Le fondateur Alain Coumont a ouvert Le Pain Quotidien le 26 octobre 1990 au 16 rue Dansaert à Bruxelles. En tant que jeune chef, Coumont n’était pas satisfait de la qualité du pain disponible à Bruxelles, il a donc commencé à le fabriquer lui-même, en mélangeant de la farine, de l’eau et du sel pour obtenir les pains familiers de son enfance. Il a meublé le magasin avec des armoires récupérées chez des antiquaires et une grande table en bois récupéré sur les planchers de trains belges en retraite achetée sur un marché aux puces local : la première des tables communes du Pain Quotidien.
Le premier établissement aux États-Unis a ouvert sur Madison Avenue à New York en 1997.
En 2005, le fondateur recevait 50 e-mails par jour de personnes souhaitant obtenir une franchise.
En 2011, l’entreprise a connu un incident de relations publiques lorsqu’une cliente de New York a trouvé une souris dans sa salade.
En 2016, Doug Satzman est devenu PDG des opérations américaines et Vincent Herbert est devenu PDG mondial.
En mars 2018, Vincent Herbert a démissionné.
En décembre 2019, Cobepa, détenue majoritairement par Spoelberch, a augmenté sa participation dans la société de 32 % à 43 % et Norac a vendu sa participation de 25 %.
En mai 2020, la société mère a déposé une demande d’insolvabilité en Belgique et la division américaine a déposé le bilan. Le même mois, la société mère a signé un accord avec la société Aurify Brands, basée à New York, qui fournira un financement relais de 522 000 dollars pour poursuivre les opérations et pour finaliser l’acquisition de toutes les unités américaines pour 3 millions de dollars. Aurify Brands prévoyait la réouverture d’au moins 35 unités et la création de 1 000 emplois.