Mindeközben, My’shell Lemair, magát hibáztatva Charlotte helyzetéért, úgy döntött, hogy régi Assassin-fiókok nyomai után nyomoz, aminek eredményeképpen rájött, hogy azokat titokban egy harmadik frakció használta. Berg is utánajárt a számláknak, és kihallgatta őt, mielőtt a Jasdip által vezetett Instrument sejt rajtaütött volna. Súlyosan megsebesülve My’shell elvitte Berget a londoni rejtekhelyre, ahol az Assassinok újra összeültek. Vonakodva az Assassin sejt és Berg úgy döntöttek, hogy egyesítik erőiket, hogy megállítsák az új frakciót, amely mindkét rendjükbe beszivárgott.
Charlotte elment, hogy újraélje Ignacio Cardona emlékeit, és felfedezte, hogy kapcsolatba került az egykori Fekete Keresztes Albert Boldennel. Miután Charlotte az Animus okozta fáradtság miatt nem tudta folytatni, Berg újraélte Albert Bolden emlékeit a leszármazottjától, André Boldentől származó DNS segítségével. Végül felfedezték, hogy az ereklye egy elhagyott spanyolországi templom romjai között volt eltemetve. Eközben a Hangszerek saját céljaik érdekében eltérítették Abstergo Phoenix Project laboratóriumát.
Az Assassins és Berg Spanyolországba indultak, ahol Arend és Kiyoshi a kezdeti ellenállásba ütközött a helyszín két idősebb védelmezőjével, akiket Cardona és Bolden jelölt ki, mielőtt Jasdip Dhami műszeres csapata elfogta őket. Ahogy Charlotte felfedezte a Koh-i-Noor-t, akaratlanul aktiválta az ereklyét, és fényrobbanást hozott létre. Dhaminak sikerült megfékeznie Charlotte-ot a fényrobbanás közepette, majd egy aknavetőcsapást követően elmenekült az ereklyével. Nem sokkal később az Assassins londoni menedékházát megtámadták a Hangszerek, bár My’shellnek sikerült elmenekülnie Guernicával, bár végül súlyosan megsebesülve hagyta hátra.
Mindeközben, a Hangszerek arra kényszerítették az Abstergo Főnix Projekt vezetőjét, Álvaro Gramáticát, hogy egy új testet készítsen Juno számára az Éden Lepel és Desmond bölcs fiától, Elijah-tól vett DNS segítségével egy laboratóriumban valahol Ausztráliában. Amikor Juno új teste elkészült és újjászületett, az Assassinok és Berg megrohamozták a létesítményt, míg Elijah fellázadt az Instrument fogvatartói ellen. Az Assassinok sok Instrumentumot megöltek, köztük Dhami-t is, míg Galina lemászott Gramática laborjába.
Amint Galina és Elijah is elérte a labort, Elijah ellopta a Koh-i-Noor-t, és Galina mellett megérintette azt, és annak erejével védekezett az Instrumentumok ellen. Galina ezután arra használta, hogy létrehozza a Consus illúzióját, hogy elterelje Juno figyelmét, míg ezután megölte az Isu-t a Rejtett Pengével. Bár Charlotte még mindig bent volt, Berg egy nagy pusztító erejű gránátot robbantott fel a létesítményben, miután ő, Galina, Arend és Kiyoshi elmenekült, és az Assassinok tiltakozása ellenére megölte őt. Elijah azonban elmenekült a Koh-i-Noorral.
Keresd Hermész Triszmegisztosz botját
2017 október végén, William Miles megmentett egy Layla Hassan nevű szélhámos Abstergo ügynököt, akit Simon Hathaway azzal bízott meg, hogy hozza vissza a Siwai Bayek, a Rejtőzködők alapítójának szarkofágját az egyiptomi Qattara mélységben. Miután úgy döntött, hogy ahelyett, hogy a szarkofágot az Abstergo-hoz vinné, inkább egyedül kutatja fel Bayek emlékeit a hordozható Animusával, a vállalat sikertelenül küldött ügynököket a megölésére. William végül megtalálta őt, és felajánlotta neki, hogy dolgozzon az Assassins Animus projektjén, amit Layla vonakodva elfogadott.
A következő év során Layla vonakodása a Testvériséghez való csatlakozással szemben alábbhagyott, és az Assassins megbecsült tagjává vált, sőt a saját sejtjének vezetését is átvette. 2018 végén Layla olyan bizonyítékot talált, amely a törött Leonidász Lándzsájának hollétére utalt, és összegyűjtött egy csapatot, amely egykori Abstergo munkatársából, Victoria Bibeau-ból, Kiyoshi Takakurából és Alannah Ryanből állt, hogy visszaszerezzék azt. A lelet DNS-mintáját felhasználva tovább kutatta Kassandra genetikai emlékeit az Animusban egy londoni védett házban, remélve, hogy nyomokat talál, amelyek Hermész Triszmegisztosz botjához vezetnek.
