Az újjáépítés korai évei.
Amikor 1640 decemberében a politikában teljesen tapasztalatlan Frederick William követte apját a választófejedelemségben, egy feldúlt, idegen csapatok által megszállt országot vett át. Apja nagyhatalmú kegyence, Adam von Schwarzenberg gróf alatt Brandenburg a svédektől a Habsburgok oldalára állt át, és így mindkét oldalról belekeveredett a harcokba. A választó, aki 1643-ig nem Brandenburgban, tartománya szívében, hanem a távoli Porosz Hercegség fővárosában, Königsbergben (ma Kalinyingrád, Oroszország) tartózkodott, eleinte az óvatos semlegesség politikáját folytatta, hogy elkerülje a rivális hatalmak nyomását. A Habsburg császár szolgálatába állított brandenburgi csapatokat leszerelte, és fegyverszünetet kötött Svédországgal.
Hamarosan felismerte azonban, hogy hadsereg nélkül soha nem lehet úr a saját házában. A harmincéves háborút lezáró tárgyalások kezdetén, 1644-ben már megkezdte saját haderejének megszervezését. Bár hadserege kicsi volt, Brandenburg nem tudta fenntartani anélkül, hogy a nyugaton fekvő Klevei Hercegségtől és a Porosz Hercegségtől ne rekvirált volna pénzeszközöket. Brandenburg területeit, amelyeket csak a választó személyéhez való hűségük egyesített, most először vonták össze politikai céllal. Az állandó hadsereg volt az első intézmény, amelyet az egyre abszolutisztikusabbá váló brandenburgi uralkodók az egyes területek birtokainak kiváltságai ellen használtak. Soha nem oszlatták fel teljesen, és ez lett a 18. századi porosz hadsereg magja.
Ez a hadsereg nem volt elég nagy ahhoz, hogy Friderikusz Vilmos önálló külpolitikát folytathasson. Ráadásul 1646-ban kötött házassága az orániai Louise Henriette-tel nem hozta meg a várt holland támogatást. Mivel az 1648-as westfáliai békekongresszuson nem kapta meg a baráti nagyhatalmak támogatását, nem érte el célját, hogy megszerezze egész Pomerániát az Odera torkolatával és a fontos stettini (1945 óta Szczecin) kikötővel együtt. Meg kellett elégednie Kelet-Pomerániával, a szekularizált Minden és Halberstadt egyházmegyékkel, valamint a magdeburgi érsekség ígéretével, amelyek azonban mind fontos összekötő kapocsnak számítottak nyugatnémet birtokaihoz.
A hétéves békés újjáépítés után Frigyes Vilmos politikai és katonai képességeit az első északi háború (1655-60) kitörésével nehéz próbára tette. X. Károly Gusztáv svéd király Lengyelország lerohanásával igyekezett kiterjeszteni azt a hatalmat a Baltikumban, amelyet Svédország a vesztfáliai békében szerzett. Vilmos Frigyes porosz hercegként hűséggel tartozott a lengyel királynak, de amikor Svédország szövetséget ajánlott neki a kelet-porosz kikötők feletti ellenőrzésért cserébe, a választó a fegyveres semlegességet választotta. Amikor Károly Gusztáv gyorsan lerohanta Lengyelországot és előrenyomult Kelet-Poroszország ellen, Friderikusz Vilmos kénytelen volt a lengyel fennhatóságot svéd hűbériségre cserélni és fegyveres támogatást nyújtani Károly Gusztávnak. A háromnapos varsói csatában, 1656 júliusában a választófejedelem parancsnoksága alatt álló, még kipróbálatlan brandenburgi hadsereg kiállta a tűzpróbát. Hogy a választófejedelmet maga mellett tartsa, a svéd király teljes fennhatóságot biztosított neki a Porosz Hercegség felett. Ez nem akadályozta meg Frigyes Vilmost abban, hogy amikor Svédország katonai helyzete romlott, tárgyalásokat kezdjen Lengyelországgal, amely most már lemondott a Kelet-Poroszország feletti fennhatóságról. Új szövetségeseivel, Lengyelországgal és a Habsburg császárral a választó elűzte a svédeket Nyugat-Pomerániából. A francia beavatkozás azonban ismét arra kényszerítette Frigyes Vilmost, hogy feladja pomerániai hódításait. Az 1660-ban az olíviai szerződésben ratifikált lemondást a választó teljes szuverenitásának megerősítése ellensúlyozta a Porosz Hercegség fölött.
A választónak a céljai elérésének képessége nemcsak abból fakadt, hogy könnyedén váltott oldalt, hanem abból is, hogy sikeresen kényszerítette a tartományi birtokokat arra, hogy a diéták adóelőirányzataitól függetlenül támogassák az állandó hadsereget. Uralkodásának második felében teljesen kivonta az adózás és a pénzügyek ellenőrzését a tartományok kezéből, és ezzel megteremtette a későbbi porosz abszolutizmus hatalmas bürokráciájának alapjait, az állandó hadsereggel, a rögzített adókkal és a kizárólag az uralkodótól függő hivatalnoksággal.