Gombaölő szer, más néven gombaölő szer, minden olyan mérgező anyag, amelyet a gombák elpusztítására vagy növekedésének gátlására használnak. A gombaölő szereket általában olyan parazita gombák ellen használják, amelyek vagy gazdasági kárt okoznak a haszonnövényekben vagy dísznövényekben, vagy veszélyeztetik a háziállatok vagy az emberek egészségét. A legtöbb mezőgazdasági és kertészeti gombaölő szert permetezés vagy por formájában alkalmazzák. A vetőmaggombaölő szereket csírázás előtt védőrétegként alkalmazzák. A szisztémás fungicideket vagy kemoterápiás szereket a növényeken alkalmazzák, ahol a szövetekben eloszlanak, és a meglévő betegségek felszámolására vagy a lehetséges betegségek elleni védelemre szolgálnak. A humán- és állatgyógyászatban a gyógyszeres gombaölő szereket általában helyi gombaölő krémek formájában alkalmazzák, vagy szájon át szedhető gyógyszerek formájában adják.
A bordói keverék, egy hidratált mészből, réz-szulfátból és vízből álló folyadék volt az egyik legkorábbi gombaölő szer. A bordeaux-i keveréket és a hasonló összetételű burgundi keveréket ma is széles körben használják gyümölcsfák kezelésére. A rézvegyületeket és a ként külön-külön és kombinációban is alkalmazták a növényeken, és néhányat alkalmasnak tartanak a biogazdálkodásra. Egyéb szerves gombaölő szerek közé tartozik a neemolaj, a kertészeti olaj és a bikarbonátok. A szintetikus szerves vegyületeket gyakrabban használják, mert ezek sokféle gomba ellen nyújtanak védelmet és védekezést, és az alkalmazásuk speciális.
A kadmium-kloridot és a kadmium-szukcinátot a gyepfűbetegségek ellen használják. A higany(II)-kloridot vagy maró szublimátot néha mártásként használják a hagymák és gumók kezelésére; az emberre erősen mérgező. A strobilurin vegyületeket az ipari mezőgazdaságban különböző típusú lisztharmatok, penészgombák és rozsdák elpusztítására használják. A gombák elpusztítására alkalmanként használt egyéb anyagok közé tartozik a klórpikrin, a metil-bromid és a formaldehid, bár ezeknek a gombaölő szereknek a használata számos országban szabályozott vagy tiltott. Számos gombaölő anyag a természetben is előfordul a növényi szövetekben. A fakátrányból vagy kőszénkátrányból nyert kreozotot a fa száraz rothadásának megakadályozására használják.
A gombaölő szerek a patogén vagy parazita gombákat kritikus sejtfolyamataik megzavarásával pusztítják el. Például számos gombaölő szer specifikus enzimekhez kötődik, hogy megszakítsa a sejtlégzésben részt vevő metabolikus útvonalakat. A gyomirtószerekhez, rovarirtószerekhez és antibiotikumokhoz hasonlóan azonban a gombaölő szerek túlzott használata bizonyos gombafajoknál rezisztencia kialakulásához vezetett. A gombaölőszer-rezisztencia, amikor egy gombapopuláció csökkent érzékenységet mutat egy adott gombaölőszerrel szemben, gyorsan kialakulhat, mivel egyetlen gomba több millió spórát termelhet.