Il ne fait aucun doute que Hobson ne considérait Russell que comme une capitale temporaire. Le 18 avril 1840, il envoya Mathew pour un second voyage vers le sud ; l’arpenteur général fut chargé d’explorer les ports de Whangarei, Mahurangi et Waitematā, et d’accorder une attention particulière à un emplacement sur la rive sud de la Waitematā. Mathew passa deux mois à explorer les différents emplacements et rejeta Whangarei et Mahurangi, mais aussi le site privilégié par Hobson qui fut plus tard connu sous le nom de Hobsonville. Selon lui, le site était « totalement impropre à l’implantation d’un établissement principal, et en fait mal adapté à un établissement tout court ». Mathew recommanda le bassin de Panmure pour l’établissement, qui présentait de nombreux avantages, mais il concéda que l’accès depuis le port était difficile.
Une fois que Hobson eut recouvré une certaine santé, il se rendit dans le sud pour vérifier les recommandations de Mathew. Le 6 juillet, il a visité Panmure et l’a immédiatement rejeté en raison de la difficulté d’accès par l’eau. Hobson a également admis que l’endroit qu’il préférait n’était pas pratique. Après avoir assisté à un coucher de soleil et avoir été impressionnés par un « bel aspect du rivage plus loin dans le port dans la lueur dorée de la fin de l’après-midi », les membres du groupe se rendent sur place le jour suivant. Ils ont convenu que l’endroit était très prometteur pour une future capitale ; on pense qu’ils ont débarqué à Shelly Beach à Ponsonby. À la fin du mois, la décision fut prise que la capitale serait déplacée vers la Waitematā.
Le 13 septembre 1840, une barque quitta Russell pour la Waitematā. A son bord se trouvaient sept fonctionnaires du gouvernement, quelques passagers de cabine et de nombreux passagers d’entrepont. Le groupe, sous le commandement de Symonds, devait finaliser le choix de la future capitale, acheter les terres aux Maoris, ériger des magasins et des bâtiments d’hébergement, et trouver un site pour la Government House. Le 18 septembre, le terrain (quelque 3 000 acres ou 1 200 hectares) avait été choisi et un accord signé avec Āpihai Te Kawau et d’autres représentants des iwi Ngāti Whātua. Une hampe de drapeau a été érigée sur la pointe Britomart, et la santé de Sa Majesté a été « bue avec enthousiasme par des acclamations longues et fortes ». Sarah Mathews, l’épouse du Surveyor General, a noté dans son journal que le nom « Auckland » était inscrit dans le mât du drapeau, ainsi que la date d’achat du terrain. On peut considérer qu’il s’agit là de la dénomination officieuse de la ville, le nom ayant été mis par écrit pour la première fois par Hobson le 10 novembre de la même année. George Eden, 1er comte d’Auckland, était Premier Lord de l’Amirauté. En 1834, il avait donné une commission à William Hobson pour naviguer vers les Indes orientales sur le Rattlesnake, ce qui mit fin à une période de six ans sans commandement et avec une demi-solde. Si le nom a été accordé par gratitude, il a certainement rencontré l’approbation générale, car Lord Auckland était au sommet de sa gloire en 1840 après avoir été nommé vice-roi des Indes en 1835. L’approbation par la reine Victoria d’Auckland comme nom de la colonie a été publiée dans la Gazette de Nouvelle-Zélande le 26 novembre 1842.
Les travaux progressaient bien à Auckland. Hobson se rendit pour la première fois à Auckland le 17 octobre 1840 pour vérifier l’avancement des travaux et décider de l’emplacement de la Government House. Il est retourné dans la Bay of Islands, ayant décidé de s’installer à Auckland l’année suivante. Government House était un ensemble en kit construit en Angleterre et expédié en Nouvelle-Zélande, pesant 250 tonnes (250 tonnes longues ; 280 tonnes courtes). Elle comptait 16 pièces, mesurait 37 mètres de long, 15 mètres de large et 7,3 mètres de haut. Il a été placé à l’angle des rues Hobson et Cook. Les fonctionnaires et tous les documents du gouvernement ont été transférés de la Bay of Islands à Auckland en janvier 1841. Hobson s’installa dans sa nouvelle résidence le 14 mars 1841, et avec son emménagement, la capitale était passée de la baie des îles à Auckland.
La première Cour suprême de Nouvelle-Zélande fut construite en 1842 à l’angle de Queen Street et Victoria Street West. Le tribunal était présidé par le juge Martin.
