Aunque los anticuchos son de origen precolombino, los modernos se remontan al siglo XVI, cuando fueron encontrados por los conquistadores españoles. Fue entonces cuando se añadieron ingredientes europeos, como el ajo, y la carne de vacuno empezó a sustituir a la tradicional llama que se utilizaba en la época del Imperio Inca. Fue un plato popular entre los habitantes del Imperio Inca, y actualmente es popular en la mayoría de los países sudamericanos. Las versiones americanizadas de los anticuchos se elaboran a veces con carnes no orgánicas.
Según el archivo de texto de la Biblioteca Nacional de Lima (Perú), se cree que el término proviene del quechua antikuchu (anti: ‘Oriente’ + kuchu: ‘corte’ o uchu: ‘papilla, mezcla’). La escritora Erika Fetzer menciona que, según la tradición, los anticuchos se preparaban con carne y llama. Los españoles ensartaron la carne en palos como pinchos.
Los españoles también trajeron negros esclavizados, que se establecieron en Lima y en la costa del sur del Chico de la Ciudad de los Reyes del Virreinato del Perú. Ellos adoptaron este plato.
En esa época los españoles descartaron los despojos como alimento para los esclavos, utilizando carnes no despojadas por el deseo de tener un plato más atractivo para ellos. La receta utilizada actualmente, con su sabor tradicional, utiliza específicamente corazón de res. En Perú, la tradición continúa con el nombre e ingredientes tradicionales; los anticuchos son consumidos por todas las clases sociales del Perú, y es especialmente popular como comida callejera.
Los discursos del peruano Ricardo Palma, Tradiciones Peruanas fueron publicados en 1833, mencionan la venta de anticuchos a las 3 de la tarde.