Není pochyb o tom, že Hobson považoval Russell pouze za dočasné hlavní město. Dne 18. dubna 1840 vyslal Mathewa na druhou cestu na jih; generální zeměměřič byl pověřen, aby prozkoumal přístavy Whangarei, Mahurangi a Waitematā a aby věnoval zvláštní pozornost místu na jižním břehu Waitematā. Mathew strávil dva měsíce zkoumáním různých lokalit a odmítl Whangarei a Mahurangi, ale také odmítl Hobsonem preferovanou lokalitu, která se později stala známou jako Hobsonville. Podle jeho slov bylo „naprosto nevhodné pro umístění hlavní osady a vlastně vůbec nevhodné pro osadu“. Mathew doporučil pro osadu Panmure Basin, která měla řadu výhod, ale připustil, že přístup z přístavu je obtížný.
Když se Hobson trochu uzdravil, vydal se na jih, aby Mathewova doporučení ověřil. Dne 6. července navštívil Panmure a okamžitě jej zavrhl kvůli obtížnému přístupu po vodě. Hobson také připustil, že jím preferovaná lokalita je nepraktická. Poté, co výprava sledovala západ slunce a byla ohromena „krásným výhledem na pobřeží dále v přístavu ve zlatavé záři pozdního odpoledne“, se tam následujícího dne vydala na břeh. Shodli se, že toto místo je velkým příslibem pro budoucí hlavní město; předpokládá se, že přistáli na pláži Shelly Beach v Ponsonby. Koncem měsíce bylo rozhodnuto, že se hlavní město přesune do Waitematy.
13. září 1840 vyrazila z Russella bárka do Waitematy. Na palubě bylo sedm vládních úředníků, několik kajutových pasažérů a mnoho cestujících na palubě. Výprava pod Symondsovým velením měla dokončit výběr budoucího hlavního města, vykoupit pozemky od Maorů, postavit sklady a ubytovací budovy a najít místo pro vládní dům. Dne 18. září byla vybrána půda (asi 3 000 akrů neboli 1 200 hektarů) a podepsána dohoda s Āpihai Te Kawau a dalšími zástupci Ngāti Whātua iwi. Na Point Britomart byl vztyčen vlajkový stožár a zdraví Jejího Veličenstva bylo „nadšeně zapíjeno dlouhým a hlasitým jásotem“. Sarah Mathewsová, manželka generálního inspektora, si do svého deníku zaznamenala, že na stožáru bylo vyryto jméno „Auckland“ a datum koupě pozemku. To lze považovat za neoficiální pojmenování města, neboť název poprvé písemně uvedl Hobson 10. listopadu téhož roku. George Eden, 1. hrabě z Aucklandu, byl prvním lordem admirality. V roce 1834 pověřil Williama Hobsona plavbou do Východní Indie na lodi Rattlesnake, čímž ukončil šestileté období bez velení a s polovičním platem. I když bylo toto jméno uděleno z vděčnosti, jistě se setkalo s všeobecným souhlasem, protože lord Auckland byl v roce 1840 na vrcholu své slávy poté, co byl v roce 1835 jmenován místokrálem Indie. Souhlas královny Viktorie s názvem osady Auckland byl zveřejněn v novozélandských novinách 26. listopadu 1842.
Práce v Aucklandu postupovaly dobře. Hobson poprvé navštívil Auckland 17. října 1840, aby zkontroloval pokrok a rozhodl o umístění vládního domu. Do Bay of Islands se vrátil poté, co se v následujícím roce rozhodl usadit v Aucklandu. Vládní dům byl stavebnicí postavenou v Anglii a odeslanou na Nový Zéland a vážil 250 tun (250 dlouhých tun; 280 krátkých tun). Měl 16 místností, byl 120 stop (37 m) dlouhý, 50 stop (15 m) široký a 24 stop (7,3 m) vysoký. Byla umístěna na rohu ulic Hobson a Cook. V lednu 1841 byli úředníci a všechny vládní dokumenty přestěhováni z Bay of Islands do Aucklandu. Hobson se do svého nového sídla nastěhoval 14. března 1841 a s jeho nastěhováním se hlavní město přesunulo z Bay of Islands do Aucklandu.
První Nejvyšší soud na Novém Zélandu byl postaven v roce 1842 na rohu ulic Queen Street a Victoria Street West. Soudu předsedal soudce Martin.
