Mientras tanto, My’shell Lemair, culpándose a sí misma de la situación de Charlotte, decidió investigar las pistas de las antiguas cuentas de los Assassin, lo que la llevó a descubrir que estaban siendo utilizadas en secreto por una tercera facción. Berg también investigó las cuentas y la interrogó, antes de ser emboscada por una célula de Instrumentos dirigida por Jasdip. Gravemente herido, My’shell llevó a Berg al refugio de Londres, donde los Asesinos volvieron a reunirse. A regañadientes, la célula de Asesinos y Berg decidieron unir fuerzas para detener a la nueva facción que se había infiltrado en las órdenes de ambos.
Charlotte fue a revivir los recuerdos de Ignacio Cardona, descubriendo que interactuaba con el antiguo Cruz Negra Albert Bolden. Después de que Charlotte fuera incapaz de continuar debido a la fatiga causada por el Animus, Berg revivió los recuerdos de Albert Bolden utilizando el ADN de su descendiente André Bolden. Finalmente descubrieron que el artefacto estaba enterrado en los escombros de una iglesia abandonada en España. Mientras tanto, los Instrumentos secuestraron el laboratorio del Proyecto Fénix de Abstergo para sus propios medios.
Los Asesinos y Berg partieron hacia España, donde Arend y Kiyoshi se enfrentaron a la resistencia inicial de dos ancianos protectores del lugar asignados por Cardona y Bolden, antes de ser capturados por el equipo de Instrumentos de Jasdip Dhami. Cuando Charlotte descubrió el Koh-i-Noor, activó involuntariamente el artefacto y creó una explosión de luz. Dhami consiguió someter a Charlotte en medio de la explosión de luz y, tras solicitar un ataque de mortero, escapó con el artefacto. Poco después, el piso franco de los Asesinos en Londres fue atacado por los Instrumentos, aunque My’shell logró escapar con Guernica, aunque finalmente lo dejó gravemente herido.
Mientras tanto, los Instrumentos obligaron al jefe del Proyecto Fénix de Abstergo, Álvaro Gramática, a crear un nuevo cuerpo para Juno, utilizando el Sudario del Edén y el ADN tomado del hijo de Desmond, Elijah, en un laboratorio en algún lugar de Australia. Cuando el nuevo cuerpo de Juno se completó y renació, los Asesinos y Berg asaltaron las instalaciones, mientras Elijah se rebelaba contra sus captores Instrumentos. Los Asesinos mataron a muchos Instrumentos, incluido Dhami, mientras Galina bajaba al laboratorio de Gramática.
Cuando Galina y Elijah llegaron al laboratorio, Elijah robó el Koh-i-Noor y lo tocó junto a Galina, utilizando sus poderes para rechazar a los Instrumentos. A continuación, Galina lo utilizó para crear una ilusión de Consus para distraer a Juno, mientras mataba al Isu con su Hoja Oculta. Aunque Charlotte seguía dentro, Berg hizo estallar una granada altamente destructiva en el interior de la instalación una vez que Galina, Arend y Kiyoshi escaparon, matándola a pesar de las protestas de los Asesinos. Elías, sin embargo, escapó con el Koh-i-Noor.
Búsqueda del Báculo de Hermes Trismegisto
A finales de octubre de 2017, William Miles rescató a una agente de Abstergo sin escrúpulos llamada Layla Hassan, a la que Simon Hathaway había encargado recuperar el sarcófago de Bayek de Siwa, el fundador de los Ocultos, en la Depresión de Qattara, en Egipto. Después de que decidiera explorar los recuerdos de Bayek por su cuenta con su Animus portátil en lugar de llevar el sarcófago a Abstergo, la compañía envió sin éxito agentes para matarla. Finalmente, William la encontró y le ofreció una oportunidad para trabajar en el proyecto Animus de los Asesinos, que ella aceptó a regañadientes.
A lo largo del año siguiente, la reticencia de Layla a unirse a la Hermandad disminuyó y se convirtió en un valioso miembro de los Asesinos, llegando incluso a obtener el liderazgo sobre su propia célula. A finales de 2018, Layla encontró pruebas que apuntaban a la ubicación de la Lanza de Leónidas rota, y reunió a un equipo formado por su compañera, la ex empleada de Abstergo Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura y Alannah Ryan para recuperarla. Utilizando una muestra de ADN en el artefacto, procedió a explorar las memorias genéticas de Kassandra en el Animus en un piso franco de Londres, con la esperanza de encontrar pistas que condujeran al Báculo de Hermes Trismegisto.
