Výstavba budoucího jádra Velkého bazaru začala v zimě roku 1455/56, krátce po dobytí Konstantinopole Osmanskou říší, a byla součástí širší iniciativy na podporu hospodářské prosperity Istanbulu. Sultán Mehmed II. nechal poblíž svého paláce v Konstantinopoli postavit stavbu věnovanou obchodu s textilem a šperky. Byla pojmenována Cevâhir Bedestan („Bedesten drahokamů“) a v osmanské turečtině byla známá také jako Bezzâzistan-ı Cedîd („Nový Bedesten“). slovo bedesten je převzato z perského slova bezestan, odvozeného od bez („látka“), a znamená „bazar prodejců látek“. Budova – nazývaná střídavě turecky İç („vnitřní“), Atik („starobylý“) nebo Eski („starý“) Bedesten – leží na svahu třetího istanbulského kopce, mezi starověkými fórami Konstantina a Theodosia. Nachází se také v blízkosti prvního sultánského paláce, Starého paláce (Eski Saray), který se v týchž letech rovněž stavěl, a nedaleko Artopoleie (řecky) (Άρτοπωλεία), městské čtvrti pekařů v byzantských dobách.
Výstavba Bedestenu skončila v zimě roku 1460/61 a budova byla věnována waqfu mešity Hagia Sofia. Analýza zdiva ukazuje, že většina stavby pochází z druhé poloviny 15. století, ačkoli byzantský reliéf představující komenského orla, který je dodnes uzavřen na vrcholu východní brány (Kuyumcular Kapısı)) Bedestenu, použilo několik badatelů jako důkaz, že stavba byla byzantskou stavbou.
Na tržišti poblíž Bedestenu, nazvaném turecky Esir Pazarı, se provozoval obchod s otroky, což je využití přenesené rovněž z byzantských dob. Dalšími významnými trhy v okolí byly trh s použitým zbožím (turecky: Bit Pazarı), „Dlouhý trh“ (Uzun Çarşı), odpovídající řeckému Makros Embolos (Μακρός Ὲμβολος, „Dlouhý portikus“), dlouhému obchodnímu centru s portikem táhnoucímu se z kopce od Konstantinova fóra ke Zlatému rohu, které bylo jednou z hlavních tržních oblastí města, zatímco starý knižní trh (Sahaflar Çarşısı) byl z Bazaru přesunut na dnešní malebné místo poblíž Beyazidovy mešity až po istanbulském zemětřesení v roce 1894.
O několik let později – podle jiných pramenů se tak stalo v roce 1545 za sultána Sulejmana I. – nechal Mehmed II. postavit další krytý trh, „Sandal Bedesten“ (název pochází od druhu nití tkaných v Burse, které měly barvu santalového dřeva), nazývaný také Küçük („Malý“), Cedit nebo Yeni (obě slova znamenají „Nový“) Bedesten, který ležel severně od prvního.
Po vybudování Sandalového bedestenu se sem přesunul obchod s textilem, zatímco Cevahirský bedesten byl vyhrazen obchodu s luxusním zbožím. Zpočátku byly obě budovy izolované. Podle francouzského cestovatele Pierra Gillese ze 16. století stály mezi nimi a Bejazidovou mešitou ruiny kostelů a velká cisterna. Brzy však mezi nimi a v jejich okolí otevřelo své obchody mnoho prodejců, takže se zrodila celá čtvrť věnovaná výhradně obchodu.
Na počátku 17. století již Velký bazar dosáhl své konečné podoby. Obrovský rozsah osmanské říše na třech kontinentech a naprostá kontrola nad silničními komunikacemi mezi Asií a Evropou způsobily, že se bazar a okolní hany neboli karavanseráje staly centrem středomořského obchodu. Podle některých evropských cestovatelů neměl v té době a až do první poloviny 19. století trh co do množství, rozmanitosti a kvality prodávaného zboží v Evropě konkurenci. Od evropských cestovatelů víme, že v té době měl Velký bazar čtvercový půdorys, uprostřed se křížily dvě kolmé hlavní cesty a třetí cesta vedla po vnějším obvodu. V bazaru se nacházelo 67 cest (každá nesla jméno prodejce určitého zboží), několik náměstí sloužících ke každodenním modlitbám, 5 mešit, 7 fontán, 18 bran, které se každý den ráno otevíraly a večer zavíraly (od nich pochází moderní název bazaru „Uzavřený trh“ (Kapalıçarşı). Kolem roku 1638 nám turecký cestovatel Evliya Çelebi poskytl nejdůležitější historický popis bazaru a jeho zvyků. Počet obchodů dosahoval 3 000, plus 300 umístěných v okolních hanech, velkých karavanerech se dvěma nebo třemi patry kolem vnitřního dvora s portikem, kde bylo možné skladovat zboží a ubytovat obchodníky. V tomto období byla na trhu a v jeho okolí soustředěna desetina obchodů ve městě. Pro to všechno v té době trh ještě nebyl zastřešený.