Dne 23. června 1848 vyhořel Government House v době, kdy byl guvernérem Sir George Grey. Nikomu se nic nestalo, ale budova byla zcela ztracena. Poté byla na mnoho let pronajata místodržitelská rezidence (známá jako Scoria House a nacházející se na Karangahape Road), než byl v roce 1856 postaven nový Government House. Výstavba této budovy byla součástí kampaně za zachování sídla vlády v Aucklandu, protože se již začalo diskutovat o přesunu hlavního města dále na jih. Tato budova se v roce 1969 formálně stala součástí Aucklandské univerzity, nyní je známá jako Old Government House a v roce 1983 byla zapsána organizací New Zealand Historic Places Trust jako památka I. kategorie.
Počáteční formou vlády byla výkonná rada tvořená státními úředníky jmenovanými guvernérem a odpovědnými mu. To se změnilo, když byl přijat zákon o novozélandské ústavě z roku 1852, zákon parlamentu Spojeného království, který udělil kolonii Nový Zéland samosprávu. Ten umožnil vznik dvoukomorového Valného shromáždění (neboli parlamentu), které se skládalo z guvernéra, jmenované Zákonodárné rady a volené Sněmovny reprezentantů, přičemž Výkonná rada byla nominálně jmenována guvernérem. Umožňovala také zřízení provinčních vlád a zpočátku bylo zřízeno šest provincií. První všeobecné volby se konaly v roce 1853 a parlament se sešel v Aucklandu na svém prvním zasedání, které bylo zahájeno 27. května 1854. Dne 3. června se poprvé projednávala otázka sídla parlamentu, přičemž Edward Gibbon Wakefield prosazoval, aby se sídlo vlády přesunulo do Wellingtonu. Cesta do parlamentu a zpět byla náročná a poslancům z dalekého jihu trvala cesta do Aucklandu dva měsíce. Žádoucí bylo umístění do většího centra, což poslanci z volebních obvodů v Aucklandu nepodporovali. Nepomohlo ani to, že budova Valného shromáždění byla postavena ve spěchu a byla pouhou skořápkou a členové ji nazývali „Shedifice“. Budovou profukoval vítr, při dešti do ní zatékalo a chybělo základní vybavení, jako jsou toalety. Byla postavena na tehdejším okraji města a byla to budova bez pohodlí.
Spory o to, kde by měl parlament zasedat, se vedly celé desetiletí. James FitzGerald, který krátce vedl první ministerstvo země, navrhl, aby se příští zasedání „konalo na centrálnějším místě v kolonii“. Předtím se nedokázal poradit s ostatními a mnoho členů z jihu při hlasování chybělo a návrh byl zamítnut poměrem hlasů 13:11. V roce 1856 bylo usnesení o tom, že příští zasedání by se mělo konat v Aucklandu, pozměněno tak, že se jako místo konání nahradilo slovní spojení „centrálnější poloha“, ale rozhodnutí o této záležitosti bylo ponecháno na guvernérovi. Jen o několik měsíců později byl těsně zamítnut návrh, aby se příští zasedání konalo v Nelsonu. Guvernér Thomas Gore Browne navrhl, že by mohlo být výhodné pořádat zasedání střídavě ve Wellingtonu a Aucklandu. Po dlouhém dohadování bylo rozhodnuto uspořádat druhé zasedání 3. parlamentu ve Wellingtonu a parlament zasedal od července do září 1862 v budově Wellingtonské provinční rady. Návrh, aby se tento přesun do Wellingtonu stal trvalým, propadl o jediný hlas. Budovy Wellingtonské provinční rady byly postaveny v roce 1858 a vyznačovaly se opulentním stylem; ostrý kontrast s „kůlnou“ v Aucklandu byl součástí kampaně, kterou se Wellington snažil přilákat členy parlamentu k přesunu hlavního města do svého města.
Po přesunu hlavního města do Wellingtonu byla budova parlamentu nakonec převedena na Aucklandskou univerzitu a v roce 1919 zbourána. Government House zůstal jedním ze sídel guvernéra, který dodnes střídavě pobývá ve Wellingtonu a Aucklandu. Old Government House byl takto využíván až do roku 1969, kdy Sir Frank a Lady Mappinovi darovali současný Government House (Birchlands), který se nachází v Mount Eden. Old Government House od té doby využívá Aucklandská univerzita.