Pneumonie acquise dans la communauté – PAC

Indications des tests

Les tests de laboratoire sont indiqués chez les patients hospitalisés en raison d’une PAC sévère et chez les patients présentant un risque de pathogènes résistants aux médicaments.

Les tests de laboratoire

Diagnostic

Les tests de laboratoire ont un rôle limité dans le diagnostic des patients atteints de PAC. Le diagnostic est souvent basé sur les caractéristiques cliniques et/ou la radiographie pulmonaire. Les tests actuels ne peuvent pas confirmer rapidement et précisément la présence d’agents pathogènes uniquement viraux lors de la présentation ; par conséquent, le traitement ne dépend pas des résultats des tests microbiologiques mais est généralement empirique pour couvrir la possibilité d’une co-infection ou d’une infection bactérienne potentielle. Cependant, les tests de laboratoire sont recommandés pour des populations spécifiques de patients atteints de PAC, comme ceux qui présentent une PAC sévère ou des facteurs de risque d’infection à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) ou à Pseudomonas aeruginosa, pour lesquels les résultats auront un impact sur le traitement.

The following table summarizes circumstances in which specific tests are indicated; refer to sections below for additional information.

Test Methods and Circumstances for Their Use in CAP

Testing Method	Circumstances for Testing (Adults)	Circumstances for Testing (Childrena)
Blood culture	Severe CAP Current empiric treatment for MRSA or P. aeruginosa infection Positive nasal screening result for MRSA Hospitalization and parenteral antibiotics within previous 3 mosb	Failure to improve clinically or clinical decline after start of antibiotic treatment Hospitalized with moderate, severe, or complicated CAP S. aureus-caused bacteremia (repeat blood cultures to confirm bacteremia has resolved)
Sputum gram stain and culture	Severe CAP Intubation (note: endotracheal aspirates are preferred to sputum in patients being intubated) Current empiric treatment for (or history of) MRSA or P. aeruginosa infection Hospitalization and parenteral antibiotics within previous 3 mosb Positive nasal screening result for MRSA	Hospitalized with CAP (if able to provide a sputum sample)
Gram stain and culture of lower respiratory tract specimens (eg, endotracheal aspirates)	Severe CAP with intubation For Legionella spp. (culture): severe CAP, unless PCR is being performed	Intubation
Gram stain and culture of pleural fluid	If pleural fluid specimen is collected	If pleural fluid specimen is collected
Urinary antigen tests	For Streptococcus pneumoniae: severe CAP For Legionella spp.: severe CAP or epidemiologic factors that increase risk of Legionella infection	Not recommended for diagnosis of pneumococcal pneumonia in children because results are often false positive
PCR for influenza	Any case of CAP in an adult during seasons of increased influenza activity	Any case of CAP in a child
PCR for other respiratory viruses	—	Any case of CAP in a child
PCR for other pathogens (eg, Mycoplasma pneumoniae, Legionella spp., Chlamydophila pneumoniae)	Consider to help guide antimicrobial therapy when clinically indicated	M. pneumoniae testing: consider to help guide antimicrobial therapy when clinically indicated
Nasal PCR for MRSA	MRSA risk factors (severe CAP, history of MRSA or P. aeruginosa infection, previous hospitalization and treatment with parenteral antibiotics)	—
NGS	Not currently recommended by guidelines but holds promise	Not currently recommended by guidelines but holds promise
aThese recommendations apply to infants and children >3 months of age. bThis recommendation applies even if the antibiotics were administered outside of the hospital setting. NGS, next generation sequencing Sources: Metlay, 2019 ; Bradley, 2011 ; Hill, 2019

Hémoculture

L’apport diagnostique des hémocultures est limité pour la plupart des patients atteints de PAC. L’Infectious Diseases Society of America (IDSA) et l’American Thoracic Society (ATS) déconseillent l’utilisation systématique des hémocultures chez les patients adultes en consultation externe et les patients hospitalisés atteints de PAC, sauf dans les circonstances indiquées dans le tableau ci-dessus. Dans ces cas, les résultats des hémocultures peuvent influencer l’ajustement ou la désescalade du traitement.

Les hémocultures (ainsi que les cultures d’expectoration) sont recommandées chez les patients adultes ayant des résultats positifs au dépistage nasal du SARM. (Voir Tests de réaction en chaîne par polymérase ci-dessous.)

L’IDSA et la Pediatric Infectious Diseases Society (PIDS) recommandent les hémocultures chez les patients pédiatriques (nourrissons et enfants de plus de 3 mois) dans les circonstances décrites dans le tableau ci-dessus.

