De nouvelles recherches menées par une équipe internationale de scientifiques ont trouvé des souches de Streptococcus du groupe A moins sensibles à la pénicilline et à d’autres antibiotiques bêta-lactamines, un résultat qu’ils disent être à la fois surprenant et inquiétant.
La recherche, publiée cette semaine dans le Journal of Clinical Microbiology, a identifié 137 souches de Streptococcus pyogenes présentant des mutations d’une protéine de liaison à la pénicilline associée à une moindre sensibilité à plusieurs bêta-lactamines. L’analyse a en outre révélé que les mutations semblent être géographiquement répandues et que les souches porteuses de ces mutations ont la capacité de se propager entre les patients.
Le streptocoque du groupe A est surtout connu pour sa capacité à provoquer une pharyngite aiguë, également appelée angine streptococcique, qui touche environ 600 millions de personnes par an dans le monde. Mais il peut aussi provoquer des infections plus graves et mortelles comme le rhumatisme articulaire aigu (qui peut entraîner une cardiopathie rhumatismale), la scarlatine, la septicémie et la fasciite nécrosante (maladie mangeuse de chair), et figure parmi les 10 premières causes de décès par maladies infectieuses.
Les infections à streptocoques du groupe A sont généralement traitées par des bêta-lactamines, comme c’est le cas depuis des décennies. Mais les auteurs de l’étude avertissent que les résultats suggèrent que les cliniciens pourraient ne plus être en mesure de supposer que les bêta-lactamines fonctionnent.
« C’est vraiment un signal d’alarme important que… la fête pourrait bientôt être terminée », a déclaré le premier auteur de l’étude, James Musser, MD, PhD, président du département de pathologie et de médecine génomique à l’hôpital méthodiste de Houston. « Cela peut être des premiers pas importants vers le développement d’une certaine résistance de plus haut niveau. »
La sensibilité universelle n’est plus une évidence
Les résultats sont surprenants, a déclaré Musser, car, depuis 70 ans, on enseigne aux microbiologistes et aux cliniciens que le streptocoque du groupe A est universellement sensible aux antibiotiques bêta-lactamines. Mais en octobre 2019, une étude est sortie identifiant deux souches de S pyogenes liées clonalement et épidémiologiquement avec des mutations dans le gène pbp2x et une sensibilité réduite à l’ampicilline, l’amoxicilline et le céfotaxime.
Cette étude a incité Musser et des scientifiques de Suède, de Norvège, de Finlande, d’Islande et d’Écosse à analyser une bibliothèque de 7 025 séquences du génome de S pyogenes pour voir s’ils pouvaient trouver d’autres souches avec des mutations similaires. Ils se sont concentrés sur les isolats des types de séquences emm1, emm28 et emm89 – qui sont les causes les plus courantes d’angine streptococcique et d’infections invasives graves à Streptoccus du groupe A aux États-Unis et ailleurs.
« Ce sont de mauvais acteurs, numériquement parlant, dans les infections humaines », a déclaré Musser.
Leur analyse a révélé 137 souches de S pyogenes – soit environ 2 % des souches analysées – présentant des mutations dans le gène pbpx2 qui modifient la séquence d’acides aminés de la bactérie, entraînant le remplacement d’un acide aminé par un autre. Ces mutations sont probablement apparues à la suite d’une exposition aux antibiotiques bêta-lactamines.
« Bien que 2 % semble relativement faible, la surprise, franchement, est que le nombre de mutations était si élevé, et qu’elles étaient géographiquement répandues, non seulement aux États-Unis mais aussi au Canada, dans les pays nordiques et en Écosse », a déclaré Musser.
Lorsque les chercheurs ont effectué des tests de sensibilité aux antimicrobiens sur ces isolats, en les testant contre la pénicilline, l’ampicilline et quatre autres bêta-lactamines, ils ont constaté une sensibilité réduite par rapport aux souches de type sauvage dépourvues de la mutation pbp2x. Ils ont également trouvé 16 cas dans lesquels des souches du même type emm présentaient une mutation identique. Et l’analyse phylogénétique de ces souches a révélé qu’elles étaient liées de manière clonale – un résultat qui, selon Musser, suggère que les mutations n’interdisent pas à l’organisme de se propager parmi les gens et de causer des infections invasives.
« Elles ne causent pas ce que nous appelons un effet de fitness préjudiciable, donc comme le streptocoque normal du groupe A, ces souches peuvent se propager assez bien d’une personne à l’autre », a-t-il expliqué.
Mais l’impact clinique immédiat de ces mutations, à ce stade, n’est pas clair. Si les souches porteuses de la mutation étaient moins sensibles aux antibiotiques bêta-lactamines, elles n’étaient pas résistantes.
« Elles ne répondent pas encore à la définition de laboratoire d’une véritable résistance à ces agents », a déclaré Musser. De plus, a-t-il ajouté, lui et ses collègues ne savent pas quel type d’effet ces souches porteuses de mutations ont sur les patients. Mais il s’inquiète de ce qui pourrait arriver si certaines des souches de streptocoques du groupe A les plus contagieuses acquièrent les mutations de résistance.
« Si vous aviez une résistance de haut niveau dans un « super-épandeur », nous aurions d’énormes problèmes », a-t-il dit.
Une surveillance de routine exhortée
Musser a noté que depuis que le groupe a fait cette découverte, son laboratoire a commencé à faire une surveillance de routine pour la diminution de la sensibilité aux bêta-lactamines dans le groupe A Streptococcus – quelque chose que la plupart des laboratoires de microbiologie clinique ne font pas en raison du dogme selon lequel la sensibilité aux bêta-lactamines n’est pas un problème avec cet organisme. Et ses coauteurs, dont beaucoup sont des directeurs de laboratoires de diagnostic, font de même.
« Nous devons être beaucoup plus vigilants dans ce domaine », a-t-il déclaré, ajoutant que la surveillance devrait être effectuée non seulement sur les isolats d’infections graves, mais aussi sur les isolats de streptocoques. « Toutes les souches que nous avons examinées dans l’étude provenaient d’infections graves. Nous ne savons pas quelle est l’ampleur du problème dans la situation plus courante de la pharyngite. »
Il a également déclaré que les résultats soulignent en fin de compte la nécessité d’un vaccin contre le streptocoque du groupe A, une chose sur laquelle les scientifiques travaillent, par à-coups, depuis près de 100 ans. Ces efforts ont été entravés par la grande variété des souches de streptocoque du groupe A.
« Nous avons désespérément besoin d’un vaccin efficace contre le streptocoque du groupe A, car en fin de compte, ce sera la vraie solution », a-t-il déclaré. « C’est la seule approche raisonnable à long terme pour contrôler cet organisme. »
Voir aussi :
Jan 29 J Clin Microbiol abstract
Les résultats de l’étude ont été publiés dans le Journal de la Santé.