No cabe duda de que Hobson consideraba a Russell sólo como una capital temporal. El 18 de abril de 1840, envió a Mathew en un segundo viaje hacia el sur; el topógrafo general recibió instrucciones de explorar los puertos de Whangarei, Mahurangi y Waitematā, y de prestar especial atención a un lugar en la orilla sur del Waitematā. Mathew pasó dos meses explorando las distintas ubicaciones y rechazó Whangarei y Mahurangi, pero también rechazó el sitio favorecido por Hobson que luego se conoció como Hobsonville. En sus palabras, era «totalmente inadecuado para el emplazamiento del asentamiento principal, y de hecho mal adaptado para un asentamiento en absoluto». Mathew recomendó la cuenca de Panmure para el asentamiento, que tenía numerosas ventajas, pero admitió que el acceso desde el puerto era difícil.
Una vez que Hobson recuperó algo de salud, fue al sur para comprobar las recomendaciones de Mathew. El 6 de julio, visitó Panmure y lo descartó inmediatamente por el difícil acceso por agua. Hobson también admitió que su ubicación preferida era poco práctica. Después de que el grupo viera una puesta de sol y quedara impresionado por un «hermoso aspecto de la costa más abajo del puerto en el brillo dorado del final de la tarde», desembarcaron allí al día siguiente. Coincidieron en que el lugar era muy prometedor para una futura capital; se cree que desembarcaron en Shelly Beach, en Ponsonby. A finales de mes, se tomó la decisión de que la capital se trasladaría a Waitematā.
El 13 de septiembre de 1840, una barca partió de Russell hacia Waitematā. A bordo se encontraban siete funcionarios del Gobierno, algunos pasajeros de cabina y numerosos pasajeros de cabina. El grupo, bajo el mando de Symonds, debía ultimar la elección de la futura capital, comprar el terreno a los maoríes, levantar almacenes y edificios de alojamiento, y encontrar un emplazamiento para la Casa de Gobierno. El 18 de septiembre se eligió el terreno (unos 3.000 acres o 1.200 hectáreas) y se firmó un acuerdo con Āpihai Te Kawau y otros representantes de las iwi Ngāti Whātua. Se erigió un asta de bandera en Point Britomart, y la salud de Su Majestad fue «embriagada con vítores largos y fuertes». Sarah Mathews, la esposa del Agrimensor General, registró en su diario que el nombre «Auckland» estaba inscrito en el asta de la bandera, junto con la fecha de la compra del terreno. Esto puede considerarse como la denominación no oficial de la ciudad, ya que el nombre fue puesto por escrito por Hobson por primera vez el 10 de noviembre de ese año. George Eden, primer conde de Auckland, era el primer ministro del Almirantazgo. En 1834, había dado una comisión a William Hobson para que navegara hacia las Indias Orientales en el Rattlesnake, lo que puso fin a un periodo de seis años sin mando y con media paga. Aunque el nombre fue otorgado en agradecimiento, ciertamente contó con la aprobación general, ya que Lord Auckland estaba en la cima de su fama en 1840 después de haber sido nombrado Virrey de la India en 1835. La aprobación de Auckland por parte de la reina Victoria como nombre para el asentamiento se publicó en la Gaceta de Nueva Zelanda el 26 de noviembre de 1842.
Los trabajos avanzaron a buen ritmo en Auckland. Hobson visitó por primera vez Auckland el 17 de octubre de 1840 para comprobar el progreso y decidir la ubicación de la Casa de Gobierno. Regresó a la Bahía de las Islas, habiendo decidido fijar su residencia en Auckland al año siguiente. La Casa de Gobierno era un conjunto construido en Inglaterra y enviado a Nueva Zelanda, con un peso de 250 toneladas (250 toneladas largas; 280 toneladas cortas). Tenía 16 habitaciones, 120 pies (37 m) de largo, 50 pies (15 m) de ancho y 24 pies (7,3 m) de alto. Se situó en la esquina de las calles Hobson y Cook. Los funcionarios y toda la documentación del gobierno se trasladaron de la Bahía de las Islas a Auckland en enero de 1841. Hobson se trasladó a su nueva residencia el 14 de marzo de 1841, y con su mudanza, la capital se había trasladado de la Bahía de las Islas a Auckland.
El primer Tribunal Supremo de Nueva Zelanda se construyó en 1842 en la esquina de Queen Street y Victoria Street West. El tribunal estaba presidido por el juez Martin.
