Látens fertőzés
Az érzékelő neuronok látens fertőzése a vírusnak a neuronális axonok végződéséhez való kötődését és az axonba való belépését jelenti, valószínűleg ugyanazok a belépési molekulák segítségével, mint a fent leírt lítikus fertőzés esetében. A kapszid az axon mentén retrográd transzporttal jut el a neuronális sejttestbe, ahol a vírusgenom a neuronális sejtmagba szabadul fel. A genom cirkularizálódik és lassan töltődik fel hisztonokkal, mivel a nyugvó neuronban kevés szabad hiszton van; ennek ellenére a lítikus génátírás korlátozott, mivel a VP16 nem lokalizálódik a neuronmagban, és legalább egy olyan gazdafehérje citoplazmatikusan lokalizálódik, amely a VP16-tal komplexet alkotva aktiválja az IE génexpressziót. A legfontosabb átíródó vírusgén a latencia-asszociált transzkriptumot (LAT) kódoló gén, amely egy hosszú (10 kb-nál nagyobb) nem kódoló RNS elsődleges transzkriptum. A LAT-ot splicinggel feldolgozzák, így egy stabil 2 kb körkörös intron és számos mikroRNS (miRNS) keletkezik. A LAT expressziója a fertőzött neuron túlélését segíti elő azáltal, hogy növeli a vírusgenom heterokromatinját, csökkenti a vírus lítikus gének expresszióját és gátolja az apoptózist. A LAT növeli a H3K9me3 (hiszton H3 lizin 3 maradék trimetilált) fakultatív heterokromatin marker szintjét, valószínűleg a Polycomb represszív komplex 2 hiszton-metiltranszferáz rekrutálásával. A fakultatív heterokromatin ideálisnak tűnik a látens HSV-kromatin számára, mivel elnémít, de a kromatin egy olyan formáját jelentené, amely készen áll a reaktiválásra.
A látens fertőzés fenntartása során a HSV lítikus génjeinek minimális, de kimutatható expressziója van. Mivel a neuron egy nyugvó sejt, a vírus DNS-genom stabilan fennmaradhat anélkül, hogy replikálódna vagy a gazdaszervezet kromoszómáihoz kötődne. Egyesek szerint a látensen fertőzött neuront körülvevő CD8+ T-sejtek tartják fenn a látens fertőzést, de egy alternatív magyarázat szerint ezek a sejtek a reaktiválódó neuronokat veszik célba. Mindenesetre a neuronális károsodás, stressz és/vagy aktiváció olyan kináz jelátviteli útvonalakhoz vezet, amelyekről úgy vélik, hogy foszforilálják a víruskromatinban lévő hisztonokat, hogy lehetővé tegyék a látens genom általános transzkripcióját, hogy elegendő VP16-ot biztosítsanak a lítikus transzkripciós kaszkád elindításához. Ez lehetővé teszi legalább egy korlátozott mennyiségű vírusgén expresszióját a kapszidok kialakításához, és a kapszidok vagy virionok anterográd transzporttal mozognak az axon mentén, hogy az axonvégződéseknél reaktiválva felszabaduljanak, hogy ismétlődő fertőzést okozzanak. Vitatott, hogy a reaktiválódó neuron túléli-e vagy sem, de a neuron túlélése valószínűleg fordítottan arányos a reaktivált génexpresszió szintjével, és nem egy mindent vagy semmit hatás.