La construction du noyau du futur Grand Bazar a commencé durant l’hiver 1455/56, peu après la conquête de Constantinople par les Ottomans et s’inscrivait dans une initiative plus large visant à stimuler la prospérité économique d’Istanbul. Le sultan Mehmed II a fait ériger un édifice consacré au commerce des textiles et des bijoux près de son palais à Constantinople. Il a été nommé Cevâhir Bedestan (« Bedesten des pierres précieuses ») et était également connu sous le nom de Bezzâzistan-ı Cedîd (« Nouveau Bedesten ») en turc ottoman. Le mot bedesten est adapté du mot persan bezestan, dérivé de bez (« tissu »), et signifie « bazar des vendeurs de tissu ». Le bâtiment – nommé alternativement en turc İç (« interne »), Atik (« ancien ») ou Eski (« vieux ») Bedesten – se trouve sur la pente de la troisième colline d’Istanbul, entre les anciens Forums de Constantin et de Théodose. Il se trouve également à proximité du premier palais du sultan, l’Ancien Palais (Eski Saray), qui était également en construction dans ces mêmes années, et non loin de l’Artopoleia (en grec) (Άρτοπωλεία), le quartier des boulangers de la ville à l’époque byzantine.
La construction du Bedesten s’est achevée durant l’hiver 1460/61, et le bâtiment a été doté au waqf de la mosquée Sainte-Sophie. L’analyse de la maçonnerie montre que la plupart de la structure provient de la seconde moitié du XVe siècle, bien qu’un relief byzantin représentant un aigle comnien, toujours enfermé au sommet de la porte Est (Kuyumcular Kapısı)) du Bedesten ait été utilisé par plusieurs spécialistes comme preuve que l’édifice était une structure byzantine.
Dans un marché proche du Bedesten, nommé en turc Esir Pazarı, le commerce des esclaves était actif, un usage également reporté de l’époque byzantine. D’autres marchés importants dans les environs étaient le marché de l’occasion (turc : Bit Pazarı), le « Long Marché » (Uzun Çarşı), correspondant au grec Makros Embolos (Μακρός Ὲμβολος, « Long Portique »), un long mail à portiques s’étendant en descente du Forum de Constantin à la Corne d’Or, qui était l’une des principales zones de marché de la ville, tandis que l’ancien marché aux livres (Sahaflar Çarşısı) n’a été déplacé du Bazar vers son emplacement pittoresque actuel, près de la mosquée Beyazid, qu’après le tremblement de terre d’Istanbul de 1894.
Quelques années plus tard -selon d’autres sources, cela s’est produit en 1545 sous le sultan Suleiman I-Mehmed II a fait construire un autre marché couvert, le « Sandal Bedesten » (le nom vient d’une sorte de fil tissé à Bursa, qui avait la couleur du bois de santal), également nommé Küçük (« Petit »), Cedit ou Yeni (les deux mots signifiant « Nouveau ») Bedesten, qui se trouvait au nord du premier.
Après l’érection du Sandal Bedesten, le commerce des textiles s’y installa, tandis que le Cevahir Bedesten était réservé au commerce des produits de luxe. Au début, les deux bâtiments étaient isolés. Selon le voyageur français du XVIe siècle Pierre Gilles, entre eux et la mosquée de Beyazid se trouvaient les ruines d’églises et une grande citerne. Mais bientôt, de nombreux vendeurs ouvrirent leurs boutiques entre eux et autour d’eux, si bien qu’un quartier entier naquit, consacré exclusivement au commerce.
Au début du XVIIe siècle, le Grand Bazar avait déjà atteint sa forme définitive. L’énorme étendue de l’Empire ottoman sur trois continents, et le contrôle total des communications routières entre l’Asie et l’Europe, faisaient du Bazar et des hans ou caravansérails environnants la plaque tournante du commerce méditerranéen. Selon plusieurs voyageurs européens, à cette époque, et jusqu’à la première moitié du XIXe siècle, le marché était sans égal en Europe en ce qui concerne l’abondance, la variété et la qualité des marchandises en vente. À cette époque, les voyageurs européens nous ont appris que le Grand Bazar avait un plan carré, avec deux routes principales perpendiculaires se croisant au milieu et une troisième route longeant le périmètre extérieur. Le Bazar comptait 67 rues (chacune portant le nom des vendeurs d’une marchandise particulière), plusieurs places utilisées pour les prières quotidiennes, 5 mosquées, 7 fontaines, 18 portes qui étaient ouvertes chaque jour le matin et fermées le soir (d’où le nom moderne du Marché, « Marché fermé » (Kapalıçarşı). Vers 1638, le voyageur turc Evliya Çelebi nous a donné la plus importante description historique du Bazar et de ses coutumes. Le nombre de boutiques s’élevait à 3 000, plus 300 situées dans les hans environnants, de grands caravansérails à deux ou trois étages autour d’une cour intérieure à portique, où l’on pouvait stocker des marchandises et loger les marchands. À cette époque, un dixième des commerces de la ville étaient concentrés dans le marché et autour de celui-ci. Pour autant, à cette époque, le marché n’était pas encore couvert.