La coloration de Gram et la culture de l’expectoration

L’évaluation de l’expectoration s’est avérée d’une utilité limitée pour détecter les organismes responsables de la PAC. Un échantillon d’expectoration valide peut être difficile à obtenir, et la performance du test varie selon l’organisme et si des antibiotiques ont été administrés. Bien que l’IDSA et l’ATS découragent l’utilisation systématique de la coloration de Gram et de la culture de l’expectoration chez les patients adultes externes atteints de PAC, ce test est recommandé avant le traitement dans les circonstances décrites dans le tableau ci-dessus. Les résultats de la coloration de Gram et de la culture de l’expectoration peuvent influencer l’ajustement ou la désescalade du traitement dans ces circonstances.

Les cultures d’expectoration (ainsi que les hémocultures) sont également recommandées chez les patients adultes ayant des résultats positifs au dépistage nasal du SARM. (Voir Tests de réaction en chaîne par polymérase ci-dessous.)

L’IDSA et le PIDS recommandent une coloration de Gram et une culture de l’expectoration chez les patients pédiatriques (âgés de plus de 3 mois) hospitalisés pour une PAC et qui peuvent fournir un échantillon d’expectoration.

La coloration de Gram et la culture des spécimens des voies respiratoires inférieures

Chez tous les patients atteints de PAC qui doivent être intubés, la coloration de Gram et la culture des spécimens des voies respiratoires inférieures, tels que les aspirations endotrachéales, doivent être réalisées peu après l’intubation. La probabilité d’une pneumonie associée au SARM ou à P. aeruginosa est plus élevée chez ces patients, et les aspirations endotrachéales démontrent un meilleur rendement microbiologique que les cultures d’expectoration.

La culture des échantillons des voies respiratoires inférieures pour la recherche de Legionella est recommandée chez les patients atteints de PAC sévère, à moins qu’un test PCR pour Legionella ne soit effectué.

Tache de Gram et culture du liquide pleural

Pour les patients pédiatriques de plus de 3 mois atteints de PAC, l’IDSA et les PID recommandent une coloration de Gram et une culture de tout échantillon de liquide pleural obtenu. Les spécimens de liquide pleural peuvent également être testés par PCR. (Se reporter aux tests de réaction en chaîne par polymérase ci-dessous.)

Tests d’antigènes urinaires

Les tests d’antigènes urinaires peuvent être utilisés comme méthode alternative pour identifier les espèces de Legionella et S. pneumoniae. Cependant, la recherche d’antigènes urinaires pour S. pneumoniae n’est pas recommandée en routine chez les patients atteints de PAC, sauf en cas de PAC sévère.

L’utilisation de ce test pour Legionella spp. n’est recommandée que chez les personnes atteintes d’une PAC sévère ou présentant des facteurs épidémiologiques qui augmentent le risque d’infection par Legionella (par exemple, un voyage récent ou une exposition potentielle pendant une épidémie de Legionella). La recherche d’antigènes urinaires de Legionella doit être effectuée conjointement avec une culture ou un test PCR (test d’amplification des acides nucléiques ) des sécrétions des voies respiratoires inférieures pour Legionella chez les patients atteints de PAC sévère.

La recherche d’antigènes urinaires n’est pas recommandée pour le diagnostic de la pneumonie à pneumocoques chez les patients pédiatriques (plus de 3 mois) car les résultats sont souvent faussement positifs.

Tests des marqueurs inflammatoires

Les étiologies bactériennes ont été associées à des concentrations sériques de procalcitonine plus élevées, mais un niveau de coupure permettant de distinguer une maladie virale d’une maladie bactérienne n’a pas été établi. Par conséquent, l’IDSA et l’ATS ne recommandent pas l’utilisation des taux de procalcitonine pour déterminer s’il faut initier un traitement antibiotique. De plus, les concentrations sérielles de procalcitonine ne sont généralement pas recommandées pour déterminer la durée du traitement ; les taux de procalcitonine peuvent ne pas être augmentés chez les patients atteints de coinfection bactérienne/virale ou en cas de pneumonie causée par Legionella ou Mycoplasma spp.

Les taux de protéine C-réactive (CRP) peuvent être utiles pour confirmer ou infirmer le diagnostic de PAC. Des taux de CRP >30 mg/L, en conjonction avec des signes cliniques et des symptômes associés à la pneumonie, soutiennent un diagnostic de PAC. Chez les patients présentant une toux aiguë qui dure <3 semaines, les taux de CRP <10 mg/L, ou entre 10 et 50 mg/L en l’absence de fièvre ou de dyspnée, ne soutiennent pas un diagnostic de PAC.

L’IDSA et les PID ne recommandent pas l’utilisation de tests de marqueurs inflammatoires pour les patients pédiatriques ambulatoires atteints de PAC, mais suggèrent que dans les cas de maladie grave, ces tests peuvent être utiles pour aider à la gestion clinique et pour évaluer la réponse au traitement.

