Kétségtelen, hogy Hobson Russellt csak ideiglenes fővárosnak tekintette. 1840. április 18-án Mathew-t második útjára küldte délre; a fő földmérőt megbízta, hogy vizsgálja meg Whangarei, Mahurangi és Waitematā kikötőit, és fordítson különös figyelmet a Waitematā déli partján fekvő helyre. Mathew két hónapig vizsgálta a különböző helyszíneket, és elutasította Whangareit és Mahurangit, de elutasította a Hobson által favorizált helyszínt is, amely később Hobsonville néven vált ismertté. Az ő szavai szerint “teljesen alkalmatlan volt a fő település helyéül, és egyáltalán nem volt alkalmas településre”. Mathew a Panmure-medencét ajánlotta a településnek, amelynek számos előnye volt, de elismerte, hogy a kikötőből való megközelítés nehézkes.
Mihelyt Hobson visszanyerte némi egészségét, délre ment, hogy ellenőrizze Mathew ajánlásait. Július 6-án meglátogatta Panmure-t, és a nehéz vízi megközelíthetőség miatt azonnal elvetette. Hobson azt is elismerte, hogy az általa preferált helyszín nem volt praktikus. Miután a társaság megnézett egy naplementét, és lenyűgözte őket “a kikötőnél lejjebb lévő part szép látványa a késő délutáni aranyló fényben”, másnap ott szálltak partra. Egyetértettek abban, hogy a hely nagy ígéretet hordoz egy jövőbeli főváros számára; úgy vélik, hogy a Ponsonbyben lévő Shelly Beachen kötöttek ki. A hónap végére megszületett a döntés, hogy a főváros a Waitematāra költözik.
1840. szeptember 13-án egy bárka elindult Russellből a Waitematāra. A fedélzeten hét kormánytisztviselő, néhány kabinos utas és számos gőzös utas tartózkodott. A Symonds parancsnoksága alatt álló csoportnak véglegesítenie kellett a leendő főváros kiválasztását, földet kellett vásárolnia a maoriktól, raktárakat és szállásépületeket kellett felhúznia, és helyet kellett találnia a kormányháznak. Szeptember 18-án kiválasztották a földet (mintegy 3000 hektárt vagy 1200 hektárt), és megállapodást írtak alá Āpihai Te Kawau-val és a Ngāti Whātua iwi-t képviselő másokkal. A Britomart-foknál felállítottak egy zászlórudat, és Őfelsége egészségére “hosszas és hangos éljenzéssel, elragadtatással ittak”. Sarah Mathews, a fő földmérő felesége naplójában feljegyezte, hogy a zászlórúdra az “Auckland” nevet írták fel, a földvásárlás dátumával együtt. Ez tekinthető a város nem hivatalos elnevezésének, mivel a nevet először Hobson vetette papírra az év november 10-én. George Eden, Auckland 1. grófja volt az Admiralitás első lordja. 1834-ben megbízást adott William Hobsonnak, hogy a Csörgőkígyón hajózzon Kelet-Indiába, ami véget vetett egy hatéves parancsnokság nélküli, fél fizetéssel töltött időszaknak. Bár a nevet hálából adományozták, a név minden bizonnyal általános tetszést aratott, mivel Lord Auckland 1840-ben volt hírneve csúcsán, miután 1835-ben India alkirályává nevezték ki. Viktória királynő jóváhagyása, hogy Auckland legyen a település neve, 1842. november 26-án jelent meg az Új-Zélandi Közlönyben.
A munka jól haladt Aucklandben. Hobson 1840. október 17-én látogatott először Aucklandbe, hogy ellenőrizze az előrehaladást, és döntsön a Government House helyéről. Visszatért az Öböl-szigetekre, miután úgy döntött, hogy a következő évben Aucklandben fog letelepedni. A Government House egy Angliában épített és Új-Zélandra szállított, 250 tonna (250 hosszú tonna; 280 rövid tonna) súlyú készlet volt. A ház 16 szobával rendelkezett, 120 láb (37 m) hosszú, 50 láb (15 m) széles és 24 láb (7,3 m) magas volt. A Hobson és a Cook utca sarkán állt. A tisztviselőket és a kormány összes iratát 1841 januárjában költöztették át a Bay of Islandsről Aucklandbe. Hobson 1841. március 14-én költözött be új rezidenciájába, és beköltözésével a főváros a Bay of Islandsről Aucklandre költözött.
Az első új-zélandi legfelsőbb bíróság 1842-ben épült a Queen Street és a Victoria Street West sarkán. A bíróság elnöke Martin bíró volt.
