San Diego PadresEdit
V roce 1985 podepsal Alomar v 17 letech smlouvu s týmem San Diego Padres a připojil se k jeho pobočce Charleston Rainbows. V následujícím roce, kdy hrál za tým Reno Padres, vyhrál s průměrem 0,346 titul pálkaře Kalifornské ligy.
Alomar debutoval v první lize 22. dubna 1988 proti týmu Houston Astros a hned při svém prvním odpalu zaznamenal hit od Nolana Ryana. U Padres se prosadil jako solidní pálkař a baserunner a v obraně prokázal vynikající boční dosah a silnou ruku, často předváděl efektní zákroky při přízemních míčích odpálených hluboko do jamky mezi první a druhou metou a při míčích odpálených do středu, daleko za druhou metou. Poprvé se stal členem All-Star v roce 1990 jako záložní hráč Národní ligy.
Toronto Blue JaysEdit
– Pat Gillick, člen Síně slávy a bývalý generální manažer Blue Jays
5. prosince 1990 byli Alomar a Joe Carter vyměněni do Toronta Blue Jays za Freda McGriffa a Tonyho Fernándeze. Právě v Torontu se vypracoval ve špičkového ofenzivního hráče na druhé metě, který kombinoval pálkařský průměr přesahující 300 bodů se silou a vysokou rychlostí na metách. V roce 1991 zúročil svou rychlost v 11 triplech a 53 ukradených metách a dovedl tým k první ze tří po sobě jdoucích účastí v play-off. V následujícím roce zaznamenal 105 doběhů, 87 procházek a měl procento na metách 0,405. V roce 1993 prožil Alomar svou nejlepší sezónu v týmu Blue Jays, když zaznamenal 17 homerunů (HR), 93 odpalů (RBI) a 55 ukradených met, přičemž jeho pálka dosáhla hodnoty .326 a byla třetí v American League za spoluhráči Johnem Olerudem a Paulem Molitorem. Byl ústřední postavou torontského vítězství ve Světové sérii v letech 1992 a 1993; v šestém zápase Světové série v roce 1992 zaznamenal vítězný doběh série po dvoubodovém double Davea Winfielda v 11. směně. Alomarův homerun v deváté směně proti oaklandskému esu Dennisi Eckersleymu ve čtvrtém zápase série American League Championship Series (ALCS) v roce 1992 je mnohými považován za nejdůležitější odpal v historii klubu, protože tři předchozí cesty týmu do ALCS skončily zklamáním; byl vyhlášen nejužitečnějším hráčem série. V roce 1995 odehrál 104 po sobě jdoucích zápasů bez jediné chyby, čímž vytvořil rekord AL mezi hráči na druhé metě. V každé ze svých pěti sezón u Blue Jays byl Alomar jmenován do All-Star týmu a získal ocenění Gold Glove Award.
Baltimore OriolesEdit
Dne 21. prosince 1995 podepsal Alomar smlouvu s týmem Baltimore Orioles v době, kdy se Toronto snažilo o přestavbu, zatímco Baltimore se zlepšoval v tým bojující o titul. V Baltimoru se spojil s Calem Ripkenem Jr., členem Síně slávy, a vytvořili tak hrozivou dvojici. Alomar se za Orioles zúčastnil play-off v letech 1996 a 1997 a ve čtvrtém zápase divizní série Americké ligy (ALDS) v roce 1996 odpálil vítězný homerun, ačkoli Orioles byli v obou letech v ALCS poraženi. V roce 1998 byl jmenován nejlepším hráčem All-Star Game Major League Baseball (MLB).
Incident s plivnutímEdit
Dne 27. září 1996 se Alomar během zápasu proti Blue Jays dostal do ostré hádky kvůli odpískanému třetímu striku s rozhodčím Johnem Hirschbeckem a plivl mu do obličeje. Hájil se tím, že Hirschbeck pronesl rasovou urážku a že Hirschbeck byl zahořklý, protože jeden jeho syn zemřel na ALD a druhému byla nedávno také diagnostikována. Když se Hirschbeck dozvěděl o tomto veřejném odhalení svého soukromého života, musel být fyzicky zadržen, aby Alomara v hráčské šatně nekonfrontoval.
Alomar byl v roce 1997 suspendován na prvních pět zápasů základní části a věnoval 50 000 dolarů na výzkum ALD. Alomar a Hirschbeck urovnali své spory veřejně a omluvili se jeden druhému 22. dubna 1997, když před zápasem Orioles stáli u domácí mety a podali si ruce před diváky.
Cleveland IndiansEdit
Dne 24. listopadu 1998 podepsal Alomar čtyřletou smlouvu s Cleveland Indians a připojil se tak ke svému bratrovi Sandymu Jr. z týmu All-Star. Právě v Clevelandu prožil Alomar dvě ze svých nejlepších sezón. V roce 1999 odpálil 0,323 a vytvořil si kariérní maxima: 24 homerunů, 120 RBI, 138 doběhů, 99 chůzí, procento úspěšnosti na metách 0,422 a procento propadu 0,533. V roce 2001 měl bilanci .336/.415/.541, 20 homerunů, 100 RBI a 30 krádeží. V roce 1999 se Cleveland dostal do play-off, kde prohrál v ALDS s Boston Red Sox; v roce 2001 se opět dostal do play-off, ale v ALDS prohrál se Seattle Mariners. V roce 1999 skončil Alomar třetí v hlasování o nejužitečnějšího hráče AL a v roce 2001 čtvrtý.
Na hřišti tvořil Alomar společně se shortstopem Omarem Vizquelem další vynikající kombinaci středního pole. V roce 2000, kdy se Vizquel za celou sezónu dopustil pouhých tří chyb, se celé clevelandské pole dopustilo 34 chyb – jen o jednu více než rekordní minimum, které o rok dříve vytvořilo pole New York Mets. Vizquel, Alomar a třetí metař Travis Fryman získali v té sezóně každý Zlatou rukavici; dvojice Vizquel-Alomar nakonec společně získala tři Zlaté rukavice za sebou a stala se tak jednou z pouhých osmi dvojic shortstop-druhý metař, kterým se to podařilo v jednom roce.
Alomar byl před sezónou 2002 vyměněn do New York Mets za nadhazovače Billyho Trabera a outfieldery Matta Lawtona a Alexe Escobara.
Poslední rokyEdit
V roce 2002 Alomar trefil pouze .266/.331/.376 s 53 RBI a 73 doběhy, přičemž se mu nedařilo v obraně na druhé metě. Mets byli Alomarovou průměrnou hrou zmateni, což někteří přičítali jeho nespokojenosti s tím, že je pod větším drobnohledem newyorských fanoušků a médií. Ani výměna v polovině sezóny zpět do americké ligy do Chicaga White Sox v roce 2003 však nedokázala Alomara vyvést z útlumu. V roce 2004 ho čekalo další trápení v týmu Arizona Diamondbacks, včetně dvouměsíční pracovní neschopnosti se zlomenou pravou rukou. Pátého srpna se Alomar vrátil do White Sox a v 56 zápasech trefil jen .263/.321/.392.
Alomar se na sezónu 2005 dohodl na roční smlouvě s Tampa Bay Devil Rays. Dne 19. března 2005 však po jarní přípravě, kterou provázely problémy se zády a zrakem, oznámil odchod do důchodu.