Elvégre, Kassandra emlékein keresztül a sejt felfedezte az elsüllyedt Atlantisz városának helyét, és azt, hogyan lehet újra aktiválni az Elveszett Város Kapuját, amely annak bejárataként szolgált. Miután ezt megtette, Layla találkozott Kassandrával, aki a Bot erejének köszönhetően több mint két évezredet élt. Ezután átadta az ereklyét Laylának, és ráruházta a felelősséget, hogy visszahozza a rend és a káosz közötti egyensúlyt a világba. Mielőtt átadta volna a Botot, Kassandra megígértette Laylával, hogy céljai elérése után elpusztítja az Éden összes darabját, mielőtt Kassandra halhatatlansága elhalványul és meghal.
Layla úgy döntött, hogy tovább kutatja Kassandra emlékeit, amin keresztül közvetlenül kapcsolatba lépett az Isu Aletheia-val, akitől megtudta, hogy Laylát az “Emlékek örökösének” szánták, és meg kellett tanulnia, hogyan kell használni a Botot és harcolni annak romlása ellen. Az Animusban szerzett tapasztalatai révén Layla rájött, hogyan juthat tovább az Átjáróba. Miután odaért, csatlakozott hozzá Victoria, és végül Abstergo Sigma csapata fedezte fel őket, akiket Layla gyorsan likvidált.
Kassandra emlékein keresztül Layla megtapasztalta az Isu civilizáció számos szimulációját, amelyeket Aletheia hozott létre azzal a céllal, hogy megtanulja, hogyan sajátítsa el a Bot erejét. Ezen Animus ülések során Victoria könyörgött Laylának, hogy hagyja abba, hogy megakadályozza a Vérző Hatás eluralkodását. Egy, a Bot által kiváltott dühkitörés pillanatában Layla véletlenül megölte a barátnőjét. Folytatta a szimulációk felfedezését, és végül megtanult mindent, amit Aletheia tanítani tudott. Ekkor Layla szembekerült Otso Berggel, aki megnyomorodott, amikor ők ketten összeverekedtek. Layla ekkor hívta az Altaïr II-t, hogy vegye fel.”
Új műveletek
2019-ben Gavin Banks és My’shell Lemair felfedezték, hogy az Abstergo egy új digitális programot tervez kiadni Project Lighthouse néven, amellyel befolyásolni tudják a sötét hálót, így ellenőrizni tudják az illegális gyakorlatokat, például a fegyverkereskedelmet és a kereskedelem más formáit. A program megállításának reményében felfedezték, hogy a program üzembiztos kódja egy 1696-os nagy pénzverésből származó hamisított érméhez kötődik, amely az orgyilkos Omar Khaled birtokába került. Gavin felkutatta Khaled leszármazottját, Aliyah Khant Londonban, és rábeszélte, hogy segítsen az orgyilkosoknak, cserébe finanszírozza a tanulmányait azzal a pénzzel, amit Aliyah korábbi üzlettársa, Jarrod Eubanks lopott el tőle.
Aliyah felfedezte Omar emlékeit az Animusban, Gavin és My’shell pedig lassan felfedte neki az Abstergóval és a terveikkel kapcsolatos részleteket. Végül kénytelenek voltak megállni és elmenekülni, miután templomosokat észleltek a közelükben. Az Animust hátrahagyva elkerülték a templomosokat, és a londoni állatkertbe költöztek. Hogy hozzáférjenek egy másik Animushoz, úgy döntenek, hogy takarítónak álcázzák magukat, és beszivárognak az ExploreDNA, az Abstergo egyik leányvállalatának londoni irodájába, amely az emberek DNS-ét vizsgálja. Egy VR Animus segítségével Aliyah folytatta őse emlékeinek feltárását, mígnem felfedezte az őse hamisított kulcsára írt feliratot: “Je maintaindrai”.
My’shell eközben felfedezte, hogy Eubanks pénzét személyesen az Abstergo Financial vezérigazgatója, Agneta Reider kezelte, és hogy Aliyah apja, Fahad Khan, akiről azt hitte, hogy már tíz éve halott, az ő alkalmazottja volt. Fahad Khan megrohamozta az ExploreDNA épületét, és sikerült elfognia Gavint. A Shaun Hastingsen alapuló ExploreDNA AI segítségével megtalálták Agneta Reidert, és ellopták az óráját, amelyet Gavin tartózkodási helyére cseréltek a cambridge-i Newton Analyticánál. Az ezt követő összecsapás során Aliyah kénytelen volt megölni az apját egy Rejtett pengével. Gavin meghívta őt a Testvériségbe, bár kezdetben visszautasította. Miután meghallotta a hírt, hogy Jarrod Eubankset letartóztatták egy szélhámos csoport akciói alapján, amely azt ígérte, hogy más hozzá hasonló tolvajokat buktat le, elfogadta a meghívást, és csatlakozott az Assassinshez.
Az évben, Kiyoshi Takakurának elküldtek egy projektet, amelyet Abstergo Yokohamában folytatott egy Animus alany bevonásával – aki az Assassinok tudta nélkül Lisa Yang volt, Shao Jun leszármazottja. Az Abstergo klinikáján kívül Kiyoshi kihallgatott egy beszélgetést az Abstergo egyik orvosa és a lány között. Később tájékoztatta egy Assassin társát, hogy attól tart, a lányt halálos veszély fenyegeti az Animus túlterhelése miatt, és hogy nem biztos benne, hogy kinek az emlékeit éltetik újra az Animusban.