Newton Analytica v Cambridge. Během následné konfrontace byla Aliyah nucena zabít svého otce Skrytou čepelí. Gavin ji pozval do Bratrstva, i když zpočátku odmítala. Poté, co se dozvěděla zprávu, že Jarrod Eubanks byl zatčen na základě činů darebácké skupiny, která slibovala, že dopadne další zloděje jako on, pozvání přijala a přidala se k Assassinům.
Téhož roku, Kiyoshi Takakura dostal informaci o projektu, který Abstergo v Jokohamě provádělo a který zahrnoval subjekt Animus – což byla, jak Assassíni nevěděli, Lisa Yang, potomek Shao Juna. Před klinikou Abstergo Kiyoshi vyslechl rozhovor mezi lékařem Abstergo a dívkou. Později informoval kolegu Asasína o svých obavách, že dívce hrozí smrtelné nebezpečí v důsledku nadměrné expozice Animusu a že si není jistý, čí vzpomínky ji v Animusu nechávají znovu prožít.