Dne 1. října 1960 získala Nigérie nezávislost na Velké Británii. V čele celonigerijské výkonné rady stanul premiér Alhadži Sir Abubakar Tafawa Balewa. Dne 16. listopadu 1960 se Nnamdi Azikiwe stal prvním generálním guvernérem federace tří regionů severu, východu a západu s Lagosem jako federálním hlavním městem. V čele každého z regionů stál premiér s guvernérem jako ceremoniální hlavou. Dne 1. října 1963 se Nigérie stala federální republikou a přerušila veškeré vazby na britskou monarchii, zůstala však členem Společenství národů. Změnou ústavy o nezávislosti z roku 1960 byl úřad generálního guvernéra nahrazen úřadem prezidenta. Nnamdi Azikwe složil přísahu do této funkce 1. října 1963. Úřad měl v té době především ceremoniální charakter a hlavní povinnosti prezidenta spočívaly například v přijímání zahraničních hodnostářů a otevírání parlamentu.
Při neúspěšném státním převratu v lednu 1966 svrhla skupina armádních důstojníků pod vedením majora Chukwumy Nzeogwu centrální a regionální vládu, zabila předsedu vlády Abubakara Tafawa Balewu a pokusila se převzít kontrolu nad vládou. Proti Nzeogwovi se postavil generál Johnson Aguiyi-Ironsi, zajal ho a uvěznil. Generál Aguiyi-Ironsi byl jmenován vojenskou hlavou státu.
V červenci 1966 se proti vládě vzbouřila skupina důstojníků severní armády, zabila generála Johnsona Aguiyi-Ironsiho a do čela nové vojenské vlády jmenovala náčelníka generálního štábu generála Yakubu Gowona.
V roce 1975 byl generál Yakubu Gowon sesazen a v čele federální vojenské vlády Nigérie stál až do svého zavraždění v roce 1976 generál Murtala Mohammed. Po jeho smrti se funkce hlavy státu na zasedání Nejvyšší vojenské rady ujal náčelník štábu Nejvyššího velitelství (obdoba viceprezidenta) generál Olusegun Obasanjo, který tak zachoval linii velení zavedenou Murtalou Mohammedem. Generál Obasanjo byl zodpovědný za dokončení demokratické transformace započaté jeho předchůdcem, která vyvrcholila volbami v srpnu 1979.
V roce 1979 přijala Nigérie federální prezidentskou ústavu. Prezident se stal výkonnou funkcí s pravomocemi podobnými těm, které má jeho americký protějšek. Zákonodárným orgánem bylo dvoukomorové Národní shromáždění, které se skládalo ze Senátu a Sněmovny reprezentantů.
V říjnu 1979 se Nigérie po více než 13 letech vojenské vlády vrátila k demokratickému režimu. V prezidentských volbách zvítězila Nigerijská národní strana a prvním demokraticky zvoleným prezidentem se stal Alhadži Shehu Shagari.
31. prosince 1983 armáda druhou republiku svrhla. Novou hlavou státu se stal předseda Nejvyšší vojenské rady (SMC) generálmajor Muhammadu Buhari.
V srpnu 1985 byla vláda generála Buhariho pokojně svržena náčelníkem generálního štábu armády generálmajorem Ibrahimem Babangidou. Babangida se stal prezidentem a předsedou Vládnoucí rady ozbrojených sil.
V srpnu 1993 generál Babangida odstoupil a na jeho místo byla vybrána prozatímní vláda. Prozatímním prezidentem byl jmenován Ernest Shonekan. V listopadu 1993 převzal od Šonekana moc generál Sani Abacha a stal se prezidentem a předsedou Prozatímní vládnoucí rady.
8. června 1998 generál Abacha zemřel v prezidentské vile v nigerijském hlavním městě Abuji. Novým prezidentem a předsedou Prozatímní vládnoucí rady se stal generálmajor Abdulsalami Abubakar.
Dne 29. května 1999 generálmajor Abdulsalami Abubakar odstoupil a civilním prezidentem se stal bývalý vojenský představitel Olusegun Obasanjo. Obasanjo byl ve funkci dvě funkční období.
V květnu 2007 složil přísahu jako prezident Nigerijské federativní republiky Alhaji Umaru Yar’Adua, který se stal 13. hlavou nigerijského státu. Yar’Adua zemřel 5. května 2010 v prezidentské vile v nigerijské Abuji.
6. května 2010 složil přísahu jako prezident Nigerijské federativní republiky a 14. hlava státu viceprezident Goodluck Jonathan.
29. května 2015 složil přísahu jako prezident Nigerijské federativní republiky a 15. hlava státu Muhammadu Buhari poté, co zvítězil ve všeobecných volbách.