Des calamités récurrentes, des incendies et des tremblements de terre ont frappé le Grand Bazar. Le premier incendie s’est produit en 1515 ; un autre en 1548. D’autres incendies ont ravagé le complexe en 1588, 1618 (lorsque le Bit Pazarı a été détruit), 1645, 1652, 1658, 1660 (à cette occasion, toute la ville a été dévastée), 1687, 1688 (de grands dommages ont été causés à l’Uzun Çarşı) 1695, et 1701. L’incendie de 1701 fut particulièrement violent, obligeant le Grand Vizir Nevşehirli Damad Ibrahim Pasha à reconstruire plusieurs parties du complexe en 1730-1731. En 1738, le Kızlar Ağası Beşir Ağa dota la fontaine (toujours existante) près de Mercan Kapı.
À cette époque, en raison de la nouvelle loi contre les incendies émise en 1696, plusieurs parties du marché qui se trouvaient entre les deux Bedesten furent couvertes de voûtes. Malgré cela, d’autres incendies ont ravagé le complexe en 1750 et 1791. Le tremblement de terre de 1766 a causé davantage de dommages, qui ont été réparés par l’architecte en chef de la Cour (Hassa Baş Mimarı) Ahmet un an plus tard.
La croissance au XIXe siècle de l’industrie textile en Europe occidentale, l’introduction de méthodes de production de masse, les capitulations signées entre l’Empire et de nombreux pays européens, et la forestation – toujours par les marchands européens – des matières premières nécessaires à la production de biens dans l’économie fermée de l’Empire, sont des facteurs qui ont provoqué le déclin du Marché. En 1850, les loyers à Bedesten étaient dix fois moins élevés que deux ou trois décennies auparavant. De plus, la naissance d’une bourgeoisie tournée vers l’Occident et le succès commercial des produits occidentaux poussent les marchands appartenant aux minorités (grecque, arménienne, juive) à quitter le Bazar, perçu comme vétuste, et à ouvrir de nouvelles boutiques dans des quartiers fréquentés par les Européens, comme Pera et Galata.
Selon une enquête de 1890, le Bazar comptait 4 399 boutiques actives, 2 bedesten, 2195 chambres, 1 hamam, une mosquée, 10 medrese, 19 fontaines (dont deux şadırvan et une sebil), un mausolée et 24 han. Dans les 30,7 hectares du complexe, protégés par 18 portes, on trouve 3 000 boutiques le long de 61 rues, les 2 bedesten, 13 han (plus plusieurs autres à l’extérieur).
La dernière grande catastrophe a eu lieu en 1894 : un fort tremblement de terre qui a secoué Istanbul. Le ministre des Travaux publics, Mahmud Celaleddin Pacha, a supervisé la réparation du Bazar endommagé jusqu’en 1898, et à cette occasion, le complexe a été réduit en superficie. À l’ouest, le Bit Pazarı a été laissé à l’extérieur du nouveau périmètre et est devenu une route à ciel ouvert, nommée Çadırcılar Caddesi (« route des faiseurs de tente »), tandis que l’ancienne porte et le Kütkculer Kapi ont été démolis. Parmi tous les hans qui appartenaient au Marché, beaucoup ont été laissés à l’extérieur, et seuls neuf sont restés enfermés dans la structure.
En 1914, le Sandal Bedesten, dont les manutentionnaires de marchandises textiles avaient été ruinés par la concurrence européenne, a été acquis par la ville d’Istanbul et, à partir d’un an plus tard, a été utilisé comme une salle des ventes, principalement pour les tapis. En 1927, les différentes parties du bazar et les rues ont reçu des noms officiels. Les derniers incendies du bazar ont eu lieu en 1943 et 1954, et les restaurations correspondantes ont été achevées le 28 juillet 1959.
La dernière restauration du complexe a eu lieu en 1980. A cette occasion, les affiches publicitaires autour du marché ont également été enlevées.
La dernière restauration du complexe a eu lieu en 1980.