1848. június 23-án, Sir George Grey kormányzói megbízatása idején leégett a kormányház. Senki sem sérült meg, de az épület totális veszteséget szenvedett. Ezután hosszú évekig béreltek egy alkormányzati rezidenciát (a Karangahape Roadon található Scoria House néven), mielőtt 1856-ban felépült az új Government House. Ennek az épületnek az építése része volt Auckland kampányának, hogy megtarthassa a kormány székhelyét, mivel már megkezdődött a vita a főváros délebbre költöztetéséről. Ez az épület 1969-ben hivatalosan az Aucklandi Egyetem része lett, ma Old Government House néven ismert, és az Új-Zélandi Történelmi Helyek Alapítvány 1983-ban I. kategóriás műemlékként vette nyilvántartásba.
A kormányzat kezdeti formája a kormányzó által kinevezett és neki felelős köztisztviselőkből álló végrehajtó tanács volt. Ez akkor változott meg, amikor megkapta az 1852-es új-zélandi alkotmánytörvényt, az Egyesült Királyság parlamentjének törvényét, amely Új-Zéland gyarmatának önkormányzatot biztosított. Ez lehetővé tette a kétkamarás közgyűlést (vagy parlamentet), amely a kormányzóból, egy kinevezett törvényhozó tanácsból és egy választott képviselőházból áll, a végrehajtó tanácsot pedig névlegesen a kormányzó nevezte ki. Ez lehetővé tette a tartományi kormányok létrehozását is, és kezdetben hat tartományt hoztak létre. Az első általános választásokat 1853-ban tartották, és a parlament Aucklandben ült össze első ülésszakára, amelyet 1854. május 27-én nyitottak meg. Június 3-án tárgyalták először a parlament székhelyének kérdését, Edward Gibbon Wakefield amellett érvelt, hogy a kormány székhelyét Wellingtonba kell áthelyezni. A parlamentbe és a parlamentből való utazás fáradságos volt, és a messzi délről érkező képviselőknek két hónapra volt szükségük, hogy eljussanak Aucklandbe. Kívánatos lett volna egy központibb helyszín, amit az aucklandi választókerületek képviselői nem támogattak. Az sem segített, hogy a közgyűlés épületét sietve építették fel, és nem volt több, mint egy burkolat, a képviselők pedig “fészerháznak” nevezték. A szél átfújta az épületet, az esőben beázott, és hiányoztak az olyan alapvető felszerelések, mint az illemhelyek. Az akkori város szélén épült, komfort nélküli épület volt.
Egy évtizeden át folytak a viták arról, hogy hol ülésezzen a Parlament. James FitzGerald, aki rövid ideig vezette az ország első minisztériumát, azt indítványozta, hogy a következő ülésszakot “a gyarmaton belül egy központibb helyen tartsák”. Előzetesen nem egyeztetett a többiekkel, és a déli képviselők közül sokan hiányoztak a szavazáskor, így a javaslatot 13-11 arányban elutasították. 1856-ban egy határozatot, amely szerint a következő ülésszakot Aucklandben kellene tartani, úgy módosítottak, hogy a helyszínt a “központibb helyen” kifejezéssel helyettesítették, de a kérdést a kormányzóra bízták. Csak néhány hónappal később egy olyan javaslatot, hogy a következő ülésszakot Nelsonban hívják össze, szűk körben elutasítottak. A kormányzó, Thomas Gore Browne azt javasolta, hogy érdemes lenne felváltva Wellingtonban és Aucklandben tartani az üléseket. Sok vita után úgy döntöttek, hogy a 3. parlament második ülésszakát Wellingtonban tartják, és a parlament 1862 júliusától szeptemberéig a Wellingtoni Tartományi Tanács épületében ülésezett. A Wellingtonba való költözést állandóvá tevő javaslatot egyetlen szavazattal elvesztették. A Wellingtoni Tartományi Tanács épülete 1858-ban épült, és stílusában pazar volt; az aucklandi “Shedifice” épületével való szöges ellentét része volt Wellington kampányának, amellyel a parlamenti képviselőket a fővárosnak a városukba való költöztetésére próbálta csábítani.
A főváros Wellingtonba költözése után a Parlament épületét végül az Aucklandi Egyetemhez helyezték át, és 1919-ben lebontották. A Government House maradt a kormányzó egyik székhelye, aki a mai napig felváltva tartózkodik Wellington és Auckland között. A régi Government House 1969-ig maradt ebben a használatban, amikor Sir Frank és Lady Mappin adományozta a jelenlegi Government House-t (Birchlands), amely Mount Edenben található. Az Old Government House-t azóta az Aucklandi Egyetem használja.