Le 23 juin 1848, la Government House a brûlé pendant le mandat de Sir George Grey en tant que gouverneur. Personne ne fut blessé mais le bâtiment fut une perte totale. Une résidence vice-royale fut alors louée pendant de nombreuses années (connue sous le nom de Scoria House et située sur Karangahape Road) avant que la nouvelle Government House ne soit construite en 1856. La construction de ce bâtiment s’inscrivait dans le cadre de la campagne menée par Auckland pour conserver le siège du gouvernement, alors que le débat sur le déplacement de la capitale plus au sud avait déjà commencé. Ce bâtiment a officiellement fait partie de l’Université d’Auckland en 1969, est maintenant connu sous le nom de Old Government House, et a été enregistré par le New Zealand Historic Places Trust comme une structure patrimoniale de catégorie I en 1983.
La forme initiale du gouvernement était un conseil exécutif formé de fonctionnaires nommés par le gouverneur et responsables devant lui. Cela a changé lorsque la loi constitutionnelle néo-zélandaise de 1852, une loi du Parlement du Royaume-Uni qui a accordé l’autonomie à la colonie de Nouvelle-Zélande, a été reçue. Elle prévoyait une Assemblée générale (ou Parlement) bicamérale, composée du gouverneur, d’un Conseil législatif nommé et d’une Chambre des représentants élue, avec un Conseil exécutif nommé nominalement par le gouverneur. Elle permettait également la mise en place de gouvernements provinciaux, et six provinces ont été initialement créées. La première élection générale a eu lieu en 1853 et le Parlement s’est réuni à Auckland pour sa première session, qui a été ouverte le 27 mai 1854. Le 3 juin, la question du siège du Parlement fut discutée pour la première fois, Edward Gibbon Wakefield soutenant que le siège du gouvernement devait être déplacé à Wellington. Les déplacements pour se rendre au Parlement et en revenir étaient ardus, et les membres de l’extrême sud avaient mis deux mois pour se rendre à Auckland. Un emplacement plus central est souhaitable, mais les membres des circonscriptions d’Auckland ne sont pas d’accord. Ce qui n’a pas aidé non plus, c’est que la Maison de l’Assemblée générale avait été construite à la hâte et n’était rien de plus qu’une coquille, et les membres l’appelaient le « Shedifice ». Le vent soufflait à travers le bâtiment, il fuyait sous la pluie et les commodités de base comme les toilettes faisaient défaut. Construit sur ce qui était alors le bord de la ville, c’était un bâtiment sans confort.
Les arguments sur l’endroit où le Parlement devrait se réunir ont eu pendant une décennie. James FitzGerald, qui avait brièvement dirigé le premier ministère du pays, proposa que la prochaine session « se tienne dans une position plus centrale de la colonie ». Il n’avait pas consulté d’autres personnes au préalable, et de nombreux membres du Sud étaient absents au moment du vote. La proposition a été rejetée par 13 voix contre 11. En 1856, une résolution visant à ce que la prochaine session se tienne à Auckland a été modifiée en substituant l’expression « une position plus centrale » comme lieu, mais la question a été laissée à la discrétion du gouverneur. Quelques mois plus tard, une proposition visant à ce que la prochaine session se tienne à Nelson a été rejetée de justesse. Le gouverneur, Thomas Gore Browne, a suggéré qu’il pourrait être intéressant d’alterner les réunions à Wellington et à Auckland. Après de nombreuses discussions, il est décidé de tenir la deuxième session du 3e Parlement à Wellington, et le Parlement se réunit de juillet à septembre 1862 dans le bâtiment du Conseil provincial de Wellington. Une proposition visant à rendre ce déménagement à Wellington permanent est rejetée par une seule voix. Les bâtiments du Conseil provincial de Wellington ont été construits en 1858 et étaient de style opulent ; le contraste frappant avec le « Shedifice » d’Auckland faisait partie de la campagne de Wellington pour inciter les membres du parlement à déplacer la capitale dans leur ville.
Après le déplacement de la capitale à Wellington, le bâtiment du Parlement a finalement été transféré à l’Université d’Auckland et démoli en 1919. Government House est resté l’un des sièges du gouverneur, qui alterne entre Wellington et Auckland jusqu’à ce jour. L’ancienne Government House est restée utilisée jusqu’en 1969, lorsque Sir Frank et Lady Mappin ont fait don de l’actuelle Government House (Birchlands), située à Mount Eden. L’Old Government House est depuis utilisé par l’université d’Auckland.