Latentní infekce
Latentní infekce smyslových neuronů virem HSV zahrnuje vazbu virionu na zakončení neuronálních axonů a vstup do axonu, pravděpodobně pomocí stejných vstupních molekul jako u výše popsané lytické infekce. Kapsida se pohybuje podél axonu retrográdním transportem do těla neuronální buňky, kde se virový genom uvolní do neuronálního jádra. Genom cirkuluje a je pomalu zatěžován histony vzhledem k malému fondu volných histonů v klidovém neuronu; přesto je transkripce lytického genu omezena vzhledem k nedostatečné lokalizaci VP16 v neuronálním jádře a cytoplazmatické lokalizaci alespoň jednoho z hostitelských proteinů, který tvoří komplex s VP16 a aktivuje expresi genu IE. Hlavním virovým genem, který je transkribován, je gen kódující transkript asociovaný s latencí (LAT), což je dlouhý (více než 10 kb) primární transkript nekódující RNA. LAT je zpracováván sestřihováním za vzniku stabilního 2 kb kruhového intronu a několika mikroRNA (miRNA). Exprese LAT působí na podporu přežití infikovaného neuronu zvýšením heterochromatinu na virovém genomu a snížením exprese virových lytických genů a inhibicí apoptózy. LAT zvyšuje hladinu fakultativního markeru heterochromatinu H3K9me3 (trimetylovaný lyzinový zbytek 3 histonu H3), pravděpodobně rekrutací histonmetyltransferázy Polycombova represivního komplexu 2. Zdá se, že fakultativní heterochromatin je ideální pro latentní chromatin HSV, protože je umlčující, ale představoval by formu chromatinu, která je připravena k reaktivaci.
Během udržování latentní infekce dochází k minimální, ale zjistitelné expresi lytických genů HSV. Protože neuron je klidová buňka, virový genom DNA může být stabilně udržován, aniž by se replikoval nebo byl vázán na hostitelské chromozomy. Někteří tvrdí, že CD8+ T buňky obklopující latentně infikovaný neuron udržují latentní infekci, ale alternativním vysvětlením je, že se zaměřují na reaktivující se neurony. V každém případě poškození, stres a/nebo aktivace neuronů vedou ke kinázovým signálním drahám, o nichž se předpokládá, že fosforylují histony ve virovém chromatinu, aby umožnily generalizovanou transkripci latentního genomu, která zajistí dostatek VP16 pro spuštění lytické transkripční kaskády. To umožňuje alespoň omezenou expresi virového genu pro tvorbu kapsid a kapsidy nebo viriony se pohybují podél axonu anterográdním transportem, aby se uvolnily reaktivované na axonálních zakončeních a způsobily opakovanou infekci. Diskutuje se o tom, zda reaktivovaný neuron přežije, či nikoli, ale přežití neuronu je pravděpodobně nepřímo úměrné úrovni exprese reaktivovaného genu a nejedná se o efekt „vše nebo nic“.