Mají vazebná místa protilátek obecné vlastnosti, které jim umožňují vázat různé antigeny s různou afinitou a vázat nové antigeny? Zde se touto otázkou zabýváme a zkoumáme fyzikální a chemické vlastnosti, které jsou nejpříznivější pro zbytky podílející se na akomodaci a vazbě antigenu. Amfipatické aminokyseliny by mohly snadno tolerovat změnu prostředí z hydrofilního na hydrofobní, ke které dochází při tvorbě komplexu protilátka-antigen. Zbytky, které jsou velké a mohou se účastnit široké škály van der Waalsových a elektrostatických interakcí, by umožnily vazbu s řadou antigenů. Aminokyseliny s flexibilními postranními řetězci by mohly vytvořit strukturně plastickou oblast, tj. vazebné místo se schopností formovat se kolem antigenu, aby se zlepšila komplementarita interagujících povrchů. Proto by se protilátky mohly vázat na celou řadu nových antigenů pomocí omezeného souboru zbytků proloženého více jedinečnými zbytky, kterým lze přisoudit větší specifičnost vazby. Jednotlivá molekula protilátky by tak mohla být zkříženě reaktivní a mít schopnost vázat strukturně podobné ligandy. Vyrovnání se s rozdíly v antigenní struktuře prostřednictvím mírné flexibility kombinačního místa by mohlo významně přispět k imunitní obraně tím, že by umožnilo vazbu protilátek na odlišné, ale blízce příbuzné patogeny. Tyr a Trp nejsnáze splňují tyto katolické fyzikálně-chemické požadavky, a proto by se z teoretického hlediska očekávalo, že budou v kombinačních místech běžné. Experimentální podpora pro to pochází ze tří zdrojů: (1) vysoká frekvence účasti těchto aminokyselin na vazbě antigenu pozorovaná v šesti krystalograficky určených komplexech protilátka-antigen, (2) jejich častý výskyt v předpokládaných vazebných oblastech protilátek, jak bylo určeno ze strukturních a sekvenčních údajů, a (3) možnost pohybu jejich postranních řetězců ve známých vazebných místech protilátek a modelových systémech. Šest navázaných antigenů zahrnuje dva malé různé hapteny, nepřekrývající se oblasti stejného velkého proteinu a peptid o 19 aminokyselinových zbytcích. Z celkem 85 pozic oblastí určujících komplementaritu se pouze 37 míst (plus 3 rámcové) přímo podílí na interakci s antigenem. Z nich zbytek 91 lehkého řetězce využívají všechny zkoumané komplexy, zatímco zbytek 32 lehkého řetězce, zbytek 96 lehkého řetězce a zbytek 33 těžkého řetězce využívá pět ze šesti komplexů. Vazebná místa ve známých komplexech protilátka-antigen i postulovaná kombinační místa ve volných fragmentech Fab vykazují podobné charakteristiky, pokud jde o typy přítomných aminokyselin. Posuzuje se také možná úloha dalších aminokyselin.(ABSTRAKT ZKRÁCEN NA 400 SLOV)