Velký bazar postihly opakované pohromy, požáry a zemětřesení. K prvnímu požáru došlo v roce 1515, k dalšímu v roce 1548. Další požáry zpustošily komplex v letech 1588, 1618 (kdy byl zničen Bit Pazarı), 1645, 1652, 1658, 1660 (při té příležitosti bylo zpustošeno celé město), 1687, 1688 (velké škody vznikly na Uzun Çarşı) 1695 a 1701. Zvláště silný byl požár v roce 1701, který donutil velkovezíra Nevşehirliho Damada Ibrahima pašu v letech 1730-1731 obnovit několik částí komplexu. V roce 1738 obdaroval Kızlar Ağası Beşir Ağa kašnu (dodnes existující) poblíž Mercan Kapı.
V tomto období bylo kvůli novému zákonu proti požárům vydanému v roce 1696 několik částí trhu, které se nacházely mezi oběma Bedesteny, zakryto klenbami. Přesto komplex v letech 1750 a 1791 zpustošily další požáry. Další škody způsobilo zemětřesení v roce 1766, které o rok později opravil hlavní dvorní architekt (Hassa Baş Mimarı) Ahmet.
Rozvoj textilního průmyslu v západní Evropě v 19. století, zavádění metod hromadné výroby, kapitulace podepsané mezi říší a mnoha evropskými zeměmi a předzásobení – vždy ze strany evropských obchodníků – surovinami potřebnými k výrobě zboží v uzavřeném hospodářství říše byly faktory, které způsobily úpadek trhu. V roce 1850 bylo nájemné v Bedestenu desetkrát nižší než před dvěma až třemi desetiletími. Navíc zrod buržoazie orientované na Západ a obchodní úspěch západních výrobků přiměly obchodníky patřící k menšinám (řecké, arménské, židovské), aby se z Bazaru, vnímaného jako zastaralý, odstěhovali a otevřeli nové obchody ve čtvrtích navštěvovaných Evropany, jako jsou Pera a Galata.
Podle průzkumu z roku 1890 bylo v bazaru 4399 aktivních obchodů, 2 bedesteny, 2195 pokojů, 1 hamam, jedna mešita, 10 medres, 19 fontán (mezi nimi dvě şadırvan a jedna sebil), jedno mauzoleum a 24 han. Na 30,7 hektarech komplexu, chráněných 18 branami, se nachází 3000 obchodů v 61 ulicích, 2 bedesten, 13 han (a několik dalších mimo ně).
Poslední velká katastrofa se stala v roce 1894: silné zemětřesení, které otřáslo Istanbulem. Ministr veřejných prací Mahmud Celaleddin paša dohlížel na opravu poškozeného bazaru až do roku 1898 a při této příležitosti byla plocha komplexu zmenšena. Na západě byla Bit Pazarı ponechána mimo nový obvod a stala se z ní cesta s otevřeným prostranstvím, pojmenovaná Çadırcılar Caddesi („Cesta stánkařů“), zatímco stará brána a Kütkculer Kapi byly zbořeny. Ze všech hánů, které k tržnici patřily, jich mnoho zůstalo venku a pouze devět zůstalo uzavřeno ve stavbě.
V roce 1914 získalo Sandal Bedesten, jehož manipulátory s textilním zbožím zničila evropská konkurence, město Istanbul a od roku později jej využívalo jako aukční dům, především pro koberce. V roce 1927 dostaly jednotlivé části bazaru a ulice oficiální názvy. Poslední požáry bazaru proběhly v letech 1943 a 1954 a související úpravy byly dokončeny 28. července 1959.
Poslední obnova komplexu proběhla v roce 1980. Při té příležitosti byly také odstraněny reklamní poutače v okolí tržnice.