Základní hra se řídí standardními pravidly sběratelské karetní hry (až na to, že lze použít pouze 1 mýtickou, 2 vzácné a 3 neobyčejné karty) Magic: The Gathering, poprvé vydané v roce 1993; každý hráč má balíček karet složený ze zemí a kouzel. Země slouží ke generování „many“, zdroje potřebného k sesílání kouzel. Mana se vyrábí v pěti barvách a karty mohou k seslání vyžadovat barevnou nebo generickou (manu libovolné barvy). Kouzel je mnoho druhů, od čarodějů a instantů, které mají jednorázové účinky, až po vyvolané bytosti, které mohou útočit a bránit se před soupeři. Hráči se střídají v tazích při hraní karet pozemků, sesílání kouzel a útočení na soupeře, dokud se počet životů všech hráčů kromě jednoho nesníží na 0.
Magické souboje: Hru Origins tvoří příběhový režim pro jednoho hráče a online bojový režim. V příběhovém režimu hráč postupně prochází příběhem vzniku pěti různých Planeswalkerů: Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane a Liliana Vess. Každý Planeswalker má pět nebo více soubojů s počítačem řízenými protivníky. Hráč používá balíček založený na vybraném Planeswalkerovi a při dokončení každého ze soubojů tento balíček vylepšuje pomocí předem vybraných nových karet. Tyto balíčky s libovolnými odemčenými vylepšeními jsou hráči k dispozici také v bojovém režimu.
Bojový režim umožňuje hráčům používat předpřipravené balíčky nebo sestavovat balíčky ze své sbírky karet a hrát buď proti počítačovým soupeřům, nebo proti soupeřům online; typy zápasů zahrnují souboje jeden na jednoho s hráči sledovanými na žebříčcích a dvouhlavý obr (dva proti dvěma). Počítačoví protivníci v těchto režimech si mohou vybrat ze tří úrovní obtížnosti, přičemž při vyšších obtížnostech získá hráč více odměn. Balíčky počítačových protivníků budou procedurálně generovány, což efektivně náhodně určuje typ balíčků, kterým bude hráč čelit. Za hraní v obou režimech mohou hráči získat herní peníze, za které si mohou koupit nové booster balíčky nebo konkrétní karty a rozšířit tak svou knihovnu karet; k dispozici jsou také různé denní úkoly, které mohou hráči plnit za herní peníze, a všichni hráči jsou odměňováni za pomoc při plnění různých komunitních cílů. Hráči si také mohou zakoupit herní peníze za mikrotransakce, ale není to nutné pro získání přístupu ke všem kartám a funkcím.