El 23 de junio de 1848, la Casa de Gobierno se incendió durante el mandato de Sir George Grey como gobernador. Nadie resultó herido pero el edificio fue una pérdida total. Se alquiló entonces una residencia virreinal durante muchos años (conocida como Scoria House y situada en Karangahape Road) antes de que se construyera la nueva Casa de Gobierno en 1856. La construcción de este edificio formaba parte de la campaña de Auckland para conservar la sede del gobierno, pues ya se había iniciado el debate sobre el traslado de la capital hacia el sur. Este edificio pasó formalmente a formar parte de la Universidad de Auckland en 1969, ahora se conoce como Old Government House, y fue registrado por el New Zealand Historic Places Trust como estructura patrimonial de categoría I en 1983.
La forma inicial de gobierno era un consejo ejecutivo formado por funcionarios públicos nombrados por el gobernador y responsables ante él. Esto cambió cuando se recibió la Ley Constitucional de Nueva Zelanda de 1852, una ley del Parlamento del Reino Unido que concedía el autogobierno a la Colonia de Nueva Zelanda. Esta ley permitía una Asamblea General (o Parlamento) bicameral, formada por el Gobernador, un Consejo Legislativo designado y una Cámara de Representantes elegida, con un Consejo Ejecutivo nombrado nominalmente por el Gobernador. También permitía la existencia de gobiernos provinciales, y se establecieron inicialmente seis provincias. Las primeras elecciones generales se celebraron en 1853 y el Parlamento se reunió en Auckland para celebrar su primera sesión, que se inauguró el 27 de mayo de 1854. El 3 de junio se debatió por primera vez la cuestión de la sede del Parlamento, con Edward Gibbon Wakefield argumentando que la sede del gobierno debía trasladarse a Wellington. Los viajes de ida y vuelta al parlamento eran arduos, y los miembros del extremo sur habían tardado dos meses en llegar a Auckland. Era deseable una ubicación más central, algo que no apoyaban los miembros de las circunscripciones de Auckland. Lo que tampoco ayudaba era que la Casa de la Asamblea General se había levantado a toda prisa y no era más que un cascarón, y los miembros la llamaban «Shedifice». El viento soplaba a través del edificio, se filtraba con la lluvia y faltaban servicios básicos como los aseos. Construido en lo que entonces era la periferia de la ciudad, era un edificio sin comodidades.
Las discusiones sobre dónde debía reunirse el Parlamento se prolongaron durante una década. James FitzGerald, que había dirigido brevemente el primer ministerio del país, propuso que la siguiente sesión «se celebrara en un lugar más céntrico de la colonia». No había consultado previamente con los demás, y muchos de los miembros del sur estaban ausentes cuando se emitieron los votos, y la propuesta fue derrotada por 13 a 11. En 1856, se modificó una resolución para que la siguiente sesión se celebrara en Auckland, sustituyendo la frase «una posición más central» como ubicación, pero se dejó el asunto en manos del gobernador. Sólo unos meses más tarde, una propuesta para que la próxima sesión se convocara en Nelson fue derrotada por un estrecho margen. El gobernador, Thomas Gore Browne, sugirió que podría ser conveniente alternar las reuniones en Wellington y Auckland. Tras muchas discusiones, se decidió celebrar la segunda sesión del III Parlamento en Wellington, y el parlamento se reunió de julio a septiembre de 1862 en el edificio del Consejo Provincial de Wellington. La propuesta de hacer permanente este traslado a Wellington se perdió por un solo voto. Los edificios del Consejo Provincial de Wellington se construyeron en 1858 y eran de estilo opulento; el marcado contraste con el «Shedifice» de Auckland formaba parte de la campaña de Wellington para atraer a los miembros del parlamento a trasladar la capital a su ciudad.
Después de que la capital se trasladara a Wellington, el edificio del parlamento fue finalmente transferido a la Universidad de Auckland y demolido en 1919. La Casa de Gobierno siguió siendo una de las sedes del gobernador, que hasta hoy alterna entre Wellington y Auckland. La antigua Casa de Gobierno se mantuvo en este uso hasta 1969, cuando Sir Frank y Lady Mappin donaron la actual Casa de Gobierno (Birchlands) que se encuentra en Mount Eden. Desde entonces, la antigua Casa de Gobierno es utilizada por la Universidad de Auckland.