El fundador Alain Coumont abrió Le Pain Quotidien el 26 de octubre de 1990 en el número 16 de la calle Dansaert de Bruselas. Cuando era un joven cocinero, Coumont no estaba satisfecho con la calidad del pan disponible en Bruselas, así que empezó a fabricar el suyo propio, mezclando harina, agua y sal en los panes familiares de su infancia. Amuebló la tienda con armarios rebuscados en tiendas de antigüedades y una gran mesa de madera recuperada de los suelos de trenes belgas retirados comprada en un mercadillo local: la primera de las mesas comunales de Le Pain Quotidien.
El primer local en Estados Unidos abrió en la avenida Madison de Nueva York en 1997.
En 2005, el fundador recibía 50 correos electrónicos al día de personas que querían hacerse con una franquicia.
En 2011, la empresa tuvo un incidente de relaciones públicas cuando una clienta de Nueva York encontró un ratón en su ensalada.
En 2016, Doug Satzman se convirtió en director general de las operaciones de Estados Unidos y Vincent Herbert en director general global.
En marzo de 2018, Vincent Herbert dimitió.
En diciembre de 2019, Cobepa, propiedad mayoritaria de Spoelberch, aumentó su participación en la empresa del 32% al 43% y Norac vendió su participación del 25%.
En mayo de 2020, la empresa matriz se declaró insolvente en Bélgica y la división de Estados Unidos se declaró en quiebra. Ese mismo mes, la empresa matriz firmó un acuerdo con la empresa Aurify Brands, con sede en Nueva York, que proporcionará una financiación puente de 522.000 dólares para continuar con las operaciones y para ultimar la adquisición de todas las unidades de Estados Unidos por 3 millones de dólares. Aurify Brands tenía previsto reabrir al menos 35 unidades y crear 1.000 puestos de trabajo.