Alain Coumont alapító 1990. október 26-án nyitotta meg a Le Pain Quotidien-t Brüsszelben, a rue Dansaert 16. szám alatt. Fiatal séfként Coumont elégedetlen volt a Brüsszelben kapható kenyér minőségével, ezért elkezdte maga készíteni, lisztet, vizet és sót keverve a gyermekkorából ismert kenyerekhez. Az üzletet antikváriumokból származó szekrényekkel és egy helyi bolhapiacon vásárolt, nyugdíjas belga vonatok padlójából származó fából készült nagy asztallal rendezte be: ez volt a Le Pain Quotidien első közös asztala.
Az első amerikai üzlet 1997-ben nyílt meg a New York-i Madison Avenue-n.
2005-re az alapító napi 50 e-mailt kapott azoktól, akik franchise-jogot akartak szerezni.
2011-ben a vállalatnak volt egy public relations incidense, amikor egy New York-i vásárló egeret talált a salátájában.
2016-ban Doug Satzman lett az amerikai tevékenységek vezérigazgatója, Vincent Herbert pedig a globális vezérigazgató.
2018 márciusában Vincent Herbert lemondott.
2019 decemberében a Spoelberch többségi tulajdonában lévő Cobepa 32%-ról 43%-ra növelte részesedését a vállalatban, a Norac pedig eladta 25%-os részesedését.
2020 májusában az anyavállalat fizetésképtelenséget jelentett Belgiumban, az amerikai részleg pedig csődöt jelentett. Ugyanebben a hónapban az anyavállalat megállapodást írt alá a New York-i székhelyű Aurify Brands-szel, amely 522 000 dolláros áthidaló finanszírozást nyújt a működés folytatásához és az összes amerikai egység 3 millió dollárért történő végleges megvásárlásához. Az Aurify Brands legalább 35 egység újranyitását és 1000 munkahely létrehozását tervezte.