Obecné rysy
Struktura jílových minerálů byla z velké části určena metodami rentgenové difrakce. Základní rysy hydrosilikátů byly odhaleny různými vědci včetně Charlese Mauguina, Linuse C. Paulinga, W. W. Jacksona, J. Westa a Johna W. Grunera v průběhu konce 20. až poloviny 30. let 20. století. Tyto prvky jsou souvislé dvourozměrné tetraedrické listy složení Si2O5, přičemž tetraedry SiO4 (obrázek 1) jsou spojeny sdílením tří rohů každého tetraedru a vytvářejí šestihrannou síť (obrázek 2A). Často jsou atomy křemíku tetraedrů částečně nahrazeny hliníkem a v menší míře železem. Vrcholový kyslík ve čtvrtém rohu tetraedrů, který obvykle směřuje normálně k listu, tvoří část sousedního oktaedrického listu, v němž jsou oktaedry spojeny společnými hranami (obrázek 3). Spojovací rovina mezi tetraedrickými a oktaedrickými listy se skládá ze sdílených vrcholových atomů kyslíku tetraedrů a nesdílených hydroxylů, které leží ve středu každého hexagonálního kruhu tetraedrů a na stejné úrovni jako sdílené vrcholové atomy kyslíku (obrázek 4). Běžnými kationty, které koordinují oktaedrické listy, jsou Al, Mg, Fe3+ a Fe2+; příležitostně je ve značném množství zastupují Li, V, Cr, Mn, Ni, Cu a Zn. Pokud jsou v oktaedrických listech dvojmocné kationty (M2+), je složení M2+/3 (OH)2O4 a všechny oktaedry jsou obsazeny. Jsou-li v nich trojmocné kationty (M3+), je složení M3+/2 (OH)2O4 a obsazeny jsou dvě třetiny oktaedrů, přičemž třetí oktaedr chybí. První typ oktaedrického listu se nazývá trioktaedrický a druhý dioktaedrický. Pokud jsou ve složení oktaedrických listů všechny aniontové skupiny hydroxylové ionty, lze výsledné listy vyjádřit pomocí M2+(OH)2, respektive M3+(OH)3 . Takové listy, nazývané hydroxidové listy, se vyskytují jednotlivě, střídavě s křemičitanovými vrstvami v některých jílových minerálech. Brucit, Mg(OH)2, a gibbsit, Al(OH)3, jsou typickými příklady minerálů s podobnou strukturou. Existují dva hlavní typy strukturních „páteří“ jílových minerálů nazývaných silikátové vrstvy. Jednotková silikátová vrstva vzniklá vyrovnáním jednoho oktaedrického listu k jednomu tetraedrickému listu se označuje jako silikátová vrstva 1:1 a obnažený povrch oktaedrického listu tvoří hydroxyly. U jiného typu se jednotková silikátová vrstva skládá z jednoho oktaedrického listu, který je obklopen dvěma tetraedrickými listy orientovanými v opačných směrech, a označuje se jako silikátová vrstva 2:1 (obrázek 5). Tyto strukturní rysy jsou však omezeny na idealizované geometrické uspořádání.
Reálné struktury jílových minerálů obsahují značné krystalové deformace a zkreslení, které vytvářejí nepravidelnosti, jako jsou deformované osmistěny a čtyřstěny spíše než mnohostěny se stranami rovnostranných trojúhelníků, ditrigonální symetrie modifikovaná z ideální hexagonální povrchové symetrie a zvlněné povrchy namísto plochých rovin tvořených bazálními atomy kyslíku tetraedrického listu. Jednou z hlavních příčin těchto deformací jsou rozměrové „neshody“ mezi tetraedrickým a oktaedrickým listem. Pokud tetraedrický list obsahuje pouze křemík v kationtovém místě a má ideální hexagonální symetrii, delší jednotkový rozměr v bazální rovině je 9,15 Å, což leží mezi odpovídajícími rozměry 8,6 Å gibsitu a 9,4 Å brucitu. Aby se tetraedrický list vešel do rozměru oktaedrického listu, střídající se tetraedry SiO4 se otáčejí (až do teoretického maxima 30°) v opačných směrech, čímž narušují ideální hexagonální soustavu na dvojnásobně trojúhelníkovou (ditrigonální) soustavu (obr. 2B). Tímto mechanismem deformace se mohou tetraedrické a oktaedrické listy širokého spektra složení vzniklé iontovými substitucemi spojovat a udržovat silikátové vrstvy. Mezi iontovými substitucemi ovlivňují geometrické konfigurace silikátových vrstev nejvýznamněji substituce mezi ionty výrazně odlišných velikostí.
Další významnou vlastností vrstevnatých silikátů, díky jejich podobnosti ve struktuře listů a hexagonální nebo téměř hexagonální symetrii, je, že struktury umožňují různé způsoby skládání atomových rovin, listů a vrstev, které lze vysvětlit krystalografickými operacemi, jako je translace nebo posun a rotace, čímž se odlišují od polymorfů (např. diamant-grafit a kalcit-aragonit). V prvním případě se jedná o jednorozměrné variace, ve druhém zpravidla o variace trojrozměrné. Různorodost struktur vzniklých v důsledku různých stohovacích sekvencí pevného chemického složení se označuje jako polytypy. Pokud je taková rozmanitost způsobena iontovými substitucemi, které jsou sice drobné, ale konzistentní, nazývají se polytypoidy.