Les sites de combinaison des anticorps possèdent-ils des propriétés générales qui leur permettent de lier différents antigènes avec des affinités variables et de lier de nouveaux antigènes ? Ici, nous abordons cette question en examinant les caractéristiques physiques et chimiques les plus favorables aux résidus impliqués dans l’accommodation et la liaison des antigènes. Les acides aminés amphipathiques pourraient facilement tolérer le changement d’environnement d’hydrophile à hydrophobe qui se produit lors de la formation du complexe anticorps-antigène. Les résidus qui sont grands et peuvent participer à une grande variété d’interactions électrostatiques et de van der Waals permettraient de se lier à toute une gamme d’antigènes. Les acides aminés avec des chaînes latérales flexibles pourraient générer une région structurellement plastique, c’est-à-dire un site de liaison capable de se mouler autour de l’antigène pour améliorer la complémentarité des surfaces d’interaction. Ainsi, les anticorps pourraient se lier à un ensemble de nouveaux antigènes en utilisant un ensemble limité de résidus entrecoupés de résidus plus uniques auxquels une plus grande spécificité de liaison peut être attribuée. Une molécule d’anticorps individuelle peut donc avoir une réactivité croisée et la capacité de se lier à des ligands structurellement similaires. La prise en compte des variations de la structure antigénique par une modeste flexibilité du site de combinaison pourrait apporter une contribution importante à la défense immunitaire en permettant la liaison des anticorps à des agents pathogènes distincts mais étroitement apparentés. Tyr et Trp remplissent le plus facilement ces exigences physico-chimiques catholiques et devraient donc être communs dans les sites de combinaison sur des bases théoriques. Le soutien expérimental de cette hypothèse provient de trois sources : (1) la fréquence élevée de la participation de ces acides aminés à la liaison de l’antigène observée dans six complexes anticorps-antigène déterminés par cristallographie, (2) leur présence fréquente dans les régions de liaison putative des anticorps telles que déterminées à partir des données structurelles et de séquence et (3) le potentiel de déplacement de leurs chaînes latérales dans des sites de liaison d’anticorps connus et des systèmes modèles. Les six antigènes liés comprennent deux petits haptènes différents, des régions non chevauchantes de la même grande protéine et un peptide de 19 résidus d’acides aminés. Sur un total de 85 positions de la région déterminant la complémentarité, seuls 37 emplacements (plus 3 cadres) sont directement impliqués dans l’interaction avec l’antigène. Parmi ceux-ci, le résidu 91 de la chaîne légère est utilisé par tous les complexes examinés, tandis que la chaîne légère 32, la chaîne légère 96 et la chaîne lourde 33 sont utilisées par cinq des six complexes. Les sites de liaison dans les complexes anticorps-antigène connus ainsi que les sites de combinaison postulés dans les fragments Fab libres présentent des caractéristiques similaires en ce qui concerne les types d’acides aminés présents. Le rôle possible d’autres acides aminés est également évalué.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)