Le jeu de base suit les règles standard du jeu de cartes à collectionner (sauf que vous ne pouvez utiliser qu’1 mythique, 2 rares et 3 non-communes de n’importe quelle carte) Magic : The Gathering, sorti pour la première fois en 1993 ; chaque joueur dispose d’un jeu de cartes composé de terres et de sorts. Les terres sont utilisées pour générer du « mana », la ressource nécessaire pour lancer des sorts. Le mana existe en cinq couleurs, et les cartes peuvent nécessiter un mana coloré ou générique (mana de n’importe quelle couleur) pour être lancées. Les sorts sont très variés, des sorciers et des instants qui ont des effets uniques, aux créatures invoquées qui peuvent attaquer et défendre leurs adversaires. Les joueurs alternent les tours en jouant des cartes terrestres, en lançant des sorts et en attaquant les adversaires jusqu’à ce que le total de vie de tous les joueurs sauf un soit réduit à 0.
Duels Magiques : Origins articule le cœur du jeu autour d’un mode histoire solo, et d’un mode bataille en ligne. Dans le mode histoire, le joueur parcourt l’histoire d’origine de cinq Planeswalkers différents, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane et Liliana Vess. Chaque Planeswalker a cinq duels ou plus avec des adversaires contrôlés par ordinateur. Le joueur utilise un deck basé sur le Planeswalker sélectionné et, au fur et à mesure qu’il termine chacun des duels, il améliore ce deck par l’ajout de nouvelles cartes présélectionnées. Ces decks, avec les améliorations qu’ils ont débloquées, sont également disponibles pour le joueur en mode bataille.
Le mode bataille permet aux joueurs d’utiliser des decks préfabriqués ou de construire des decks à partir de leur collection de cartes, et de jouer contre des adversaires informatiques ou des adversaires en ligne ; les types de match incluent des matchs en un contre un avec des joueurs suivis sur des classements, et des Géants à deux têtes (deux contre deux). Dans ces modes, les adversaires informatiques peuvent être sélectionnés parmi trois niveaux de difficulté, les difficultés supérieures offrant plus de récompenses au joueur. Les cartes des adversaires informatiques seront générées de manière procédurale, ce qui rendra aléatoire le type de cartes que le joueur devra affronter. En jouant dans l’un ou l’autre des modes, les joueurs peuvent gagner de l’argent en jeu qu’ils peuvent utiliser pour acheter de nouveaux packs de boosters ou des cartes spécifiques pour étoffer leur bibliothèque de cartes. Il existe également divers objectifs quotidiens que les joueurs peuvent remplir pour gagner de l’argent en jeu, et tous les joueurs sont récompensés pour avoir contribué à la réalisation de divers objectifs communautaires. Les joueurs peuvent également acheter de l’argent en jeu avec des microtransactions, mais cela n’est pas nécessaire pour avoir accès à toutes les cartes et à toutes les fonctionnalités.