Undertale má tři různé hlavní konce (Neutrální, Pravý pacifista a Genocida) a čtvrtý různý konec (Hard Mode).
Neutrální cesta
Podrobnější vysvětlení této cesty najdete v části Neutrální cesta.
Tento konec nastane, když je splněna jedna z těchto podmínek:
- Hlavní hrdina se nespřátelí se všemi klíčovými postavami děje (Papyrus, Undyne, Alphys).
- Pravá laboratoř nebyla prozkoumána.
- Hlavní hrdina zabije některou, ale ne všechny příšery.
Neutrální cesta končí tím, že hlavní hrdina unikne z podzemí sám. Existuje celá řada různých možných variant tohoto zakončení v závislosti na rozhodnutích učiněných v průběhu hry.
Pravá pacifistická cesta
Podrobnější vysvětlení této cesty najdete v části Pravá pacifistická cesta.
Toto zakončení nastane, pokud jsou splněny všechny tyto podmínky:
- Byla dokončena Neutrální cesta. (Není vyžadován reset, pouze následné znovunačtení hráčova souboru SAVE.)
- V průběhu hry nebyly zabity žádné nestvůry. (Hlavní hrdina nemůže získat žádné EXP, v důsledku čehož nemůže postoupit za LV 1.)
- Papyrus, Undyne a Alphys byli spřáteleni.
- Pravá laboratoř byla prozkoumána.
Pravá pacifistická cesta končí prolomením bariéry a hlavní hrdina a příšery z podzemí mohou odejít. Tato trasa navíc obsahuje závěrečné kredity Pravého pacifisty.
Trasa genocidy
Podrobnější vysvětlení této trasy najdete v části Trasa genocidy.
Toto zakončení nastane pouze tehdy, když v každé oblasti (Ruiny, Sněžný les, Vodopád, Hotland/CORE) zabijete všechny nepřátele, dokud nikdo nezůstane. To se týká i všech bossů.
Dokončení Cesty genocidy vede ke zničení herního světa. Po opětovném spuštění hry po dokončení Cesty genocidy požádá první člověk hlavního hrdinu, aby se mu vzdal své DUŠE výměnou za obnovení světa. To účinně funguje stejně jako Pravý reset z Cesty pravého pacifisty, ale také to trvale změní konce všech pozdějších konců Genocidy nebo Pravého pacifisty (Genocida bez duše & Pacifista bez duše). Neutrální zakončení po cestě Genocida nejsou ovlivněna.
Těžký režim
Podrobnější vysvětlení této cesty najdete v části Těžký režim.
Tento režim se aktivuje při pojmenování prvního člověka „Frisk“. Jedná se o režim zvyšující obtížnost, který spočívá v mírných změnách dialogů a obtížnějších setkáních s nestvůrami (přičemž některé jsou exkluzivní pro tento režim, zatímco jiné lze nalézt v CORE). Těžký režim trvá pouze do konce Ruin, podobně jako v demoverzi Undertale. Po poražení Toriel přijde otravný pes a oznámí konec Hard Mode.