Zakladatel Alain Coumont otevřel Le Pain Quotidien 26. října 1990 na adrese 16 rue Dansaert v Bruselu. Jako mladý kuchař byl Coumont nespokojen s kvalitou chleba, který byl v Bruselu k dostání, a tak si začal vyrábět vlastní, míchat mouku, vodu a sůl do bochníků známých z jeho dětství. Obchod vybavil skříňkami ze starožitnictví a velkým stolem ze dřeva získaného z podlah vyřazených belgických vlaků zakoupených na místním bleším trhu: první ze společných stolů Le Pain Quotidien.
První provozovna ve Spojených státech byla otevřena na Madison Avenue v New Yorku v roce 1997.
V roce 2005 dostával zakladatel 50 e-mailů denně od zájemců o franšízu.
V roce 2011 měla společnost incident s veřejností, když zákaznice v New Yorku našla ve svém salátu myš.
V roce 2016 se generálním ředitelem amerických provozoven stal Doug Satzman a celosvětovým generálním ředitelem Vincent Herbert.
V březnu 2018 Vincent Herbert rezignoval.
V prosinci 2019 společnost Cobepa, jejímž většinovým vlastníkem je Spoelberch, zvýšila svůj podíl ve společnosti z 32 % na 43 % a společnost Norac prodala svůj 25% podíl.
V květnu 2020 podala mateřská společnost v Belgii insolvenční návrh a divize ve Spojených státech vyhlásila bankrot. Ve stejném měsíci mateřská společnost podepsala dohodu s newyorskou společností Aurify Brands, která poskytne překlenovací financování ve výši 522 000 USD na pokračování činnosti a konečnou akvizici všech amerických jednotek za 3 miliony USD. Společnost Aurify Brands plánovala znovu otevřít nejméně 35 jednotek a vytvořit 1 000 pracovních míst.