Los primeros años de la reconstrucción.
Cuando Federico Guillermo, completamente inexperto en política, sucedió a su padre como elector en diciembre de 1640, se hizo cargo de una tierra devastada y ocupada por tropas extranjeras. Bajo el poderoso favorito de su padre, el Graf Adam von Schwarzenberg, Brandeburgo había cambiado de bando, pasando de los suecos a los Habsburgo, por lo que se había visto envuelto en la lucha de ambos bandos. Hasta 1643 no residió en Brandeburgo, el corazón de su dominio, sino en Königsberg (actual Kaliningrado, Rusia), la capital del remoto Ducado de Prusia, el Elector siguió al principio una política de prudente neutralidad para escapar de la presión de las potencias rivales. Licenció a las tropas de Brandeburgo al servicio del emperador de Habsburgo y concluyó un armisticio con Suecia.
Pero pronto reconoció que sin un ejército nunca podría llegar a ser dueño de su propia casa. En 1644, al comienzo de las negociaciones para concluir la Guerra de los Treinta Años, ya había comenzado a organizar su propia fuerza militar. Aunque su ejército era pequeño, Brandeburgo no podía mantenerlo sin requisar fondos al Ducado de Cleves, en el oeste, y al Ducado de Prusia. Por primera vez, los territorios de Brandeburgo, unidos únicamente por su lealtad a la persona del Elector, se unieron con un propósito político. El ejército permanente fue la primera institución utilizada por los gobernantes de Brandeburgo, cada vez más absolutistas, para combatir los privilegios de los estamentos de los distintos territorios. Nunca se disolvió del todo y se convirtió en el núcleo del ejército prusiano del siglo XVIII.
Este ejército no era lo suficientemente grande como para permitir a Federico Guillermo llevar a cabo una política exterior independiente. Además, su matrimonio en 1646 con Luisa Henriette de Orange no consiguió el esperado apoyo holandés. Al no contar con el apoyo de las grandes potencias amigas en el congreso de paz de Westfalia de 1648, no logró su objetivo de adquirir toda Pomerania, con el estuario del Oder y el importante puerto de Stettin (desde 1945 Szczecin). Tuvo que conformarse con la Pomerania oriental, las diócesis secularizadas de Minden y Halberstadt, y la promesa del arzobispado de Magdeburgo, todas ellas importantes como nexos de unión con sus posesiones alemanas occidentales.
Después de siete años de pacífica reconstrucción, Federico Guillermo vio cómo su capacidad política y militar era puesta a prueba con el estallido de la Primera Guerra del Norte (1655-60). Con la invasión de Polonia, el rey Carlos X Gustavo de Suecia pretendía ampliar el poder en el Báltico que Suecia había obtenido con la Paz de Westfalia. Federico Guillermo, como duque de Prusia, debía lealtad al rey polaco, pero, cuando Suecia le ofreció una alianza a cambio del control de los puertos de Prusia oriental, el príncipe elector optó por la neutralidad armada. Cuando Carlos Gustavo invadió rápidamente Polonia y avanzó contra Prusia Oriental, Federico Guillermo tuvo que cambiar la soberanía polaca por la sueca y prestar apoyo armado a Carlos Gustavo. En la batalla de Varsovia, de tres días de duración, en julio de 1656, el inexperto ejército de Brandemburgo, bajo el mando del príncipe elector, superó su prueba de fuego. Para mantener al príncipe elector de su lado, el rey sueco le concedió la plena soberanía sobre el ducado de Prusia. Esto no impidió a Federico Guillermo, cuando la posición militar de Suecia se deterioró, entablar negociaciones con Polonia, que ahora renunciaba a la soberanía sobre Prusia Oriental. Con sus nuevos aliados, Polonia y el emperador de los Habsburgo, el príncipe elector expulsó a los suecos de Pomerania occidental. Sin embargo, la intervención francesa obligó a Federico Guillermo a renunciar de nuevo a sus conquistas pomeranas. Ratificada en el Tratado de Oliva de 1660, esta renuncia se equilibró con la confirmación de la plena soberanía del Elector sobre el Ducado de Prusia.
La capacidad del Elector para conseguir sus fines surgió no sólo de la facilidad con la que cambiaba de bando, sino también de su éxito a la hora de obligar a los estamentos provinciales a sostener el ejército permanente independientemente de las asignaciones fiscales de las dietas. En la segunda mitad de su reinado, retiró el control de los impuestos y las finanzas a los estados, sentando así las bases de la poderosa burocracia del posterior absolutismo prusiano, con su ejército permanente, sus impuestos fijos y una oficialidad dependiente únicamente del soberano.