El juego básico sigue las reglas estándar del juego de cartas coleccionables (excepto que sólo se puede usar 1 mítica, 2 raras y 3 no comunes de cualquier carta) Magic: The Gathering, lanzado por primera vez en 1993; cada jugador tiene un mazo de cartas compuesto por tierras y hechizos. Las tierras se utilizan para generar «maná», el recurso necesario para lanzar hechizos. El maná viene en cinco colores, y las cartas pueden requerir maná de color o genérico (de cualquier color) para ser lanzadas. Los hechizos vienen en muchas variedades, desde hechizos e instantes que tienen efectos de una sola vez, hasta criaturas invocadas que pueden atacar y defenderse de los oponentes. Los jugadores alternan turnos para jugar cartas de tierra, lanzar hechizos y atacar a los oponentes hasta que el total de vidas de todos los jugadores, excepto uno, se reduzca a 0.
Duelos mágicos: Origins enmarca el núcleo del juego en torno a un modo historia para un jugador, y un modo de batalla online. En el modo historia, el jugador recorre la historia de origen de cinco Planeswalkers diferentes, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane y Liliana Vess. Cada Planeswalker tiene cinco o más duelos con oponentes controlados por el ordenador. El jugador utiliza un mazo basado en el Planeswalker seleccionado, y a medida que completa cada uno de los duelos, mejora ese mazo mediante la adición preseleccionada de nuevas cartas. Estos mazos, con las mejoras que hayan desbloqueado, también están disponibles para el jugador en el modo batalla.
El modo batalla permite a los jugadores utilizar mazos prefabricados o construir mazos a partir de su colección de cartas, y jugar contra oponentes de la computadora o contra oponentes en línea; los tipos de enfrentamiento incluyen combates uno a uno con jugadores registrados en tablas de clasificación, y Gigante de dos cabezas (dos contra dos). En estos modos, los oponentes del ordenador pueden seleccionarse entre tres niveles de dificultad, y las dificultades más altas ofrecen más recompensas al jugador. Los mazos de los oponentes de la computadora se generarán de forma procedimental, aleatorizando el tipo de mazos a los que se enfrentará el jugador. Al jugar en cualquiera de los dos modos, los jugadores pueden ganar dinero del juego para comprar nuevos sobres o cartas específicas para ampliar su biblioteca de cartas; también hay varios objetivos diarios que los jugadores pueden completar para obtener dinero del juego, y todos los jugadores son recompensados por ayudar a completar varios objetivos de la comunidad. Los jugadores también pueden comprar dinero del juego con microtransacciones, pero no es necesario para obtener acceso a todas las cartas y características.