Evidentemente, a través de los recuerdos de Kassandra, la célula descubrió la ubicación de la ciudad hundida de Atlantis y cómo reactivar el Portal de la Ciudad Perdida que servía de entrada. Tras hacerlo, Layla se encontró con Kassandra, que había vivido más de dos milenios gracias a los poderes del Bastón. Entonces le pasó el artefacto a Layla, confiriéndole la responsabilidad de devolver el equilibrio entre el orden y el caos al mundo. Antes de dejarle el Bastón, Kassandra le hizo prometer a Layla que destruiría todas las Piezas del Edén después de lograr sus objetivos, antes de que la inmortalidad de Kassandra se desvaneciera y falleciera.
Layla decidió explorar más recuerdos de Kassandra, a través de los cuales fue contactada directamente por la Isu Aletheia, de quien descubrió que Layla estaba destinada a ser la «Heredera de los Recuerdos» y debía aprender a usar el Bastón y luchar contra su corrupción. A través de sus experiencias en el Animus, Layla descubrió cómo llegar más lejos en el Portal. Una vez allí, se le unió Victoria y las dos fueron finalmente descubiertas por el Equipo Sigma de Abstergo, que fue rápidamente eliminado por Layla.
A través de los recuerdos de Kassandra, Layla experimentó varias simulaciones de la civilización de Isu creadas por Aletheia con la intención de aprender a dominar el poder del Báculo. Durante estas sesiones de Animus, Victoria imploró a Layla que se detuviera para evitar que el Efecto Sangrado se apoderara de ella. En un momento de rabia inducida por el Báculo, Layla mató accidentalmente a su amiga. Siguió explorando las simulaciones y acabó aprendiendo todo lo que Aletheia tenía que enseñar. En ese momento, Layla se enfrentó a Otso Berg, que quedó lisiado cuando ambos lucharon. Layla llamó entonces al Altaïr II para que lo recogiera.
Nuevas operaciones
En 2019, Gavin Banks y My’shell Lemair descubrieron que Abstergo planeaba lanzar un nuevo programa digital llamado Project Lighthouse con el que podrían influir en la web oscura, de modo que pudieran controlar prácticas ilegales como la compraventa de armas y otras formas de tráfico. Con la esperanza de detener el programa, descubrieron que el código de seguridad del programa estaba vinculado a una moneda falsificada del Gran Recoinato de 1696 que estaba en posesión del asesino Omar Khaled. Gavin localizó a la descendiente de Khaled, Aliyah Khan, en Londres y la convenció para que ayudara a los Asesinos a cambio de financiar sus estudios dándole el dinero que el antiguo socio de Aliyah, Jarrod Eubanks, le había robado.
Aliyah exploró los recuerdos de Omar en el Animus, y Gavin y My’shell le fueron revelando poco a poco detalles sobre Abstergo y sus planes. Finalmente, se vieron obligados a detenerse y huir después de detectar a los templarios cerca de sus alrededores. Dejando atrás el Animus, evadieron a los templarios y se trasladaron al zoológico de Londres. Para acceder a otro Animus, deciden disfrazarse de limpiadores e infiltrarse en la oficina londinense de ExploreDNA, una filial de Abstergo que examina el ADN de las personas. Utilizando un Animus de RV, Aliyah siguió explorando los recuerdos de su antepasado hasta que descubrió la inscripción escrita en la llave falsificada de su antepasado: «Je maintaindrai».
My’shell, mientras tanto, descubrió que el dinero de Eubanks era manejado personalmente por la directora general de Abstergo Financial, Agneta Reider, y que el padre de Aliyah, Fahad Khan, al que creía muerto desde hacía diez años, era su empleado. Fahad Khan asaltó el edificio de ExploreDNA y consiguió capturar a Gavin. Con la ayuda de la IA de ExploreDNA, basada en Shaun Hastings, localizaron a Agneta Reider y robaron su reloj, que cambiaron por la ubicación de Gavin en Newton Analytica en Cambridge. Durante el posterior enfrentamiento, Aliyah se vio obligada a matar a su padre con una hoja oculta. Gavin la invitó a la Hermandad, aunque ella se negó inicialmente. Tras conocer la noticia de que Jarrod Eubanks había sido arrestado en base a las acciones de un grupo de delincuentes que prometía acabar con otros ladrones como él, aceptó la invitación y se unió a los Asesinos.
El mismo año, Kiyoshi Takakura fue enviado a un proyecto que Abstergo estaba llevando a cabo en Yokohama y que involucraba a un sujeto Animus – que era, sin saberlo los Asesinos, Lisa Yang, una descendiente de Shao Jun. Fuera de la clínica de Abstergo, Kiyoshi escuchó una conversación entre un médico de Abstergo y la chica. Más tarde informó a un compañero Assassin de sus temores de que la niña corría un riesgo fatal por la sobreexposición al Animus, y de que no estaba seguro de los recuerdos que le estaban haciendo revivir en el Animus.