Época colonial (1670-1776)Edit
La isla de Johns estaba habitada originalmente por tribus nómadas de nativos americanos, como los Kiawah, que sobrevivían cazando y recolectando marisco. Cuando los europeos llegaron a la zona, estas tribus ya estaban asentadas y cultivaban la tierra. Entre las tribus de nativos americanos de esta zona se encontraban los Stono y los Bohicket. Al principio, los stono y los colonos europeos mantenían buenas relaciones. Sin embargo, después de que los Stono mataran parte del ganado de los europeos, éstos asesinaron a varios indios en represalia. El nombre actual de este grupo de personas es el de «los no filtrados».
Para la década de 1670, los colonos blancos habían desarrollado asentamientos dispersos cerca del agua en la isla Johns. Los mapas que datan de 1695 y 1711 muestran plantaciones establecidas en las orillas del río Stono. Durante el periodo colonial, el principal cultivo que se producía era el índigo, apreciado por su rico tinte azul. Las plantaciones que cultivaban, incluido el índigo, dependían de la mano de obra esclava.
La Rebelión de Stono, ocurrida en Johns Island en 1739, comenzó como un intento de un grupo de esclavos de escapar a la Florida española, donde se les prometió la libertad. A primera hora de la mañana del 9 de septiembre de 1739, un grupo de unos veinte esclavos se reunió cerca del río Stono, liderado por un esclavo llamado Jemmy. El grupo se dirigió al puente de Stono y asaltó la tienda de Hutchinson. Se llevaron comida, municiones y suministros. El grupo de esclavos mató a los dos tenderos, dejando sus cabezas en la escalera de la tienda. Los esclavos cruzaron el río Stono y reunieron a más seguidores mientras comenzaban a caminar por tierra hacia la Florida española. Los fugitivos se encontraron con el teniente gobernador William Bull y cuatro de sus compañeros que también viajaban por el camino. Al ver la situación, el teniente gobernador Bull y sus compañías reunieron a otros propietarios de plantaciones para ayudar a sofocar el levantamiento. Los plantadores barrieron el campo atacando a los esclavos, matando a todos los que no pudieron demostrar que habían sido forzados a unirse a la marcha.
Revolución Americana (1776-1785)
La Guerra Revolucionaria Americana llegó a la isla de Johns en mayo de 1779 como un cuerpo de tropas británicas bajo el mando del general Augustine Prevost. El general Prevost estableció una pequeña fuerza para permanecer en la isla, encabezada por el teniente coronel John Maitland. Bajo el mando de Sir Henry Clinton, más tropas desembarcaron en la isla de Seabrook, a partir del 11 de febrero de 1780. El objetivo de Clinton era cruzar la isla Johns y la isla James y sitiar Charleston. El ejército de Clinton cruzó el río Stono y estableció un cuartel general temporal en Fenwick Hall. Se trasladó a James Island, marchó por la orilla oeste del río Ashley hasta Old Town Landing y siguió hacia el sur hasta Charleston, donde Clinton sitió la ciudad. Charleston se rindió a las fuerzas británicas el 12 de mayo de 1780; la ocupación duró hasta diciembre de 1782.
Guerra de Secesión (1861-1865)
La batalla de Bloody Bridge, también conocida como Burden’s Causeway, tuvo lugar en Johns Island en julio de 1864. El lugar de la batalla está en River Road, justo al norte del Aeropuerto Ejecutivo de Charleston. El 2 de julio de 1864, las tropas federales del general de brigada John Hatch desembarcaron en la sección Legareville de Johns Island. Hatch quería cruzar Johns Island, para luego cruzar el río Stono y sitiar James Island. Las tropas de la Unión se encontraron con las tropas confederadas donde el arroyo se convierte en pantano. Unos 2.000 soldados de Carolina del Sur resistieron a una fuerza estadounidense de unos 8.000 hombres. Después de tres días de lucha, las tropas de Hatch abandonaron la isla.