Az alapjáték a gyűjtögetős kártyajáték standard szabályait követi (kivéve, hogy bármelyik kártyából csak 1 mitikus, 2 rare és 3 uncommon használható) Magic: The Gathering, amely először 1993-ban jelent meg; minden játékosnak van egy paklija, amely földekből és varázslatokból áll. A földeket a “mana”, a varázslatokhoz szükséges nyersanyag előállítására használják. A mana öt színben létezik, és a kártyákhoz színes vagy általános (bármilyen színű mana) mana szükséges. A varázslatok sokfélék lehetnek, a varázslatoktól és instantoktól kezdve, amelyeknek egyszeri hatásuk van, az idézett lényekig, amelyek támadni és védekezni tudnak az ellenfelekkel szemben. A játékosok felváltva játszanak ki földkártyákat, varázsolnak varázslatokat és támadják az ellenfeleket, amíg egy játékos kivételével az összes játékos életének száma 0-ra nem csökken.
Mágikus párbajok: Origins az alapjátékot egy egyjátékos történetmód és egy online csatamód köré építi fel. A sztorimódban a játékos öt különböző Planeswalker, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane és Liliana Vess eredettörténetén lépked végig. Minden Planeswalker öt vagy több párbajt vív számítógép által irányított ellenfelekkel. A játékos egy, a kiválasztott Planeswalkerre épülő paklit használ, és az egyes párbajok teljesítése során az előre kiválasztott új kártyákkal bővíti a paklit. Ezek a paklik, az általuk feloldott fejlesztésekkel együtt, a játékos rendelkezésére állnak a harc módban is.
A harc módban a játékosok előre elkészített paklikat használhatnak, vagy saját kártyagyűjteményükből állíthatnak össze paklikat, és játszhatnak számítógépes vagy online ellenfelek ellen; a játéktípusok között szerepelnek az egy az egy elleni mérkőzések, ahol a játékosokat a ranglistán követik, valamint a kétfejű óriás (kettő-kettő ellen). Ezekben a játékmódokban a számítógépes ellenfelek három nehézségi szint közül választhatnak, a magasabb nehézségi szintek több jutalmat biztosítanak a játékosnak. A számítógépes ellenfelek paklijai procedurálisan generáltak lesznek, ami gyakorlatilag véletlenszerűvé teszi a paklik típusát, amelyekkel a játékosnak szembe kell néznie. Bármelyik módban játszva a játékosok játékbeli pénzt szerezhetnek, amelyet új booster csomagok vagy bizonyos kártyák megvásárlására használhatnak fel a kártyatáruk bővítéséhez; a játékosok különböző napi célokat is teljesíthetnek játékbeli pénzért, és minden játékos jutalmat kap a különböző közösségi célok teljesítésében való közreműködésért. A játékosok játékon belüli pénzt is vásárolhatnak mikrotranzakciókkal, de ez nem szükséges ahhoz, hogy hozzáférjenek az összes kártyához és funkcióhoz.