En attendant , My’shell Lemair, se reprochant la situation de Charlotte, a décidé d’enquêter sur des pistes concernant d’anciens comptes d’Assassins, ce qui lui a permis de découvrir qu’ils étaient secrètement utilisés par une troisième faction. Berg a également enquêté sur les comptes et l’a interrogée, avant de tomber dans une embuscade tendue par une cellule d’Instrument dirigée par Jasdip. Gravement blessé, My’shell a emmené Berg à la planque de Londres, où les Assassins se sont réunis. A contrecœur, la cellule Assassin et Berg décidèrent d’unir leurs forces pour arrêter la nouvelle faction qui avait infiltré leurs deux ordres.
Charlotte alla revivre les souvenirs d’Ignacio Cardona, découvrant qu’il interagissait avec l’ancien Black Cross Albert Bolden. Après que Charlotte ait été incapable de continuer à cause de la fatigue causée par l’Animus, Berg a revécu les souvenirs d’Albert Bolden en utilisant l’ADN de son descendant André Bolden. Ils ont finalement découvert que l’artefact était enterré dans les décombres d’une église abandonnée en Espagne. Pendant ce temps, les Instruments ont détourné le laboratoire du Projet Phoenix d’Abstergo pour leurs propres moyens.
Les Assassins et Berg sont partis en Espagne, où Arend et Kiyoshi ont fait face à une résistance initiale de deux protecteurs âgés du site assignés par Cardona et Bolden, avant d’être capturés par l’équipe d’Instruments de Jasdip Dhami. En découvrant le Koh-i-Noor, Charlotte a involontairement activé l’artefact et créé une explosion de lumière. Dhami a réussi à maîtriser Charlotte au milieu de l’explosion lumineuse et, après avoir demandé une frappe de mortier, s’est enfui avec l’artefact. Peu de temps après, la planque londonienne des Assassins fut attaquée par les Instruments, bien que My’shell parvint à s’échapper avec Guernica, mais le laissant finalement derrière lui gravement blessé.
Pendant ce temps, les Instruments ont forcé Álvaro Gramática, le chef du Projet Phoenix d’Abstergo, à créer un nouveau corps pour Juno, en utilisant le Linceul d’Eden et l’ADN prélevé sur Elijah, le fils Sage de Desmond, dans un laboratoire quelque part en Australie. Alors que le nouveau corps de Juno était terminé et qu’elle renaissait, les Assassins et Berg ont pris d’assaut l’installation, tandis qu’Elijah se rebellait contre ses ravisseurs Instruments. Les Assassins ont tué de nombreux Instruments, dont Dhami, tandis que Galina est descendue dans le laboratoire de Gramática.
Alors que Galina et Elijah ont tous deux atteint le laboratoire, Elijah a volé le Koh-i-Noor et l’a touché aux côtés de Galina, utilisant ses pouvoirs pour repousser les Instruments. Galina l’a ensuite utilisé pour créer une illusion de Consus afin de distraire Juno, tandis qu’elle tuait l’Isu avec sa lame cachée. Bien que Charlotte soit toujours à l’intérieur, Berg a déclenché une grenade hautement destructive à l’intérieur de l’installation après s’être échappé avec Galina, Arend et Kiyoshi, la tuant malgré les protestations des Assassins. Elijah, lui, s’est échappé avec le Koh-i-Noor.
Recherche du bâton d’Hermès Trismégiste
Fin octobre 2017, William Miles a sauvé un agent Abstergo véreux nommé Layla Hassan, qui avait été chargé par Simon Hathaway de récupérer le sarcophage de Bayek de Siwa, le fondateur des Cachés, dans la dépression de Qattara en Égypte. Après qu’elle ait décidé d’explorer les souvenirs de Bayek par elle-même avec son Animus portable plutôt que d’apporter le sarcophage à Abstergo, la société a envoyé sans succès des agents pour la tuer. William a fini par la retrouver et lui a proposé de travailler sur le projet Animus des Assassins, ce qu’elle a accepté à contrecœur.
Au cours de l’année suivante, la réticence de Layla à rejoindre la Confrérie s’est atténuée et elle est devenue un membre apprécié des Assassins, gagnant même le leadership de sa propre cellule. Fin 2018, Layla a trouvé des preuves qui indiquaient l’emplacement de la Lance de Léonidas brisée, et a rassemblé une équipe composée d’une autre ancienne employée d’Abstergo, Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura et Alannah Ryan, pour la récupérer. En utilisant un échantillon d’ADN sur l’artefact, elle a procédé à l’exploration des souvenirs génétiques de Kassandra dans l’Animus dans une maison sécurisée à Londres, espérant trouver des indices menant au Bâton d’Hermès Trismégiste.
