Le 1er octobre 1960, le Nigeria a obtenu son indépendance de la Grande-Bretagne. Un conseil exécutif entièrement nigérian était dirigé par un premier ministre, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. Le 16 novembre 1960, Nnamdi Azikiwe est devenu le premier gouverneur général d’une fédération composée de trois régions, le nord, l’est et l’ouest, avec Lagos comme capitale fédérale. Chacune de ces régions était dirigée par un premier ministre et un gouverneur en était le chef cérémonial. Le 1er octobre 1963, le Nigeria est devenu une République fédérale et a rompu les liens qui le liaient à la monarchie britannique, tout en restant membre du Commonwealth des Nations. Un amendement à la Constitution de l’indépendance de 1960 a remplacé le poste de gouverneur général par celui de président. Nnamdi Azikwe a prêté serment dans cette fonction le 1er octobre 1963. À l’époque, la fonction était essentiellement cérémoniale et les principales tâches du président portaient notamment sur l’accueil des dignitaires étrangers et l’ouverture du Parlement.
Lors d’un coup d’État manqué en janvier 1966, un groupe d’officiers de l’armée, dirigé par le major Chukwuma Nzeogwu, a renversé le gouvernement central et les gouvernements régionaux, tué le premier ministre, Abubakar Tafawa Balewa, et tenté de prendre le contrôle du gouvernement. Nzeogwu est contré, capturé et emprisonné par le général Johnson Aguiyi-Ironsi. Le général Aguiyi-Ironsi est nommé chef d’État militaire.
En juillet 1966, un groupe d’officiers de l’armée du Nord se révolte contre le gouvernement, tue le général Johnson Aguiyi-Ironsi et nomme le chef d’état-major de l’armée, le général Yakubu Gowon, à la tête du nouveau gouvernement militaire.
En 1975, le général Yakubu Gowon est déposé et le général Murtala Mohammed est à la tête du gouvernement militaire fédéral du Nigeria jusqu’à son assassinat en 1976. À sa mort, le chef d’état-major du quartier général suprême (équivalent d’un vice-président) Olusegun Obasanjo a assumé la fonction de chef d’État lors d’une réunion du Conseil militaire suprême, en conservant la chaîne de commandement établie par Murtala Muhammed. Le général Obasanjo est chargé de mener à bien la transition démocratique entamée par son prédécesseur, qui aboutit à une élection en août 1979.
En 1979, le Nigeria adopte une constitution présidentielle fédérale. La présidence est devenue un poste exécutif, avec des pouvoirs similaires à ceux de son homologue américain. Le pouvoir législatif était une Assemblée nationale bicamérale, comprenant un Sénat et une Chambre des représentants.
En octobre 1979, après plus de 13 ans de régime militaire, le Nigeria a retrouvé un régime démocratique. Le Parti national du Nigeria sort vainqueur de l’élection présidentielle et Alhaji Shehu Shagari devient le premier président démocratiquement élu.
Le 31 décembre 1983, les militaires renversent la deuxième République. Le général de division Muhammadu Buhari émerge comme président du Conseil militaire suprême (CMS), le nouveau chef d’État.
En août 1985, le gouvernement du général Buhari est renversé pacifiquement par le chef d’état-major de l’armée, le général de division Ibrahim Babangida. Babangida devient président et président du Conseil de décision des forces armées.
En août 1993, le général Babangida se retire et choisit un gouvernement intérimaire pour le remplacer. Ernest Shonekan est nommé président par intérim. Le général Sani Abacha s’empare du pouvoir de Shonekan en novembre 1993 et devient président et président du Conseil provisoire de gouvernement.
Le 8 juin 1998, le général Abacha meurt à la villa présidentielle dans la capitale nigériane, Abuja. Le major général Abdulsalami Abubakar devient le nouveau président et président du Conseil provisoire de gouvernement.
Le 29 mai 1999, le major général Abdulsalami Abubakar démissionne et l’ancien chef d’État militaire, Olusegun Obasanjo, devient le président civil. Obasanjo a effectué deux mandats.
En mai 2007, Alhaji Umaru Yar’Adua a prêté serment comme président de la République fédérale du Nigeria, le 13e chef d’État du Nigeria. Yar’Adua est décédé le 5 mai 2010 dans la villa présidentielle, à Abuja, au Nigeria.
Le 6 mai 2010, le vice-président Goodluck Jonathan a prêté serment comme président de la République fédérale du Nigeria et 14e chef d’État.
Le 29 mai 2015, Muhammadu Buhari a prêté serment comme président de la République fédérale du Nigeria et 15e chef d’État après avoir remporté les élections générales.