El 1 de octubre de 1960, Nigeria se independizó de Gran Bretaña. Un Consejo Ejecutivo de toda Nigeria fue encabezado por un primer ministro, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. El 16 de noviembre de 1960, Nnamdi Azikiwe se convirtió en el primer gobernador general de una federación de tres regiones del norte, este y oeste, con Lagos como capital federal. Cada una de las regiones estaba dirigida por un primer ministro con un gobernador como jefe ceremonial. El 1 de octubre de 1963, Nigeria se convirtió en una República Federal y rompió los lazos que le quedaban con la monarquía británica, pero siguió siendo miembro de la Commonwealth de Naciones. Una enmienda a la Constitución de la Independencia de 1960 sustituyó el cargo de gobernador general por el de presidente. Nnamdi Azikwe juró su cargo el 1 de octubre de 1963. En aquella época, el cargo era principalmente ceremonial, y las principales funciones del presidente consistían en recibir a dignatarios extranjeros y abrir el Parlamento.
En un fallido golpe de estado en enero de 1966, un grupo de oficiales del ejército, dirigidos por el mayor Chukwuma Nzeogwu, derrocó al gobierno central y a los regionales, mató al primer ministro, Abubakar Tafawa Balewa, e intentó tomar el control del gobierno. Nzeogwu fue contrarrestado, capturado y encarcelado por el general Johnson Aguiyi-Ironsi. El general Aguiyi-Ironsi fue nombrado Jefe de Estado Militar.
En julio de 1966, un grupo de oficiales del ejército del norte se sublevó contra el gobierno, mató al general Johnson Aguiyi-Ironsi y nombró al jefe del estado mayor del ejército, el general Yakubu Gowon, como jefe del nuevo gobierno militar.
En 1975, el general Yakubu Gowon fue depuesto y el general Murtala Mohammed fue el jefe del Gobierno Militar Federal de Nigeria hasta su asesinato en 1976. A su muerte, el jefe de gabinete del Cuartel General Supremo (equivalente a un vicepresidente), el general Olusegun Obasanjo, asumió el cargo de jefe de Estado en una reunión del Consejo Militar Supremo, manteniendo la cadena de mando establecida por Murtala Muhammed. El general Obasanjo se encargó de completar la transición democrática iniciada por su predecesor, que culminó con unas elecciones en agosto de 1979.
En 1979, Nigeria adoptó una constitución presidencial federal. La presidencia se convirtió en un cargo ejecutivo, con poderes similares a los de su homólogo estadounidense. El poder legislativo era una Asamblea Nacional bicameral, compuesta por un Senado y una Cámara de Representantes.
En octubre de 1979, después de más de 13 años de gobierno militar, Nigeria volvió al régimen democrático. El Partido Nacional de Nigeria salió victorioso en las elecciones presidenciales y Alhaji Shehu Shagari se convirtió en el primer presidente elegido democráticamente.
El 31 de diciembre de 1983, los militares derrocaron la Segunda República. El general de división Muhammadu Buhari se convirtió en el presidente del Consejo Militar Supremo (SMC), el nuevo jefe de Estado.
En agosto de 1985, el gobierno del general Buhari fue derrocado pacíficamente por el jefe del Estado Mayor del Ejército, el general de división Ibrahim Babangida. Babangida se convirtió en presidente y presidente del Consejo de Gobierno de las Fuerzas Armadas.
En agosto de 1993, el general Babangida dimitió y eligió un gobierno interino para sustituirle. Ernest Shonekan fue nombrado presidente interino. El general Sani Abacha arrebató el poder a Shonekan en noviembre de 1993 y se convirtió en presidente y presidente del Consejo Provisional de Gobierno.
El 8 de junio de 1998, el general Abacha murió en la villa presidencial de la capital nigeriana, Abuja. El general de división Abdulsalami Abubakar se convirtió en el nuevo presidente y presidente del Consejo Provisional de Gobierno.
El 29 de mayo de 1999 el general de división Abdulsalami Abubakar dimitió y el antiguo jefe de Estado militar, Olusegun Obasanjo, se convirtió en presidente civil. Obasanjo ocupó el cargo durante dos mandatos.
En mayo de 2007, Alhaji Umaru Yar’Adua prestó juramento como Presidente de la República Federal de Nigeria, el decimotercer jefe de Estado de Nigeria. Yar’Adua murió el 5 de mayo de 2010 en la villa presidencial, en Abuja, Nigeria.
El 6 de mayo de 2010 el vicepresidente Goodluck Jonathan juró como presidente de la República Federal de Nigeria y el 14º jefe de Estado.
El 29 de mayo de 2015 Muhammadu Buhari juró como presidente de la República Federal de Nigeria y el 15º jefe de Estado tras ganar las elecciones generales.