A francia megszállás és következményei (1798-1805)
Noha a 17. és 18. században több terv is született Egyiptom francia megszállására, az I. Napóleon vezetésével 1798 májusában Toulonból induló expedíció célja kifejezetten az Anglia elleni háborúhoz kapcsolódott. Napóleon elvetette az Anglia elleni invázió megvalósíthatóságát, de remélte, hogy Egyiptom elfoglalásával kárt okozhat a brit kereskedelemnek, fenyegetheti Indiát, és eszközöket szerezhet egy esetleges jövőbeli békeszerződésben való alkudozáshoz. Eközben Egyiptom a forradalmi Franciaország jóindulatú és progresszív igazgatása alatt álló gyarmatként újjászületett volna, és visszanyerte volna régi jólétét. A katonai és tengeri erőket ezért tudósokból és tudósokból álló bizottság kísérte, hogy vizsgálják meg és tegyenek jelentést az ország múltbeli és jelenlegi állapotáról.
A Horatio Nelson vezette brit földközi-tengeri flottával együtt a franciák július 1-jén partra szálltak az Abū Qīr (Aboukir) öbölben, és másnap bevették Alexandriát. Egy arab nyelvű kiáltványban Napóleon biztosította az egyiptomiakat, hogy az iszlám és az oszmán szultán barátjaként jött, hogy megbüntesse a bitorló mamlúkokat és felszabadítsa a népet. Alexandriából a franciák előrenyomultak Kairó felé, legyőzték Murād bejt Shubrākhītnál (július 13.), majd július 21-én a piramisoknál vívott csatában, a Kairóval szemben fekvő Imbābahnál ismét döntő vereséget szenvedtek. Murād Felső-Egyiptomba menekült, míg kollégája, Ibrāhīm bej az oszmán alkirállyal együtt Szíriába menekült.
Kairóba való bevonulása (július 25.) után Napóleon igyekezett kibékíteni a lakosságot, különösen a vallási vezetőket (ʿulamāʾ), az iszlám iránti rokonszenvének kinyilvánításával és tanácsok (dívánok) létrehozásával, hogy az egyiptomiak véleményét kikérjék. Az Abū Qīrnál lévő francia flotta Nelson általi megsemmisítése az augusztus 1-jei nílusi csatában gyakorlatilag elvágta Napóleon összeköttetéseit, és szükségessé tette számára, hogy megszilárdítsa uralmát és a lehető legnagyobb mértékben önellátóvá tegye a hadjáratot. Ebben az Institut d’Égypte-ben szervezett tudósok is kivették a részüket. Eközben az idegen uralom, a közigazgatási újítások és a katonai megszállás növekvő adóterhei miatti egyiptomi ellenérzés csak fokozódott, amikor az oszmán szultán, III. Szelim (1789-1807) szeptember 11-én hadat üzent Franciaországnak. Egy október 21-i váratlan kairói felkelést egy tüzérségi bombázást követően elfojtottak, amely véget vetett a szívélyes francia-egyiptomi együttélés reményének.
Az Aḥmad al-Jazzār, Akkon (ma ʿAkko, Izrael) kormányzója által uralt oszmán Szíria volt az a bázis, ahonnan a francia megszállás alatt álló Egyiptomot a legkönnyebben lehetett fenyegetni, és Napóleon elhatározta, hogy megtagadja ezt ellenségeitől. Inváziós hadereje 1799 februárjában átlépte a határt, de elhúzódó ostrom után (március 19-május 20.) nem tudta bevenni Akkot, és Napóleon kiürítette a szíriai területet. Egy tengeri oszmán inváziós erő júliusban partra szállt Abū Qīrnál, de nem tudta megtartani hídfőállását. Ekkor Napóleon elhatározta, hogy visszatér Franciaországba, és augusztus 22-én sikerült is kicsúsznia a brit flotta mellett.
