El Milligan College está situado en el condado de Carter, al este de Tennessee. Sus orígenes se remontan a un Instituto Masculino y Femenino de Buffalo (1866) fundado por una pequeña congregación cristiana (Discípulos de Cristo). En 1882 Josephus Hopwood lo convirtió en un colegio que lleva el nombre de un venerado profesor de la Universidad de Kentucky. Hopwood, la personalidad dominante en la historia temprana del colegio, fue presidente hasta 1903 y acuñó su perdurable lema, «Educación cristiana, la esperanza del mundo».
En 1917 comenzó una nueva era. El nuevo presidente, Henry J. Derthick, un querido «pastor de las colinas», completó los cuatro edificios principales que sobrevivieron a la Segunda Guerra Mundial, cuando el colegio convirtió todas sus instalaciones en un programa V-12 de la Marina y creó un colegio de artes liberales competitivo para atender a los jóvenes de las montañas cercanas. El auge temporal de la posguerra desembocó con demasiada rapidez en un casi desastre. Un escándalo en la oficina del presidente, importantes dimisiones del profesorado, un programa deportivo excesivamente costoso y un fuerte descenso en el número de matriculados (por debajo de los 300) condujeron a la casi quiebra y a la pérdida de la acreditación regional.
La era moderna comenzó en los oscuros días de 1950. Dean E. Walker llegó desde la Universidad de Butler como nuevo presidente. Alineó a Milligan con una facción conservadora e independiente (Iglesias Cristianas e Iglesias de Cristo) dentro del movimiento de los Discípulos. Esto ayudó a conseguir un mayor apoyo financiero de individuos y congregaciones simpatizantes. El alumnado, menos regional y creciente (866 en 1995-96), representaba cada vez más a esta hermandad. Milligan, con una creciente estabilidad financiera y un campus muy ampliado, recuperó la acreditación regional en 1960.
En el año académico 2000-2001, más de 900 estudiantes estaban matriculados en Milligan. La universidad ofrecía veintinueve carreras. Donald R. Jeanes, antiguo alumno de la universidad, se convirtió en el decimocuarto presidente de la institución en 1997.