Eventuellement, grâce aux souvenirs de Kassandra, la cellule a découvert l’emplacement de la cité engloutie d’Atlantis et comment réactiver la Porte de la Cité perdue qui lui servait d’entrée. Après avoir fait cela, Layla a été rencontrée par Kassandra, qui avait vécu plus de deux millénaires grâce aux pouvoirs du Bâton. Elle a alors transmis l’artefact à Layla, lui confiant la responsabilité de ramener l’équilibre entre l’ordre et le chaos dans le monde. Avant de laisser à du Bâton, Kassandra a fait promettre à Layla de détruire tous les Morceaux d’Eden après avoir atteint ses objectifs, avant que l’immortalité de Kassandra ne s’estompe et qu’elle ne décède.
Layla a décidé d’explorer davantage les souvenirs de Kassandra, grâce auxquels elle a été directement contactée par l’Isu Aletheia, de qui elle a découvert que Layla était destinée à être l' »Héritière des Mémoires » et devait apprendre à utiliser le Bâton et à combattre sa corruption. Grâce à ses expériences dans l’Animus, Layla a découvert comment aller plus loin dans la passerelle. Une fois sur place, elle fut rejointe par Victoria et les deux furent finalement découvertes par l’équipe Sigma d’Abstergo, qui fut rapidement éliminée par Layla.
À travers les souvenirs de Kassandra, Layla a expérimenté plusieurs simulations de la civilisation Isu créées par Aletheia dans le but d’apprendre à maîtriser le pouvoir du Bâton. Au cours de ces sessions Animus, Victoria a imploré Layla d’arrêter pour empêcher l’effet de saignement de prendre le dessus. Dans un moment de rage induit par le Bâton, Layla a accidentellement tué son amie. Elle a continué à explorer les simulations, et a fini par apprendre tout ce qu’Aletheia avait à enseigner. C’est à ce moment-là que Layla a été confrontée à Otso Berg, qui est resté infirme après leur combat. Layla a alors fait appel à l’Altaïr II pour qu’il vienne le chercher.
Nouvelles opérations
En 2019, Gavin Banks et My’shell Lemair ont découvert qu’Abstergo prévoyait de sortir un nouveau programme numérique appelé Project Lighthouse avec lequel ils pourraient influencer le dark web, afin de pouvoir contrôler les pratiques illégales telles que les ventes d’armes et autres formes de trafic. Dans l’espoir d’arrêter le programme, ils ont découvert que le code de sécurité du programme était lié à une pièce de monnaie contrefaite du Grand Recoinage de 1696 qui était en possession de l’assassin Omar Khaled. Gavin a localisé la descendante de Khaled, Aliyah Khan, à Londres et l’a persuadée d’aider les Assassins en échange du financement de ses études en lui donnant l’argent que l’ancien partenaire commercial d’Aliyah, Jarrod Eubanks, lui avait volé.
Aliyah a exploré les souvenirs d’Omar dans l’Animus, et Gavin et My’shell lui ont lentement révélé des détails sur Abstergo et leurs plans. Finalement, ils ont été contraints de s’arrêter et de fuir après avoir détecté des Templiers près de leur proximité. Laissant l’Animus derrière eux, ils ont échappé aux Templiers et se sont installés au zoo de Londres. Pour avoir accès à un autre Animus, ils décident de se déguiser en nettoyeurs et d’infiltrer le bureau londonien d’ExploreDNA, une filiale d’Abstergo qui examine l’ADN des gens. À l’aide d’un Animus VR, Aliyah continue d’explorer les souvenirs de son ancêtre jusqu’à ce qu’elle découvre l’inscription inscrite sur la clé contrefaite de son ancêtre : » Je maintiensdrai « .
My’shell, entre-temps, a découvert que l’argent d’Eubanks était géré personnellement par Agneta Reider, PDG d’Abstergo Financial, et que le père d’Aliyah, Fahad Khan, qu’elle croyait mort depuis dix ans, était son employé. Fahad Khan a pris d’assaut le bâtiment d’ExploreDNA et a réussi à capturer Gavin. Avec l’aide de l’IA d’ExploreDNA, basée sur Shaun Hastings, ils ont localisé Agneta Reider et volé sa montre, qu’ils ont échangée contre la localisation de Gavin à Newton Analytica à Cambridge. Lors de la confrontation qui s’ensuivit, Aliyah fut contrainte de tuer son père avec une lame cachée. Gavin l’a invitée à rejoindre la Confrérie, bien qu’elle ait d’abord refusé. Après avoir entendu la nouvelle que Jarrod Eubanks avait été arrêté sur la base des actions d’un groupe de voyous qui promettait de faire tomber d’autres voleurs comme lui, elle accepta l’invitation et rejoignit les Assassins.
La même année , Kiyoshi Takakura se voit confier un projet qu’Abstergo mène à Yokohama, impliquant un sujet Animus – qui était, à l’insu des Assassins, Lisa Yang, une descendante de Shao Jun. À l’extérieur de la clinique d’Abstergo, Kiyoshi a écouté une conversation entre un médecin d’Abstergo et la jeune fille. Il informa plus tard un collègue Assassin de ses craintes que la jeune fille ne courre un risque fatal à cause d’une surexposition à l’Animus, et qu’il n’était pas sûr de savoir quels souvenirs ils lui faisaient revivre dans l’Animus.