Milligan College se nachází v okrese Carter ve východním Tennessee. Její počátky sahají až k mužskému a ženskému ústavu v Buffalu (1866), který byl pronajat malou křesťanskou (Učedníků Krista) kongregací. V roce 1882 ji Josephus Hopwood povýšil na vysokou školu pojmenovanou po uznávaném profesorovi Kentucké univerzity. Hopwood, dominantní osobnost rané historie koleje, byl jejím prezidentem až do roku 1903 a vymyslel její trvalé motto: „Křesťanské vzdělání – naděje světa.“
V roce 1917 začala nová éra. Nový prezident Henry J. Derthick, oblíbený „pastýř do kopců“, dokončil čtyři hlavní budovy, které přežily druhou světovou válku, kdy vysoká škola přeměnila všechna svá zařízení na program námořnictva V-12 a vytvořila konkurenceschopnou vysokou školu svobodných umění, která měla sloužit mládeži z nedalekých hor. Dočasný poválečný rozmach vedl až příliš rychle ke katastrofě. Skandál v kanceláři prezidenta, rezignace významných pracovníků fakulty, příliš nákladný sportovní program a prudký pokles počtu studentů (pod 300) vedly téměř k bankrotu a ztrátě regionální akreditace.
Moderní éra začala v temných dnech roku 1950. Novým prezidentem se stal Dean E. Walker, který přišel z Butlerovy univerzity. Spojil Milligan s konzervativní a nezávislou frakcí (Křesťanské církve a Církve Kristovy) v rámci hnutí Učedníků. To pomohlo získat větší finanční podporu od sympatizujících jednotlivců a sborů. Méně regionální a rostoucí počet studentů (866 v letech 1995-96) stále více reprezentoval toto společenství. S rostoucí finanční stabilitou a značně rozšířeným kampusem získal Milligan v roce 1960 opět regionální akreditaci.
V akademickém roce 2000-2001 bylo na Milliganu zapsáno přes 900 studentů. Vysoká škola nabízela dvacet devět oborů. V roce 1997 se stal čtrnáctým prezidentem této instituce její absolvent Donald R. Jeanes.