Tests de réaction en chaîne par polymérase

Une PCR rapide de la grippe est recommandée chez les patients adultes atteints de PAC pendant les saisons d’activité grippale accrue, mais n’est pas essentielle lorsque peu de cas de grippe sont signalés. Des tests pour la grippe et d’autres virus respiratoires sont recommandés chez les patients pédiatriques atteints de PAC. Reportez-vous au sujet ARUP Consult Influenza pour obtenir des conseils sur les tests recommandés.

Les tests PCR pour les agents pathogènes tels que M. pneumoniae, Legionella spp. et C. pneumoniae peuvent être envisagés pour aider à guider le traitement empirique lorsqu’il est cliniquement indiqué (par exemple, chez les patients atteints de PAC sévère, il est recommandé de réaliser soit une culture des échantillons des voies respiratoires inférieures, soit une PCR pour Legionella). Les types d’échantillons acceptables pour ces tests comprennent le lavage bronchoalvéolaire (LBA), les brossages bronchiques, l’écouvillonnage nasopharyngé, les expectorations, les aspirats trachéaux ou le liquide pleural.

L’écouvillonnage nasal pour le SARM

La PCR nasale offre une spécificité et une valeur prédictive négative (VPN) élevées pour la pneumonie à SARM. En l’absence de colonisation nasale, la pneumonie à SARM est peu probable. La couverture de la pneumonie à SARM peut souvent être suspendue lorsque les résultats de l’écouvillonnage nasal sont négatifs, en particulier lorsque la PAC n’est pas grave. La culture nasale pour le SARM est associée à la même spécificité et VPN élevées et peut être moins coûteuse que la PCR, mais la PCR donne des résultats plus rapidement.

La valeur prédictive positive (VPP) est faible pour les tests sur écouvillon nasal. Si les résultats sont positifs, le patient doit commencer un traitement contre la pneumonie à SARM, mais les résultats de l’écouvillon nasal doivent être confirmés par des cultures de sang et d’expectoration. Si les cultures de sang et d’expectoration sont négatives, le traitement contre le SARM peut généralement être interrompu ou, chez les patients gravement malades, être désescaladé.

Le dépistage nasal du SARM n’est pas recommandé chez les patients ayant subi une décolonisation nasale récente ou une infection au SARM survenue dans les 30 jours précédant l’admission à l’hôpital.

Séquençage de nouvelle génération

Le SNG est une technologie émergente prometteuse pour identifier les agents pathogènes sans nécessiter une connaissance préalable de ceux susceptibles d’être impliqués.

Autres tests

Bien que le CAP soit souvent diagnostiqué sans imagerie, la détection d’un infiltrat sur une radiographie pulmonaire peut être bénéfique pour confirmer le diagnostic.

Stratégie du risque

Les calculateurs de stratification du risque sont souvent utilisés pour évaluer la gravité de la maladie chez les patients atteints de PAC et prendre des décisions sur le traitement en milieu hospitalier ou en ambulatoire. L’IDSA et l’ATS recommandent l’utilisation de l’indice de gravité de la pneumonie (PSI), qui évalue les patients en fonction de 20 facteurs de risque. Les tests de laboratoire nécessaires à l’évaluation du PSI comprennent le pH artériel, l’azote uréique du sang (BUN), le sodium, le glucose et l’hématocrite, en combinaison avec d’autres résultats cliniques et radiographiques.

L’évaluation du patient basée sur les critères majeurs et mineurs de l’IDSA/ATS définis en 2007, plutôt que sur le PSI ou d’autres calculateurs, est recommandée pour déterminer l’admission en unité de soins intensifs (USI). Les paramètres de laboratoire inclus parmi les critères sont le taux d’azote uréique sanguin, la numération des globules blancs (WBC) et la numération plaquettaire. Les critères complets sont décrits dans la directive 2019 de l’IDSA/ATS sur les PAC.

Surveillance

La procalcitonine et la CRP peuvent être utilisées dans les cas plus graves de PAC chez les patients pédiatriques, conjointement avec les résultats cliniques, pour évaluer la réponse au traitement. L’IDSA et l’ATS recommandent d’utiliser une évaluation de la stabilité clinique, y compris des facteurs tels que les signes vitaux, la capacité à s’alimenter et une mentation normale, plutôt que des mesures sérielles de la procalcitonine, pour guider la durée du traitement.

Les tests visant à déterminer les taux d’antibiotiques dans le sérum peuvent également être utilisés pour aider à optimiser les concentrations et la posologie des antibiotiques (se référer au sujet Surveillance thérapeutique des médicaments d’ARUP Consult pour les détails des tests).