A főhadvezér utódja, Jean-Baptiste Kléber pesszimistán látta az expedíciós haderő helyzetét, és sok katonához hasonlóan vissza akart térni az európai hadszíntérre. Ezért tárgyalásokat kezdett az oszmánokkal, és az al-ʿArīsh-i egyezményben (1800. január 24.) beleegyezett Egyiptom kiürítésébe. Sir Sydney Smith, a Földközi-tenger keleti medencéjének brit haditengerészeti parancsnoka támogatta az egyezményt, de ezzel túllépte hatáskörét, és felettese, Lord Keith admirális utasította, hogy követelje meg a franciáktól, hogy hadifogolyként adják meg magukat. Bár az oszmán visszafoglalás már javában zajlott, Kléber és a franciák elszánták magukat az ellenállásra, és a heliopolisi csatában (március 20.) legyőzték a török erőket. Az oszmán szökevények által szított második kairói felkelés leverése körülbelül egy hónapig tartott; a francia hatalom azonban már helyreállt, amikor Klébert június 14-én egy szíriai muszlim, Sulaymān al-Ḥalabī meggyilkolta.
Az utódja, ʿAbd Allāh Jacques Menou, egy muszlim hitre tért francia tiszt (és korábbi nemes) eltökélten fenntartotta a megszállást, és eleinte egy tűrhetően rendezett országot igazgatott, bár nem rendelkezett két elődje tekintélyével. 1801-ben háromszoros invázió kezdődött Egyiptomban. Márciusban brit csapatok szálltak partra Abū Qīrban, miközben az oszmánok Szíria felől nyomultak előre. Nem sokkal később brit-indiai erőket szálltak partra Quṣayrban, a Vörös-tenger partján. A kairói francia helyőrség júniusban kapitulált, maga Menou pedig szeptemberben Alexandriában.
A francia megszállás rövid epizódja több szempontból is jelentős volt Egyiptom számára. Egy európai hadsereg érkezése, amelyet tudósok és tudósok kísértek, megfelelő módon nyitotta meg a Nyugat hatását, amely a későbbiekben egyre inkább érezhetővé vált. A mamlúk és az oszmán szultánság által évszázadokon át elszigetelt Egyiptom többé már nem volt mentes az európai befolyástól; Franciaország és Nagy-Britannia egymással versengő politikájának tárgyává, a keleti kérdés részévé vált. Napóleon tudósainak nem sok sikerük volt abban, hogy a nyugati kultúrát tolmácsolják a tradicionalista kairói ʿulamāʾ számára; eredményük inkább az volt, hogy Egyiptomot felfedték Európa előtt. Ők fedezték fel a híres Rosetta-követ, amely egy háromnyelvű feliratot tartalmazott, amely lehetővé tette a hieroglifák megfejtését, és amely így megalapozta a modern egyiptológiát. Jelentéseiket és monográfiáikat a monumentális Description de l’Égypte (“Egyiptom leírása”) című műben gyűjtötték össze, amely részenként 1809 és 1828 között jelent meg Párizsban.
Egyiptom számára közvetlenebb következményekkel járt a francia megszállás belpolitikai hatása. A mamlúk uralom végzetesen meggyengült. Murād Bey, aki békét kötött a franciákkal, nem sokkal a kapitulációjuk előtt, 1801-ben meghalt, és Ibrāhīm Bey, aki az oszmánokkal együtt visszatért Egyiptomba, ezentúl kevés hatalommal rendelkezett. Az új mamlúk vezetők, ʿUthmān Bey al-Bardīsī (meghalt 1806-ban) és Muḥammad Bey al-Alfī (meghalt 1807-ben), Murād egykori csatlósai, rivális frakciók élén álltak, és mindenképpen számolniuk kellett a brit és oszmán megszálló erőkkel. A brit csapatokat 1803 márciusában az amiens-i békeszerződésnek (1802. március 27.) megfelelően evakuálták. Az oszmánok azonban, akik elszántan vissza akarták szerezni az Egyiptom feletti uralmukat, maradtak, és egy alkirály és egy megszálló hadsereg segítségével megalapozták hatalmukat, amelynek leghatékonyabb harci ereje egy albán kontingens volt. Az albánok azonban önálló pártként léptek fel, 1803 májusában fellázadtak, és vezetőjüket megbízott alkirálynak nevezték ki. Amikor nem sokkal később meggyilkolták, az albánok parancsnoksága hadnagyára, Muḥammad ʿAlīra (uralkodott 1805-49) szállt, aki a következő két évben óvatosan megerősítette saját pozícióját mind a mamlúk, mind az oszmánok kárára.