Amikor a Dartmouthon végzett, Just ugyanazokkal a problémákkal szembesült, mint a korabeli fekete főiskolások: nem számított, mennyire voltak zseniálisak vagy milyen magasak voltak a jegyeik, a feketék számára szinte lehetetlen volt, hogy a fehér főiskolák vagy egyetemek tanárai legyenek. Just a számára elérhető legjobb választásnak tűnő megoldást választotta, és elvállalt egy tanári állást a washingtoni, történelmileg fekete Howard Egyetemen. 1907-ben Just először retorikát és angolt kezdett tanítani, olyan területeket, amelyek kissé távol álltak a szakterületétől. 1909-re azonban már nemcsak angolt, hanem biológiát is tanított. 1910-ben a Howard elnöke, Wilbur P. Thirkield megbízta az újonnan létrehozott biológia tanszék vezetésével, 1912-ben pedig az új zoológiai tanszék vezetője lett, és ezt a pozíciót 1941-ben bekövetkezett haláláig töltötte be. Nem sokkal Howard-i kinevezése után Just bemutatkozott Frank R. Lillie-nek, a Chicagói Egyetem zoológiai tanszékének vezetőjének. Lillie, aki egyben a massachusettsi Woods Hole-ban található Tengerbiológiai Laboratórium (MBL) igazgatója is volt, meghívta Justot, hogy 1909 nyarát az MBL-ben töltse kutatóasszisztensként. Ez idő alatt és később Just kísérletei főként a tengeri gerinctelenek ikráira összpontosítottak. Olyan fajok megtermékenyítési reakcióját és szaporodási szokásait vizsgálta, mint a Platynereis megalops, a Nereis limbata és az Arbacia punctulata. A következő mintegy 20 évben Just egy kivételével minden nyarat az MBL-ben töltött.
Az MBL-ben töltött idő alatt Just megtanult ügyesen és értő módon bánni a tengeri gerinctelenek petéivel és embrióival, és hamarosan mind a fiatal, mind a vezető kutatók nagy igényt tartottak a szakértelmére. 1915-ben Just szabadságot vett ki a Howardról, hogy beiratkozhasson a Chicagói Egyetem felsőfokú tudományos programjára. Ugyanebben az évben Just, aki országos hírnévre tett szert, mint kiemelkedő fiatal tudós, lett a NAACP Spingarn-érmének első kitüntetettje, amelyet 1915. február 12-én kapott meg. Az éremmel tudományos eredményeit és “a fajának tett kiemelkedő szolgálatait” ismerték el. Doktori képzését az MBL-ben végzett kurzusokkal kezdte: 1909-ben és 1910-ben gerinctelen zoológiából, illetve embriológiából vett részt ott kurzusokon. A kurzusokat a Chicagói Egyetemen folytatta. A Howardon vállalt feladatai késleltették a tanfolyamok befejezését és a doktori fokozat megszerzését. Just azonban 1916 júniusában megkapta zoológiai diplomáját, a megtermékenyítés mechanikájáról írt szakdolgozatával. Just ezzel egyike lett azon kevés feketéknek, akik egy nagy egyetemen szereztek doktori fokozatot. Mire Chicagóban megkapta a doktori címet, már számos kutatási cikket publikált, mind önálló szerzőként, mind Lillie-vel társszerzőként. Woods Hole-i szolgálati ideje alatt Just a tanoncból nemzetközileg elismert tudóssá emelkedett. A gondos és aprólékos kísérletezőt “a kísérletek tervezésének zsenijeként” tartották számon. Többek között a következő területeket kutatta: kísérleti parthenogenezis, sejtosztódás, hidratáció, dehidratáció a sejtekben, UV-karcinogén sugárzás a sejtekre és a fejlődés fiziológiája.
Just azonban csalódott lett, mert nem tudott kinevezést kapni egy nagy amerikai egyetemen. Olyan állást szeretett volna, amely állandó jövedelmet biztosít, és lehetővé teszi, hogy több időt tölthessen a kutatásával. Just tudományos pályafutása folyamatos küzdelmet jelentett a kutatási lehetőségért, “élete leheletéért”. A faji hovatartozás arra ítélte, hogy a Howardhoz kötődjön, egy olyan intézményhez, amely nem adhatott teljes lehetőséget az olyan ambícióknak, mint amilyenek Justnak voltak. 1929-ben Just az olaszországi Nápolyba utazott, ahol az “Anton Dohrn” neves zoológiai állomáson végzett kísérleteket. Majd 1930-ban ő volt az első amerikai, akit meghívtak a németországi Berlin-Dahlemben található Kaiser Wilhelm Intézetbe, ahol számos Nobel-díjas kutató végzett kutatásokat. Az 1929-es első utazásától az 1938-as utolsó útjáig Just összesen tíz vagy annál is több alkalommal járt Európában, hogy kutatásokat folytasson. Ez idő alatt Just néhány más tudóssal közösen írt egy kutatási tanulmányt “Általános citológia” címmel, amelyet a tudósok hírességként kezeltek, és arra ösztönözték, hogy az ektoplazmáról szóló elméletét más fajokra is kiterjessze. Just szívesen dolgozott Európában, mert ott az Egyesült Államokhoz képest nem találkozott annyi diszkriminációval, és amikor mégis találkozott rasszizmussal, az mindig az amerikaiak részéről érkezett. 1933-tól kezdve, amikor a nácik kezdték átvenni az ország irányítását, Just abbahagyta a németországi munkáját. Később európai tanulmányait Párizsba és a francia Roscoff halászfaluban, az Angol-csatorna partján fekvő tengeri laboratóriumba helyezte át.
Just két könyvet írt: Basic Methods for Experiments on Eggs of Marine Animals (1939) és The Biology of the Cell Surface (1939), és legalább hetven tanulmányt publikált a citológia, a megtermékenyítés és a korai embrionális fejlődés területén. Felfedezte a poliszpermia gyors blokkjának nevezett jelenséget; tovább magyarázta a lassú blokkot, amelyet Fol fedezett fel az 1870-es években; és kimutatta, hogy a korai embrió sejtjeinek tapadási tulajdonságai a fejlődési stádiumtól kitűnően függő felületi jelenségek. Úgy vélte, hogy a laboratóriumi kísérletek során alkalmazott körülményeknek szorosan meg kell egyezniük a természetben uralkodó körülményekkel; ebben az értelemben korai ökológiai fejlődésbiológusnak tekinthető. A kísérleti parthenogenezissel kapcsolatos munkái alapozták meg Johannes Holtfreter “autoindukció” fogalmát, amely viszont nagymértékben befolyásolta a modern evolúciós és fejlődésbiológiát. A víz élő petesejtekbe történő be- és kilépésének vizsgálata (miközben a sejtek teljes fejlődési potenciálját fenntartja) betekintést nyújtott a sejtek belső szerkezetébe, amelyet ma már erőteljes biofizikai eszközökkel és számítási módszerekkel egyre jobban feltárnak. Ezek a kísérletek megelőlegezték az élő sejtek ma kifejlesztett, nem invazív képalkotását. Bár Just kísérleti munkája kimutatta a sejtfelszín és az alatta lévő réteg, az “ektoplazma” fontos szerepét a fejlődésben, azt sajnos nagyrészt figyelmen kívül hagyták. Ez még azokkal a tudósokkal szemben is így volt, akik munkájukban a sejtfelszínt hangsúlyozták. Különösen igaz volt ez az amerikaiakra; az európaiakkal valamivel jobban járt.